JASPAR
 | |
| Treść | |
|---|---|
| Opis | ogólnodostępna baza danych zawierająca profile wiązania czynników transkrypcyjnych |
| Przechwycone typy danych |
Eukariotyczne czynniki transkrypcyjne , miejsca ich wiązania i profile wiązania |
| Organizmy | eukarionty |
| Kontakt | |
| Autorski | Sandelin, A |
| Cytowanie podstawowe | Sandelin, A. i in. (2004) |
| Data wydania | 2004 |
| Dostęp | |
| Strona internetowa | http://jaspar.genereg.net/ |
JASPAR to ogólnodostępna i szeroko stosowana baza danych ręcznie dobranych, nieredundantnych profili wiązania czynników transkrypcyjnych (TF) przechowywanych jako macierze częstotliwości pozycji (PFM) i elastyczne modele czynników transkrypcyjnych (TFFM) dla TF z gatunków w sześciu grupach taksonomicznych . Z dostarczonych PFM użytkownicy mogą generować macierze wagowe specyficzne dla pozycji (PWM) . Baza danych JASPAR została wprowadzona w 2004 r. Było siedem głównych aktualizacji i nowych wydań w latach 2006, 2008, 2010, 2014, 2016, 2018, 2020 i 2022, czyli najnowsza wersja JASPAR.
Dostępność
Baza danych JASPAR jest open-source i jest bezpłatnie dostępna dla społeczności naukowej pod adresem http://jaspar.genereg.net/ .
Podobne bazy danych
- TRANSFAC – Baza danych czynników transkrypcyjnych
- HOCOMOCO - HOmo sapiens KOMPLEKSOWA KOLEKCJA MODELI
- PAZAR - Baza danych skupiająca się na potwierdzonych eksperymentalnie miejscach wiązania czynników transkrypcyjnych
- TFe – encyklopedia czynników transkrypcyjnych
- AnimalTFDB – Baza danych zwierzęcych czynników transkrypcyjnych
- PlantCARE – elementy cis-regulatorowe i czynniki transkrypcyjne u roślin (2002)
- RegTransBase - miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych w zróżnicowanym zestawie bakterii.
- RegulonDB – Podstawowa baza danych dotycząca regulacji transkrypcji u Escherichia coli
- TRRD – Baza danych regionów regulacyjnych transkrypcji, głównie o regionach regulacyjnych i miejscach wiążących TF
- PlantRegMap Transkrypcyjna mapa regulacyjna roślin