Baker trenował drużyny piłki wodnej mężczyzn i kobiet do mistrzostw krajowych. Drużyna mężczyzn zdobyła NCAA w latach 1995, 1996, 1999 i 2000, a drużyna kobiet zdobyła krajowe mistrzostwa kolegialne w latach 1996, 1997 i 1998. Obie jego drużyny zdobyły tytuł mistrza kraju w tym samym roku szkolnym dwukrotnie (1995–96 i 1996/97), pierwszy dla trenera. W swoim pierwszym roku na UCLA został trenerem roku American Water Polo Coaches Association za poprowadzenie męskiej drużyny piłki wodnej do drugiego miejsca w turnieju NCAA.
Na Letnich Igrzyskach Olimpijskich w Chinach w 2008 roku jego amerykańska drużyna przegrała w meczu o mistrzostwo z Holandią 8:9 i zdobyła srebrny medal. „Główny trener Guy Baker przewodniczył jednemu z najbardziej dominujących biegów kobiecej piłki wodnej przez ostatnie osiem lat i z 10 olimpijczykami po raz pierwszy w składzie, przyszłość tej grupy rysuje się bardzo dobrze”, według USA Water Polo.
