PubMed

Nie mylić z PubMed Central .

PubMed
PubMed logo blue.svg
Kontakt
Centrum Badań Narodowa Biblioteka Medyczna Stanów Zjednoczonych (NLM)
Data wydania styczeń 1996 ; 27 lat temu ( 1996-01 )
Dostęp
Strona internetowa pubmed .ncbi .nlm .nih .gov

PubMed to bezpłatna wyszukiwarka, która uzyskuje dostęp przede wszystkim do bazy danych MEDLINE zawierającej piśmiennictwo i streszczenia dotyczące nauk przyrodniczych i zagadnień biomedycznych . Narodowa Biblioteka Medyczna Stanów Zjednoczonych (NLM) w National Institutes of Health utrzymuje bazę danych jako część systemu wyszukiwania informacji Entrez .

Od 1971 do 1997 r. dostęp online do bazy danych MEDLINE odbywał się głównie za pośrednictwem placówek instytucjonalnych, takich jak biblioteki uniwersyteckie . PubMed, wydany po raz pierwszy w styczniu 1996 r., zapoczątkował erę prywatnego, bezpłatnego, domowego i biurowego wyszukiwania MEDLINE. System PubMed był oferowany publicznie od czerwca 1997 roku.

Treść

Oprócz MEDLINE, PubMed zapewnia dostęp do:

Wiele rekordów PubMed zawiera linki do pełnych tekstów artykułów, z których niektóre są ogólnodostępne, często w PubMed Central i lokalnych serwerach lustrzanych, takich jak Europe PubMed Central .

Informacje o czasopismach indeksowanych w MEDLINE i dostępnych w PubMed znajdują się w Katalogu NLM.

Na dzień 27 stycznia 2020 r. PubMed ma ponad 30 milionów cytowań i streszczeń sięgających 1966 r., Wybiórczo do roku 1865 i bardzo wybiórczo do 1809 r. Na ten sam dzień wymieniono 20 milionów rekordów PubMed wraz z ich abstraktami, oraz 21,5 miliona rekordów zawiera linki do wersji pełnotekstowych (z czego dostępnych jest 7,5 miliona artykułów, pełny tekst za darmo). W ciągu ostatnich 10 lat (do 31 grudnia 2019 r.) każdego roku dodawanych było średnio blisko 1 mln nowych rekordów. Około 12% rekordów w PubMed odpowiada wpisom związanym z rakiem, które wzrosły z 6% w latach 50. %) i „infekcja” (5%). [ potrzebne źródło ]

W 2016 roku NLM zmienił system indeksowania, aby wydawcy mogli bezpośrednio poprawiać literówki i błędy w artykułach indeksowanych przez PubMed.

Zgłoszono, że PubMed zawiera niektóre artykuły opublikowane w czasopismach drapieżnych. Zasady MEDLINE i PubMed dotyczące wyboru czasopism do włączenia do bazy danych są nieco inne. Niedociągnięcia w kryteriach i procedurach indeksowania czasopism w PubMed Central mogą umożliwić wyciek publikacji z czasopism drapieżnych do PubMed. National Library of Medicine odpowiedziała, że ​​poszczególne artykuły z czasopism mogą być włączane do PMC w celu wspierania polityki publicznego dostępu podmiotów finansujących badania oraz że rygorystyczne zasady dotyczące czasopism i wydawców zapewniają integralność baz danych literatury NLM.

Charakterystyka

Projekt strony internetowej

Nowy interfejs PubMed został uruchomiony w październiku 2009 roku i zachęcał do korzystania z takich szybkich sformułowań wyszukiwania podobnych do Google; zostały również opisane jako wyszukiwania „telegramów”. Domyślnie wyniki są sortowane według najnowszych, ale można to zmienić na Najlepsze dopasowanie, Data publikacji, Pierwszy autor, Ostatni autor, Czasopismo lub Tytuł.

Projekt i domena witryny PubMed zostały zaktualizowane w styczniu 2020 r. I stały się domyślne 15 maja 2020 r. Wraz ze zaktualizowanymi i nowymi funkcjami. Wielu badaczy, którzy często korzystają z tej witryny, spotkało się z krytyczną reakcją.

PubMed dla urządzeń przenośnych/telefonów komórkowych

Dostęp do PubMed/MEDLINE można uzyskać za pomocą urządzeń przenośnych, na przykład za pomocą opcji „PICO” (dla ukierunkowanych pytań klinicznych) stworzonej przez NLM. Dostępna jest również opcja „PubMed Mobile”, zapewniająca dostęp do przyjaznej dla urządzeń mobilnych, uproszczonej wersji PubMed.

Szukaj

Wyszukiwanie standardowe

Proste wyszukiwanie w PubMed można przeprowadzić, wprowadzając kluczowe aspekty tematu w oknie wyszukiwania PubMed.

PubMed tłumaczy tę wstępną formułę wyszukiwania i automatycznie dodaje nazwy pól, odpowiednie terminy MeSH (Medical Subject Headings), synonimy, operatory boolowskie i odpowiednio „zagnieżdża” wynikowe terminy, znacznie ulepszając formułę wyszukiwania, w szczególności poprzez rutynowe łączenie (za pomocą OR operator) słowa tekstowe i terminy MeSH. [ potrzebne źródło ]

Przykłady podane w samouczku PubMed pokazują, jak działa ten automatyczny proces:

Przyczyny Lunatykowanie jest tłumaczone jako („etiologia” [Podtytuł] LUB „etiologia” [Wszystkie pola] LUB „przyczyny” [Wszystkie pola] LUB „przyczynowość” [Warunki MeSH] LUB „przyczynowość” [Wszystkie pola]) ORAZ ( „ somnambulizm „[Warunki MeSH] LUB „somnambulizm” [Wszystkie pola] LUB („sen” [Wszystkie pola] ORAZ „chodzenie” [Wszystkie pola]) LUB „chodzenie we śnie” [Wszystkie pola])

Podobnie,

soft Attack Aspirin Prevention jest tłumaczone jako („zawał mięśnia sercowego” [terminy MeSH] LUB („mięśnie sercowe” [wszystkie pola] ORAZ „zawał” [wszystkie pola]) LUB „zawał mięśnia sercowego” [wszystkie pola] LUB („serce” [wszystkie pola] Pola] AND „atak” [Wszystkie pola]) LUB „atak serca” [Wszystkie pola]) ORAZ („aspiryna” [Warunki MeSH] LUB „aspiryna” [Wszystkie pola]) ORAZ („zapobieganie i kontrola” [podtytuł] LUB („zapobieganie” [wszystkie pola] ORAZ „kontrola” [wszystkie pola]) LUB „zapobieganie i kontrola” [wszystkie pola] LUB „zapobieganie” [wszystkie pola])

Wyszukiwanie kompleksowe

W celu optymalnego wyszukiwania w PubMed konieczne jest zrozumienie jego głównego komponentu, MEDLINE, a zwłaszcza kontrolowanego słownictwa MeSH (Medical Subject Headings) używanego do indeksowania artykułów MEDLINE. Mogą również wymagać złożonych strategii wyszukiwania, użycia nazw pól (znaczników), właściwego wykorzystania limitów i innych funkcji; bibliotekarze referencyjni i specjaliści od wyszukiwania oferują usługi wyszukiwania.

Wyszukiwanie w oknie wyszukiwania PubMed jest zalecane tylko do wyszukiwania jednoznacznych tematów lub nowych interwencji, które nie mają jeszcze utworzonego nagłówka MeSH, a także do wyszukiwania komercyjnych marek leków i nazw własnych. Jest to również przydatne, gdy nie ma odpowiedniego nagłówka lub deskryptor reprezentuje częściowy aspekt. Wyszukiwanie przy użyciu tezaurusa MeSH jest dokładniejsze i daje mniej nieistotnych wyników. Ponadto oszczędza to wady wyszukiwania dowolnego tekstu, w którym należy wziąć pod uwagę różnice w pisowni, liczbie pojedynczej/mnogiej lub skróconej. Z drugiej strony nie zostaną znalezione artykuły dodane do bazy danych, które nie zostały jeszcze przypisane do deskryptorów. Dlatego, aby zagwarantować wyczerpujące wyszukiwanie, należy użyć kombinacji kontrolowanych nagłówków językowych i terminów w wolnym tekście.

Parametry artykułu w czasopiśmie

Kiedy artykuł w czasopiśmie jest indeksowany, wiele parametrów artykułu jest wyodrębnianych i przechowywanych jako ustrukturyzowane informacje. Takimi parametrami są: typ artykułu (terminy MeSH, np. „badanie kliniczne”), drugorzędne identyfikatory (terminy MeSH), język, kraj czasopisma lub historia publikacji (data e-publikacji, data publikacji czasopisma drukowanego).

Rodzaj publikacji: Kwerendy kliniczne/przeglądy systematyczne

Parametr Typ publikacji umożliwia wyszukiwanie po typie publikacji , w tym doniesień z różnego rodzaju badań klinicznych.

Drugi identyfikator

Od lipca 2005 r. proces indeksowania artykułów MEDLINE wyodrębnia identyfikatory ze streszczenia artykułu i umieszcza je w polu o nazwie Secondary Identifier (SI). Drugie pole identyfikatora służy do przechowywania numerów dostępu do różnych baz danych sekwencji molekularnych, ekspresji genów lub związków chemicznych oraz identyfikatorów badań klinicznych. W przypadku badań klinicznych PubMed wyodrębnia identyfikatory badań z dwóch największych rejestrów badań: ClinicalTrials.gov (identyfikator NCT) i International Standard Randomized Controlled Trial Number Register (identyfikator IRCTN).

Zobacz też

Odniesienie, które zostanie uznane za szczególnie istotne, można zaznaczyć i zidentyfikować „artykuły pokrewne”. W razie potrzeby można wybrać kilka badań i wygenerować artykuły powiązane z nimi wszystkimi (w PubMed lub dowolnej innej bazie danych NCBI Entrez) za pomocą opcji „Znajdź powiązane dane”. Powiązane artykuły są następnie wymienione w kolejności „pokrewieństwa”. Aby utworzyć te listy powiązanych artykułów, PubMed porównuje słowa z tytułu i streszczenia każdego cytatu, a także przypisane nagłówki MeSH, używając potężnego algorytmu ważonego słowami. Funkcja „powiązanych artykułów” została uznana za tak precyzyjną, że autorzy artykułu zasugerowali, że można jej używać zamiast pełnego wyszukiwania.

Mapowanie do MeSH

PubMed automatycznie łączy się z terminami i podtytułami MeSH. Przykładami mogą być: „nieświeży oddech” łączy się (i uwzględnia w wyszukiwaniu) z „cuchnącym oddechem”, „atak serca” z „zawałem mięśnia sercowego”, „rak piersi” z „nowotworami piersi”. W stosownych przypadkach te terminy MeSH są automatycznie „rozszerzane”, to znaczy zawierają bardziej szczegółowe terminy. Terminy takie jak „pielęgniarstwo” są automatycznie łączone z terminami „Pielęgniarstwo [MeSH]” lub „Pielęgniarstwo [Podtytuł]”. Ta funkcja nosi nazwę automatycznego mapowania terminów i jest domyślnie aktywowana w wyszukiwaniu dowolnego tekstu, ale nie w wyszukiwaniu dokładnych fraz (tj. umieszczanie zapytania w cudzysłowach). Ta funkcja sprawia, że ​​wyszukiwanie PubMed jest bardziej czułe i pozwala uniknąć fałszywie ujemnych (pominiętych) trafień, kompensując różnorodność terminologii medycznej.

PubMed nie stosuje automatycznego mapowania terminu w następujących okolicznościach: poprzez wpisanie cytowanej frazy (np. „przeszczep allogeniczny nerki”), obcięcie na gwiazdce (np. przeszczep allogeniczny nerki*) oraz podczas wyszukiwania z etykietami pól (np. Rak [ti]).

Mój NCBI

Opcjonalna funkcja PubMed „My NCBI” (z bezpłatną rejestracją) zapewnia narzędzia do

  • zapisywanie wyszukiwań
  • filtrowanie wyników wyszukiwania
  • ustawienie automatycznych aktualizacji wysyłanych e-mailem
  • zapisywanie zestawów referencji pobranych w ramach wyszukiwania w PubMed
  • konfigurowanie formatów wyświetlania lub wyróżnianie wyszukiwanych terminów

oraz wiele innych opcji. Dostęp do obszaru „My NCBI” można uzyskać z dowolnego komputera z dostępem do sieci. Wcześniejsza wersja „My NCBI” nosiła nazwę „PubMed Cubby”.

Link Out

LinkOut to narzędzie NLM do łączenia i udostępniania pełnych tekstów lokalnych czasopism. Około 3200 witryn (głównie instytucji akademickich) uczestniczy w tym narzędziu NLM (stan na marzec 2010 r.), od Uniwersytetu Aalborg w Danii po ZymoGenetics w Seattle. Użytkownicy w tych instytucjach widzą logo swojej instytucji w wynikach wyszukiwania PubMed (jeśli czasopismo jest przechowywane w tej instytucji) i mają dostęp do pełnego tekstu. Link out jest konsolidowany z narzędziem Outside Tool od dużej aktualizacji platformy, która pojawi się latem 2019 roku.

Commons PubMed

W 2016 roku PubMed umożliwia autorom artykułów komentowanie artykułów indeksowanych przez PubMed. Ta funkcja była początkowo testowana w trybie pilotażowym (od 2013 r.) I została utrwalona w 2016 r. W lutym 2018 r. PubMed Commons zostało wycofane ze względu na fakt, że „wykorzystanie pozostało minimalne”.

zapytajMEDLINE

askMEDLINE, narzędzie do tworzenia zapytań w języku naturalnym dla MEDLINE/PubMed, opracowane przez NLM, odpowiednie również dla urządzeń przenośnych.

Identyfikator PubMed

Aby uzyskać pomoc dotyczącą używania identyfikatorów PubMed w Wikipedii, zobacz Wikipedia:PMID .

PMID (identyfikator PubMed lub unikalny identyfikator PubMed) to unikalna liczba całkowita , zaczynająca się od 1 , przypisana do każdego rekordu PubMed. PMID to nie to samo, co PMCID (identyfikator PubMed Central), który jest identyfikatorem wszystkich prac opublikowanych w ogólnodostępnym PubMed Central .

Przypisanie PMID lub PMCID do publikacji nic nie mówi czytelnikowi o rodzaju lub jakości treści. Identyfikatory PMID są przypisywane do listów do redakcji , opinii redakcyjnych, felietonów i wszelkich innych artykułów, które redaktor zdecyduje się zamieścić w czasopiśmie, a także artykułów recenzowanych. Istnienie numeru identyfikacyjnego nie jest również dowodem na to, że dokumenty nie zostały wycofane z powodu oszustwa, niekompetencji lub niewłaściwego postępowania. Ogłoszeniu o ewentualnych poprawkach do prac oryginalnych można nadać PMID.

Każdy numer wpisany w oknie wyszukiwania PubMed jest domyślnie traktowany tak, jakby był identyfikatorem PMID. Dlatego każde odniesienie w PubMed można zlokalizować za pomocą PMID.

Alternatywne interfejsy

MEDLINE jest jedną z baz dostępnych poprzez PubMed. Kilka firm zapewnia dostęp do MEDLINE za pośrednictwem swoich platform.

National Library of Medicine dzierżawi informacje MEDLINE wielu prywatnym dostawcom, takim jak Embase , Ovid , Dialog , EBSCO , Knowledge Finder i wielu innych dostawców komercyjnych, niekomercyjnych i akademickich. Do października 2008 r. wydano ponad 500 licencji, z czego ponad 200 dostawcom spoza Stanów Zjednoczonych. Ponieważ licencje na korzystanie z danych MEDLINE są dostępne za darmo, NLM w efekcie zapewnia bezpłatny poligon testowy dla szerokiej gamy alternatywnych interfejsów i dodatków innych firm do PubMed, jednej z nielicznych dużych, profesjonalnie przygotowanych baz danych, które oferują tę opcję.

Lu identyfikuje próbkę 28 aktualnych i bezpłatnych internetowych wersji PubMed, które nie wymagają instalacji ani rejestracji, które są podzielone na cztery kategorie:

  1. Ranking wyników wyszukiwania, np.: eTBLAST ; MedlineRanker; MiSearch;
  2. Grupowanie wyników według tematów, autorów, czasopism itp., na przykład: Anne O'Tate ; ClusterMed;
  3. Poprawa semantyki i wizualizacji, na przykład: EBIMed; MedEvi.
  4. Ulepszony interfejs wyszukiwania i wyszukiwanie, na przykład askMEDLINE BabelMeSH; i PubCrawlera.

Ponieważ większość z tych i innych alternatyw opiera się zasadniczo na danych PubMed/MEDLINE dzierżawionych na licencji od NLM/PubMed, zaproponowano termin „pochodne PubMed”. Bez konieczności przechowywania około 90 GB oryginalnych zestawów danych PubMed, każdy może pisać aplikacje PubMed przy użyciu interfejsu programu aplikacji eutils, zgodnie z opisem w „The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More” autorstwa Erica Sayersa, PhD. Przykładami aplikacji internetowych korzystających z interfejsu programu eutils-application są różne generatory formatów cytowań, które przyjmują numery PMID jako dane wejściowe. Przykładowe strony internetowe obejmują Generator cytowań — Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator — Ultrasonografia tygodnia , PMID2cite i Cite this for me .

Eksploracja danych PubMed

Alternatywne metody eksploracji danych w PubMed wykorzystują środowiska programistyczne, takie jak Matlab , Python czy R. W takich przypadkach zapytania PubMed są zapisywane jako wiersze kodu i przekazywane do PubMed, a odpowiedź jest następnie przetwarzana bezpośrednio w środowisku programistycznym. Kod można zautomatyzować, aby systematycznie wyszukiwać różne słowa kluczowe, takie jak choroba, rok, narządy itp. Niedawna publikacja (2017) wykazała, że ​​odsetek wpisów związanych z rakiem w PubMed wzrósł z 6% w latach 50. XX wieku do 16% w 2016 r. .

Dane dostępne przez PubMed mogą być odzwierciedlane lokalnie za pomocą nieoficjalnego narzędzia, takiego jak MEDOC.

Miliony rekordów PubMed rozszerzają różne otwarte zestawy danych o otwartym dostępie , takie jak Unpaywall . Biblioteki używają narzędzi do analizy danych, takich jak Unpaywall Journals , aby pomóc w anulowaniu dużych transakcji : biblioteki mogą uniknąć subskrypcji materiałów już dostarczonych przez natychmiastowy otwarty dostęp za pośrednictwem otwartych archiwów , takich jak PubMed Central.

Zobacz też

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=PubMed&oldid=1131827633 ”