Założony 15 maja 1969 roku jako Club Deportivo San Fernando , klub został przemianowany na Club Deportivo Maspalomas w 1982 roku i grał w ligach regionalnych do 1983 roku, kiedy to awansował do Tercera División . W 1987 roku, zajmując pierwsze miejsce w swojej grupie, awansowali do Segunda División B.
Maspalomas powrócił do czwartej ligi w 1990 roku, ale natychmiast awansował z powrotem do trzeciej ligi, w której pozostał przez kolejne trzy sezony, po czym ponownie spadł o poziom w 1994 roku. Kolejny spadek nastąpił w 2000 roku, a klub grał tylko kolejne trzy. kampanie na czwartym poziomie w ciągu dekady, po czym ponownie zeszły na poziom regionalny.