CD Vitoria powstała w 1945 roku i grała w kategoriach regionalnych, kilkakrotnie awansując do III ligi . Historycznie rzecz biorąc, CD Vitoria miało własne boisko ( Campo Municipal Vitoriana ), ale przez kilka lat rozgrywało mecze u siebie w kompleksie sportowym Betoño . W 2011 roku awansowali z piątej ligi z rekordem niepokonanym.
W 2015 roku klub podpisał umowę o współpracy z SD Eibar i zaczął działać jako jego zespół farmy , początkowo rozgrywając mecze u siebie na stadionie Arrate w Nanclares de la Oca . Eibar wcześniej rozwiązał własną drużynę B w 2012 roku, aby obniżyć koszty, podczas gdy ich drużyna seniorów marniała w Segunda División B , ale awansowali do La Liga w kolejnych sezonach i postanowili szukać nowego formalnego porozumienia dla klubu zależnego. Kilka miesięcy po podpisaniu umowy Eibar pozyskał lokalną drużynę, która miała działać jako dalsze ogniwo między poziomem młodzieżowym a Vitorią, znaną jako Eibar Urko .
po raz pierwszy awansował do Segunda División B i wrócił do Vitoria-Gasteiz , aby grać na Estadio Olaranbe. Decyzja ta wzbudziła kontrowersje, ponieważ zarówno Deportivo Alavés , jak i Aurrerá Vitoria (właściciel stadionu do 1999 roku) protestowali przeciwko niej, twierdząc, że statut stadionu zezwala na jego użytkowanie jedynie drużynom z prowincji Álava – Vitoria spełniła ten wymóg, ale macierzysty klub Eibar (z Gipuzkoa ) nie.
Po zapewnieniu sobie statusu w lidze na drugi sezon, w sierpniu 2018 Vitoria ogłosiła, że będzie rozgrywać mecze Segunda División B na Estadio Ellakuri w gminie Laudio / Llodio , zachowując swoją podstawową strukturę piłkarską w Vitoria-Gasteiz. Spadli z ligi w latach 2018–19 , co również zablokowało awans Eibara Urko z poziomu prowincji ze względu na przepisy uniemożliwiające drużynom należącym do tego samego klubu rywalizację w tej samej lidze. Po tym, jak Vitoria spadła na Tercerę, mecze domowe zostały przeniesione do Eibaru, grając w miejskim kompleksie sportowym Unbe . Pandemia COVID-19 w Hiszpanii doprowadziła do wcześniejszego zatrzymania następnego sezonu, ale ostatecznie odbyły się baraże Tercera División 2020 : Vitoria była zaangażowana, ale nie awansowała, ponownie blokując awans Urko. Podobna sytuacja miała miejsce pod koniec lat 2020–21 .