C1orf131
| C1orf131 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , chromosom 1 otwarta ramka odczytu 131 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Niescharakteryzowane białko C1orf131 jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen C1orf131 . Pierwszy ortolog tego białka odkryto u ludzi. Następnie, dzięki zastosowaniu algorytmów i bioinformatyki, homologi C1orf131 zostały odkryte u wielu gatunków, w wyniku czego nazwa większości białek z tej rodziny białek to Unscharacterized protein C1orf131 homolog.
Gen
U ludzi C1orf131 znajduje się na nici ujemnej chromosomu 1 i na prążku cytogenetycznym 1q42.2 wraz z 193 innymi genami. Warto zauważyć, że genem powyżej C1orf131 jest GNPAT , a genem poniżej C1orf131 jest TRIM67 . Kiedy ten gen jest transkrybowany u ludzi, C1orf131 najczęściej tworzy mRNA o długości 1458 par zasad, który składa się z siedmiu egzonów. Istnieje co najmniej dziewięć innych alternatywnych form składania u ludzi, które wytwarzają białka. Ich wielkość waha się od 129 par zasad (2 eksony) do 1458 par zasad (7 eksonów).
Białko
W rodzinie białek C1orf131 białka mają długość od 93 do 450 aminokwasów; jednak większość ma zwykle długość od 160 do 295 aminokwasów. Mają masę cząsteczkową między 10,6 a 49,0 kDa, z większością między 18,6 a 32,7 kDa. Mają punkt izoelektryczny między 9,6 a 11,2. Zidentyfikowano ponad 30 ortologów ssaków, ptaków i jaszczurek mających miejsce wiązania poli(A) RNA. Wszystkie ortologi w tej rodzinie białek mają domenę o nieznanej funkcji DUF4602. Wykazano, że ludzkie białko jest zarówno fosforylowane, jak i acetylowane. Te białka to bogate w lizyny , naładowane aminokwasy ( DEHKR ) i zasadowe naładowane aminokwasy ( HKR ) . Struktura drugorzędowa tych białek składa się głównie z helis i zwojów alfa z niewielkim udziałem nici beta. Wykazano, że C1orf131 oddziałuje z ubikwityną poprzez wychwytywanie powinowactwa, a następnie spektrometrię mas i APP (białko prekursorowe amyloidu beta (A4)) przez odtworzony kompleks.
DUF4602
DUF4602 (PF15375) ma na ogół ponad 120 aminokwasów. Zwykle jest tylko jeden gen, który zawiera tę domenę DUF; jednak domena DUF została zidentyfikowana w dwóch różnych białkach u kilku gatunków. W Trichuris suis DUF4602 znajduje się zarówno w hipotetycznym białku M5114_09117, jak i syntazie pseudourydyny D tRNA, aw Echinocuccus granulosus DUF4602 występuje w hipotetycznym białku EGR 05135 i eksprymowanym białku konserwowanym. DUF4602 stwierdzono głównie u eukariontów; jednak DUF4602 został zidentyfikowany w wirusie DRHN1 , Bacillus sp. UNC41MFS5 , Enterococcus faecalis i Enterococcus faecalis 13-SD-W-01 . W ortologach C1orf131 domeny DUF są zwykle zlokalizowane w środku genu w kierunku C-końca w większych białkach (ponad 250 reszt), aw mniejszych ortologach (160-250 reszt) domena DUF znajduje się w pobliżu N-końca . Również w większych ortologach występują regiony o niskiej złożoności, co może wskazywać, że białka te są białkami wewnętrznie nieuporządkowanymi .
Historia ewolucyjna
Ta rodzina genów istnieje tylko u eukariontów. Nie ma paralogów tego genu; jednak istnieje kilka pseudogenów C1orf131 . Jak dotąd znaleziono je tylko u orangutanów, lemurów myszy i leniwców. Porównując tę rodzinę genów do cytochromu C, wolno ewoluującego genu i łańcucha gamma fibrynogenu , szybko ewoluującego genu, okazuje się, że ewoluuje szybciej niż fibrynogen.
