Centrum regulacji genomu
 | |
| Przyjęty | 2000 |
|---|---|
| Dyrektor | Luisa Serrano |
| Personel | ~400 [ potrzebne źródło ] |
| Lokalizacja | , |
| Strona internetowa | http://www.crg.eu |
Centre for Genomic Regulation (CRG, Centre de Regulació Genòmica w języku katalońskim ) to biomedyczne i genomiczne centrum badawcze z siedzibą w Barcelonie . Większość obiektów i laboratoriów znajduje się w Parku Badań Biomedycznych w Barcelonie , naprzeciwko plaży Somorrostro .
Od lipca 2015 CNAG (Narodowe Centrum Analiz Genomicznych), zlokalizowane w Parc Científic de Barcelona (niedaleko Camp Nou ), stało się stacją zewnętrzną CRG. CRG jest członkiem EU-LIFE, sojuszu wiodących ośrodków badawczych nauk przyrodniczych w Europie.
Programy badawcze
Bioinformatyki i Genomiki
Istnieje kilka kierunków badań w ramach bioinformatyki i genomiki. Gene Prediction and Modeling of Splicing jest związane z badaniami nad regulacją alternatywnego splicingu, regulacją syntezy białek w ramach programu regulacji genów oraz programu geny i choroby. Innym kierunkiem badań jest identyfikacja i charakterystyka regionów genomowych związanych z regulacją genów. Wiąże się to z badaniami nad chromatyną i ekspresją genów, a także badaniami interakcji białek RNA. Jeszcze inny kierunek badań dotyczy ewolucji molekularnej, która obejmuje ewolucję egzonowej struktury genów i splicingu.
W ramach tego programu istnieje również grupa badająca mikromacierze.
Program „Bioinformatyka” jest powiązany z Grupą Badawczą Informatyki Biomedycznej (GRIB). W tej grupie linie badawcze w modelowaniu molekularnym, przewidywaniu struktury białek i systemach złożonych są w początkowej fazie.
Biologia komórki i rozwoju
Biologia komórki i rozwoju, czyli CDB, opiera się na założeniu, że komórka powinna być głównym celem biologii rozwoju i że komórkę należy rozumieć w kontekście jej organizmu „gospodarza”.
Ponieważ zasady leżące u podstaw zachowania białek w komórkach i między komórkami są słabo poznane, program CDB ma na celu zbadanie interakcji między międzykomórkowymi systemami sygnalizacyjnymi a cytoszkieletem. Kolejnym celem jest zrozumienie, w jaki sposób wpływa to na komórkową organizację przestrzenną i przetwarzanie informacji. Metody obejmują wielowymiarowe fenotypy oparte na genomice i proteomice.
Regulacja genów, komórki macierzyste i rak
Program regulacji genów, komórek macierzystych i raka koncentruje się na mechanizmach ekspresji genów, mechanizmach regulacji epigenetycznej oraz molekularnych podstawach operacji komórkowych dotyczących homeostazy tkanek i raka. Badania regulacji genów obejmują organizację i ewolucję genomu regulacyjnego, skład chromatyny i regulację transkrypcji za pośrednictwem hormonów steroidowych, mechanizmy epigenetyczne w białaczce i komórkach macierzystych, regulację okresowego splicingu i translacji mRNA oraz funkcję genów i przeprogramowanie epigenetyczne w embriogenezie i linii zarodkowej . Badania nad komórkami macierzystymi obejmują różnicowanie i transdyferencjację w układzie krwiotwórczym, przeprogramowanie komórek somatycznych i regenerację tkanek.
Biologia systemów
Badania z zakresu biologii systemów obejmują dynamiczne sieci regulacyjne genów i neuronaukę systemową. Niektóre stosowane modele to prokarioty, linie komórkowe, C. elegans, Drosophila i myszy.
Ten program badawczy łączy systematyczne i ilościowe gromadzenie danych z modelami obliczeniowymi w celu odkrycia dynamicznego zrozumienia złożonych procesów biologicznych. Stosowane jest podejście interdyscyplinarne, ponieważ łączą się fizycy, matematycy i informatycy. Niektóre szczególne tematy badań to: transdukcja sygnału, sieci regulacyjne genów, wzorce wielokomórkowe, chemotaksja, neuronauka systemowa, ewolucja sieci i wpływ szumu stochastycznego na poziomie organizmu.
Projekty międzynarodowe
Rekonstytucja wyznaczania biegunowości i osi komórek w układzie bezkomórkowym
Polarność komórek jest warunkiem wstępnym kilku podstawowych operacji w komórkach zwierzęcych, takich jak asymetryczny podział komórek i morfogeneza. W przypadku obu z nich polaryzacja jest określana przez ten sam zestaw białek, znanych jako białka PAR. Nie wiadomo, w jaki sposób białka te ustawiają polaryzację. Badacze zaproponowali podwójne podejście, łączące techniki in vitro i ekstrakcji komórkowej. Celem jest zdobycie wiedzy na temat zachowania układu polaryzacyjnego w skali mikrometrycznej, a także atrybutów jego elementów składowych.
Metody wysokorozdzielczej analizy ogólnego wpływu na ekspresję genów
Wiele powszechnych sygnałów genetycznych związanych z chorobą znajduje się daleko od sekwencji DNA kodującej sekwencję białka. Jest prawdopodobne, że odgrywają rolę w regulacji ekspresji genów. W ramach tego projektu badacze opracowują metodologie, które zbadają wpływ zmienności genetycznej na ekspresję genów.
Ten program bada główne zmiany we współczesnym społeczeństwie i towarzyszące mu zagrożenia. Projekt ten łączy podejścia biologii molekularnej, komórkowej, obliczeniowej i systemowej w organizmach modelowych i chorobach człowieka w celu zbadania genetycznych przyczyn chorób związanych z wiekiem. Jednym z celów jest tworzenie nowych technik diagnostycznych i terapeutycznych.
Podstawowe wyposażenie
Zaawansowana jednostka mikroskopii świetlnej
Jednostka zaawansowanej mikroskopii świetlnej zapewnia instrumenty obejmujące całe spektrum zastosowań zaawansowanej mikroskopii świetlnej. Ta jednostka odpowiada za wyposażenie do przygotowania i konserwacji próbek. Zapewnione jest również wsparcie podczas przetwarzania, renderowania i analizy pozyskanych zbiorów danych.
Dostępne technologie obejmują: mikroskopię super-rozdzielczości, mikroskopię dwufotonową, mikroskopię konfokalną, mikroskopię fluorescencyjną całkowitego wewnętrznego odbicia, mikroskopię obrazowania czasu życia fluorescencji, mikroiniekcję, mikrodysekcję, przetwarzanie i analizę obrazu oraz inne dziedziny.
Zakład Bioinformatyki
Dział Bioinformatyki zapewnia naukowcom usługi konsultacyjne, planowanie eksperymentów, przetwarzanie danych, tworzenie oprogramowania i baz danych, szkolenia bioinformatyczne oraz dostęp do wysokowydajnych zasobów obliczeniowych.
Wśród oferowanych usług znajdują się: obsługa próbek i sekwencjonowanie, opracowywanie wniosków o granty, wykrywanie wariantów w genomice, ocena jakości zespołów, analiza danych o dużej przepustowości, identyfikacja zbiorowisk drobnoustrojów i grzybów na podstawie sekwencji oraz adnotacja funkcjonalna białek.
Zakład Inżynierii Tkankowej
Celem Zakładu Inżynierii Tkankowej jest dostarczanie naukowcom najnowocześniejszych technologii w zakresie biologii komórek macierzystych, różnicowania komórek macierzystych, tworzenia organoidów oraz indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych. Jednostka ta współpracuje z Jednostką Badań Biomolekularnych i Technologii Białkowych w zakresie usług technologicznych edycji genomu.
