Efekt wsadowy

W biologii molekularnej efekt wsadowy występuje, gdy czynniki niebiologiczne w eksperymencie powodują zmiany w danych uzyskanych w wyniku eksperymentu. Takie efekty mogą prowadzić do błędnych wniosków, gdy ich przyczyny są skorelowane z jednym lub kilkoma wynikami będącymi przedmiotem zainteresowania w eksperymencie. Są one powszechne w wielu typach z sekwencjonowaniem o dużej przepustowości , w tym z wykorzystaniem mikromacierzy , spektrometrów masowych i danych z sekwencjonowania pojedynczych komórek RNA . Najczęściej omawia się je w kontekście badań nad genomiką i wysokowydajnym sekwencjonowaniem, ale istnieją one również w innych dziedzinach nauki.

Definicje

W literaturze zaproponowano wiele definicji terminu „efekt partii”. Lazar i in. (2013) zauważyli: „Dostarczenie pełnej i jednoznacznej definicji tak zwanego efektu wsadowego jest trudnym zadaniem, zwłaszcza że jego pochodzenie i sposób, w jaki przejawia się w danych, nie są całkowicie znane lub nie są rejestrowane”. Koncentrując się na eksperymentach z mikromacierzami, proponują nową definicję opartą na kilku poprzednich: „[T] on efekt partii reprezentuje systematyczne różnice techniczne, gdy próbki są przetwarzane i mierzone w różnych partiach i które nie są związane z żadną zmianą biologiczną zarejestrowaną podczas MAGE [ ekspresja genów mikromacierzy] eksperyment”.

Powoduje

Wiele potencjalnie zmiennych czynników zostało zidentyfikowanych jako potencjalne przyczyny efektów serii, w tym następujące:

  • Warunki laboratoryjne
  • Wybór partii odczynnika lub serii
  • Różnice personalne
  • Pora dnia, w której przeprowadzono eksperyment
  • Poziomy ozonu atmosferycznego
  • Instrumenty użyte do przeprowadzenia eksperymentu

Korekta

Opracowano różne techniki statystyczne w celu skorygowania efektów wsadowych w eksperymentach o dużej przepustowości. Techniki te są przeznaczone do stosowania na etapach projektowania eksperymentu i analizy danych. Historycznie skupiali się głównie na eksperymentach genomicznych i dopiero niedawno zaczęli rozszerzać się na inne dziedziny nauki, takie jak proteomika . Jednym z problemów związanych z takimi technikami jest to, że mogą one w sposób niezamierzony usunąć rzeczywistą zmienność biologiczną. Niektóre techniki stosowane do wykrywania i/lub korygowania efektów wsadowych obejmują:

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Batch_effect&oldid=1131304889 ”