Nauka w otwartym notatniku

Nauka w otwartym notatniku to praktyka polegająca na publicznym udostępnianiu online całego podstawowego zapisu projektu badawczego w miarę jego rejestrowania. Wiąże się to z umieszczeniem w Internecie osobistego lub laboratoryjnego notatnika badacza wraz ze wszystkimi nieprzetworzonymi i przetworzonymi danymi oraz wszelkimi powiązanymi materiałami w miarę ich generowania. Podejście to można podsumować hasłem „brak informacji poufnych”. Jest to logiczna skrajność przejrzystości podejść do badań i wyraźnie obejmuje udostępnianie nieudanych, mniej znaczących i nieopublikowanych w inny sposób eksperymentów; tak zwane „ciemne dane”. Praktyka otwartego notatnika naukowego, chociaż nie jest normą w akademickiej , zyskała ostatnio znaczną uwagę w badaniach i mediach ogólnych jako część ogólnego trendu w kierunku bardziej otwartego podejścia w praktyce badawczej i publikowaniu. Naukę o otwartym notatniku można zatem opisać jako część szerszego ruchu otwartej nauki, który obejmuje rzecznictwo i przyjęcie w otwartym dostępie , otwartych danych , z crowdsourcingu i nauka obywatelska . Jest częściowo inspirowany sukcesem oprogramowania open source i czerpie z wielu jego pomysłów.

Historia

Termin „nauka z otwartego zeszytu” został po raz pierwszy użyty w 2006 roku w poście na blogu Jean-Claude'a Bradleya , ówczesnego profesora nadzwyczajnego chemii na Uniwersytecie Drexel . Bradley opisał naukę w otwartym zeszycie w następujący sposób:

... istnieje adres URL do zeszytu laboratoryjnego, który jest ogólnodostępny i indeksowany w popularnych wyszukiwarkach. Niekoniecznie musi to wyglądać jak papierowy notatnik, ale ważne jest, aby wszystkie informacje dostępne naukowcom do wyciągania wniosków były w równym stopniu dostępne dla reszty świata

— Jean-Claude Bradley

praktycy

Aktywny

Eksperymentalny (alfabetycznie według nazwiska)

„Zespół przełomowych naukowców z SGC udostępnia teraz swoje zeszyty laboratoryjne w Internecie” .


Teoretyczny

  • Tobiasz J. Osborne
  • Carl Boettiger, Teoria i modelowanie komputerowe w ekologii i ewolucji.
  • Dror Bar-Natan
  • Andrés G. Saravia, doktor fizyki student Cinvestav-Mérida.
  • Daniel Himmelstein, który kierował projektem Rephetio — badaniem dotyczącym zmiany przeznaczenia leków, w którym wykorzystano usługi GitHub i Thinklab do nauki i współpracy w otwartym notatniku w czasie rzeczywistym.

Zarchiwizowane (alfabetycznie według nazwiska)

  • Brigette Black), doktor fizyki. student w Laboratorium Kocha na Uniwersytecie Nowego Meksyku.
  • Jean-Claude'a Bradleya
  • Jeremiasz Wiara
  • Nadiezda Fernandez-Oropeza, doktor inżynierii biomedycznej student w Laboratorium Kocha na Uniwersytecie Nowego Meksyku.
  • Mike'a Lawrence'a
  • Linh Le, studentka fizyki i absolwentka Koch Lab na Uniwersytecie Nowego Meksyku.
  • Andy Maloney, pracownik naukowy ze stopniem doktora w Smyth Lab na University of Texas. doktorat w laboratorium Kocha na Uniwersytecie Nowego Meksyku (2011)
  • Camerona Neylona
  • Alejandro Tamayo
  • Pochodzenie i ewolucja grypy

Powtarzające się (edukacyjne)

Zeszyty częściowo otwarte/pseudootwarte

Są to inicjatywy bardziej otwarte niż tradycyjne zeszyty laboratoryjne, ale pozbawione kluczowego komponentu dla pełnego Open Notebook Science. Zwykle notatnik jest udostępniany tylko częściowo lub ze znacznym opóźnieniem.

  • Open Notebook Science Network to sieć blogów WordPress przeznaczona do tworzenia i utrzymywania indywidualnych/laboratoryjnych notatników. Według stanu na styczeń 2018 r. grupa liczy obecnie 126 aktywnych członków.
  • Protocolpedia umożliwia udostępnianie i przechowywanie protokołów laboratoryjnych.
  • Sci-Mate pozwala użytkownikom na definiowanie uprawnień dostępu, ale może być używany jako narzędzie otwartego notatnika.
  • Vinod Scaria
  • OpenWetWare (obsługuje wiele laboratoriów i umożliwia selektywne udostępnianie informacji związanych z każdą grupą badawczą)
  • Kaleba Morse'a
  • Gus Rosania
  • Antony'ego Garretta Lisiego
  • Rosie Redfield, mikrobiolog z University of British Columbia; wszystkie wyniki omówiono, ale surowy notatnik eksperymentalny nie został ujawniony.
  • Martin Johnson, chemik morski z University of East Anglia .
  • Greg Lang, doktor habilitowany w laboratorium Davida Botsteina na Uniwersytecie Princeton. - udostępniane mniej więcej co tydzień

Korzyści

Publiczny notatnik laboratoryjny ułatwia cytowanie dokładnych przypadków eksperymentów użytych do poparcia argumentów w artykułach. Na przykład w artykule na temat optymalizacji reakcji Ugi do charakteryzacji wykorzystano trzy różne partie produktu, a każde widmo odnosi się do konkretnego eksperymentu, w którym zastosowano każdą partię: EXP099, EXP203 i EXP206. Praca ta została następnie opublikowana w czasopiśmie Journal of Visualized Experiments , pokazując, że pochodzenie danych dotyczących integralności może być zachowane od notatnika laboratoryjnego do ostatecznej publikacji w recenzowanym czasopiśmie.

Bez dalszych zastrzeżeń, Open Notebook Science sugeruje, że badania są raportowane na bieżąco, bez nieuzasadnionych opóźnień lub filtrów. Dzięki temu inni mogą dokładnie zrozumieć, jak faktycznie przebiegają badania w danej dziedzinie lub w określonej grupie badawczej. Takie informacje mogą być cenne dla współpracowników, przyszłych studentów lub przyszłych pracodawców. Udzielanie dostępu do wybranych stron notatnika lub wprowadzanie okresu embarga byłoby niezgodne ze znaczeniem terminu „otwarty” w tym kontekście. Dopóki nie zostaną zgłoszone poprawki błędów, nieudane eksperymenty i niejednoznaczne wyniki, zewnętrzny obserwator nie będzie w stanie dokładnie zrozumieć, w jaki sposób odbywa się nauka. Terminy takie jak Pseudo lub Częściowe zostały użyte jako kwalifikatory udostępniania informacji z notatników laboratoryjnych w sposób selektywny lub ze znacznym opóźnieniem.

Wady

Argumenty przeciwko przyjęciu otwartego zeszytu dzielą się głównie na trzy kategorie, które mają różne znaczenie w różnych dziedzinach nauki. Podstawowym problemem, wyrażanym zwłaszcza przez naukowców zajmujących się biologią i medycyną, jest „ kradzież danych ” lub „bycie zdobytym”. Chociaż stopień, w jakim grupy badawcze kradną lub adaptują wyniki innych, pozostaje przedmiotem debaty, z pewnością strach przed nieopublikowaniem jako pierwszy napędza wiele zachowań, szczególnie w niektórych dziedzinach. Jest to związane z koncentracją w tych dziedzinach na opublikowanej recenzowanej pracy jako głównym mierniku sukcesu zawodowego.

Drugim argumentem wysuwanym przeciwko otwartej nauce zeszytów jest to, że stanowi ona uprzednią publikację, co uniemożliwia patentowanie i utrudnia publikację wyników w tradycyjnej recenzowanej literaturze. Jeśli chodzi o patenty, publikacja w Internecie jest wyraźnie klasyfikowana jako ujawnienie . Dlatego, chociaż mogą istnieć spory dotyczące wartości patentów i podejść, które pozwalają obejść ten problem, jasne jest, że nauka o otwartych notatnikach nie jest odpowiednia dla badań, w przypadku których ochrona patentowa jest oczekiwanym i pożądanym wynikiem. W odniesieniu do publikacji w recenzowanej literaturze sprawa jest mniej jednoznaczna. Większość wydawców czasopism naukowych akceptuje materiał, który był wcześniej prezentowany na konferencji lub w formie przedruku. Ci wydawcy, którzy akceptują materiały, które zostały wcześniej opublikowane w tych formularzach, generalnie nieformalnie wskazywali, że publikowanie danych w Internecie, w tym nauka w otwartych notatnikach, należy do tej kategorii. Projekty otwartego notatnika zostały pomyślnie opublikowane w wysokiej jakości wpływ na recenzowane czasopisma, ale nie zostało to przetestowane z szeroką gamą wydawców. Należy się spodziewać, że ci wydawcy, którzy wyraźnie wykluczą te formy przedpublikowania, nie zaakceptują materiałów ujawnionych wcześniej w otwartym zeszycie.

Trzecim argumentem wysuwanym przeciwko nauce w otwartych notatnikach jest to, że podważa ona niezależność konkurencyjnych badań, a zatem może skutkować brakiem wszystkich ważnych niezależnych weryfikacji wyników. Nie jest to to samo, co gromadzenie danych, ale znacznie bardziej subtelna możliwość umożliwienia współewoluującym danym wpływania na siebie nawzajem. W tradycyjnej nauce duże eksperymentalne kolaboracje często ustanawiają zasady zapory uniemożliwiające komunikację między członkami konkurujących kolaboracji, aby zapobiec nie tylko wyciekowi danych, ale także wpłynąć na metodologię analizy danych.

Ostatni argument dotyczy problemu „zalewu danych”. Jeśli obecna ilość recenzowanej literatury jest zbyt duża, aby jedna osoba mogła nią zarządzać, to jak można oczekiwać, że ktokolwiek poradzi sobie z ogromną ilością nierecenzowanych materiałów, które potencjalnie mogą być dostępne, zwłaszcza gdy niektórzy, być może większość byłby złej jakości? Podobnym argumentem jest to, że „mój notatnik jest zbyt szczegółowy”, aby mógł zainteresować kogokolwiek innego. Pytanie, jak odkryć wysokiej jakości i odpowiedni materiał, jest powiązanym zagadnieniem. Kwestia kuracji i walidacji danych oraz jakości metodologicznej jest poważnym problemem i prawdopodobnie ma znaczenie poza nauką o otwartych notatnikach, ale jest tutaj szczególnym wyzwaniem.

Finansowanie i sponsoring

Konkurs Open Notebook Science Challenge , obecnie ukierunkowany na zgłaszanie pomiarów rozpuszczalności w rozpuszczalniku niewodnym, otrzymał sponsoring od firm Submeta , Nature i Sigma-Aldrich . Pierwszą z dziesięciu laureatek konkursu w grudniu 2008 roku została Jenny Hale.

Logo

Logotypy mogą być używane na zeszytach w celu wskazania warunków udostępniania. W pełni otwarte notatniki są oznaczone jako „cała zawartość” i mają dostęp „natychmiastowy”. Częściowo otwarte notatniki można oznaczyć jako „wybrane treści” i/lub „opóźnione”.

Zobacz też

Pobrane z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Open-notebook_science&oldid=1105746365 ”