RegulonDB
Treść | |
---|---|
Opis | Regulacja transkrypcji Escherichia coli K-12 |
Organizmy | Escherichia coli K-12 |
Kontakt | |
Centrum Badań | Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México |
Autorski | Gama-Castro i in. |
Cytowanie podstawowe | Gama-Castro i in. (2015) |
Data wydania | 2017 |
Dostęp | |
Strona internetowa | RegulonDB |
Różnorodny | |
Wersja | 9.4 |
RegulonDB to baza danych sieci regulacyjnej ekspresji genów w Escherichia coli K-12 . RegulonDB modeluje również organizację genów w transkrypcyjnych , operonach i regulonach . Uwzględniono również łącznie 120 sRNA z łącznie 231 interakcjami, które razem regulują 192 geny. Firma RegulonDB została założona w 1998 roku i dostarcza również dane do EcoCyc .
Czynniki transkrypcyjne i jednostki odpowiedzi sensorycznej
U bakterii , takich jak E. coli , geny są regulowane przez elementy sekwencji w promotorach i powiązanych miejscach wiązania). RegulonDB zapewnia bazę danych takich elementów regulatorowych, ich miejsc wiązania i czynników transkrypcyjnych, które wiążą się z tymi miejscami w E. coli . RegulonDB 9.0 zawiera 184 określone eksperymentalnie czynniki transkrypcyjne (TF) oraz 120 TF przewidywanych obliczeniowo, czyli łącznie 304.
Zgłoszono pełny repertuar 189 genetycznych jednostek odpowiedzi sensorycznej (jednostki GENSOR), integrując ich sygnał, interakcje regulacyjne i szlaki metaboliczne. W sumie 78 jednostek GENSOR ma podświetlone cztery komponenty; 119 obejmuje zmianę genetyczną i odpowiedź, a 2 zawierają tylko zmianę genetyczną.
W sumie 103 TF ma znany efektor w RegulonDB, w tym 25 systemów dwuskładnikowych . Było wystarczająco dużo miejsc, aby zbudować motyw dla 93 TF, aby wywnioskować 16 207 przewidywanych miejsc wiązania TF. Ten zestaw przewidywanych miejsc wiązania odpowiada 12 574 TF → interakcjom regulacyjnym genów; oznacza to odzyskanie 52% z 1592 opisanych interakcji regulacyjnych w bazie danych dla 93 TF, dla których RegulonDB ma macierz pozycji i wagi (PWM). Jeśli weźmie się pod uwagę tylko TF z dobrej jakości PWM, całkowita liczba przewidywanych interakcji genów TF → wynosi 8714, odzyskując 672 (57%) interakcji z adnotacjami dla tego podzbioru TF. Półautomatyczna kuracja wygenerowała łącznie 3195 interakcji regulacyjnych dla 199 TF.
Definicje
Sprawdź glosariusz dla wszystkich definicji .
Jednostka transkrypcyjna (TU)
Jednostka transkrypcyjna to zestaw jednego lub więcej genów transkrybowanych z pojedynczego promotora. TU może również obejmować miejsca wiążące białka regulatorowe wpływające na ten promotor i terminator. Złożony operon z kilkoma promotorami zawiera zatem kilka jednostek transkrypcyjnych. Jednostka transkrypcyjna musi zawierać wszystkie geny w operonie.
Promotorzy i terminatorzy
Promotor jest zdefiniowany w RegulonDB jako sekwencja nukleotydowa 60 zasad w górę i 20 w dół od dokładnej inicjacji transkrypcji lub +1 . Terminatory to regiony, w których kończy się transkrypcja, a polimeraza RNA odłącza się od DNA .
Strona wiążąca
Miejsca wiązania TF to fizyczne miejsca DNA rozpoznawane przez czynniki transkrypcyjne w genomie, w tym wzmacniacz , aktywator w górę (UAS) i miejsca operatora, które mogą wiązać represory lub aktywatory .
Wyświetlacz graficzny w RegulonDB
Graficzny wyświetlacz operonu zawiera wszystkie geny różnych jednostek transkrypcyjnych, jak również wszystkie elementy regulatorowe zaangażowane w transkrypcję i regulację tych jednostek transkrypcyjnych. Operon jest tutaj pomyślany jako jednostka strukturalna obejmująca wszystkie geny i elementy regulatorowe. Operon z kilkoma promotorami położonymi blisko siebie może również mieć podwójne miejsca wiązania, co wskazuje, że takie miejsce może aktywować jeden konkretny promotor, ale tłumić drugi. Na tej samej stronie pod operonem wyświetlany jest zbiór różnych JT. Graficzny obraz operonu zawiera wszystkie geny jego różnych jednostek transkrypcyjnych, jak również wszystkie elementy regulatorowe zaangażowane w transkrypcję i regulację tych jednostek transkrypcyjnych. Graficzny obraz TU zawsze będzie zawierał tylko jeden promotor - jeśli jest znany - z miejscami wiązania, które regulują jego aktywność, a następnie transkrybowane geny. Należy zauważyć, że podwójne miejsca są często wyświetlane w TU jako represory lub aktywatory. Dzieje się tak dlatego, że strona będzie miała szczególny wpływ na promotora tej JT.
- Referencje _ _ _ -Sotelo L, Alquicira-Hernández S, Medina-Rivera A, Martínez-Flores I, Alquicira-Hernández K, Martínez-Adame R, Bonavides-Martínez C, Miranda-Ríos J, Huerta AM, Mendoza-Vargas A, Collado-Torres L, Taboada B, Vega-Alvarado L, Olvera M, Olvera L, Grande R, Morett E, Collado-Vides J (styczeń 2011). „RegulonDB wersja 7.0: regulacja transkrypcji Escherichia coli K-12 zintegrowana z genetycznymi jednostkami odpowiedzi sensorycznej (jednostki Gensor)” . Kwasy nukleinowe Res . Anglia. 39 (Wydanie bazy danych): D98-105. doi : 10.1093/nar/gkq1110 . PMC 3013702 . PMID 21051347 .
- ^ Gama-Castro, Socorro; Salgado, Heladia; Santos-Zavaleta, Alberto; Ledezma-Tejeida, Daniela; Muñiz-Rascado, Luis; García-Sotelo, Jair Santiago; Alquicira-Hernández, Kevin; Martínez-Flores, Irma; Sakwa, Lucia (2016-01-04). „RegulonDB wersja 9.0: integracja wysokiego poziomu regulacji genów, koekspresji, grupowania motywów i nie tylko” . Badania kwasów nukleinowych . 44 (D1): D133–143. doi : 10.1093/nar/gkv1156 . ISSN 1362-4962 . PMC 4702833 . PMID 26527724 .