Inicjatywa na rzecz standardów proteomicznych
Inicjatywa na rzecz Standardów Proteomicznych ( PSI ) jest grupą roboczą Organizacji Human Proteome . Ma na celu zdefiniowanie standardów danych dla proteomiki , aby ułatwić porównywanie , wymianę i weryfikację danych .
Inicjatywa na rzecz Standardów Proteomicznych koncentruje się na następujących tematach: Minimalne informacje na temat eksperymentu proteomicznego określają metadane, które należy dostarczyć wraz z eksperymentem proteomicznym. język znaczników danych do kodowania danych oraz ontologie metadanych umożliwiające spójne adnotacje i reprezentację.
Minimum informacji o eksperymencie proteomicznym
Minimalne informacje o eksperymencie proteomicznym ( MIAPE ) to minimalny standard informacyjny stworzony przez Inicjatywę na rzecz standardów proteomicznych organizacji Human Proteome Organisation w celu raportowania eksperymentów proteomicznych. Nie można po prostu przedstawić wyników analizy, ma ona na celu określenie wszystkich informacji niezbędnych do jednoznacznej interpretacji wyników eksperymentu i potencjalnego odtworzenia eksperymentu. [ potrzebne źródło ] Chociaż wytyczne MIAPE definiują zawartość wymaganą w raportach zgodnych z wymogami, nie określają formatu, w jakim te dane powinny być prezentowane (który pozostawia się odpowiedniemu formatowi *ML, również zdefiniowanemu przez PSI), ani nie definiuje jak przeprowadzać eksperymenty.
Grupy robocze
Kilka grup roboczych pracuje nad kilkoma dokumentami obejmującymi różne obszary proteomiki :
Grupa robocza ds. elektroforezy żelowej określiła wymagania dotyczące raportowania dotyczące eksperymentów elektroforezy żelowej. Dokument jest na etapie rekomendacji i został opublikowany. Odpowiedni format wymiany danych nazywa się GelML, a stabilna wersja została wydana pod koniec 2007 roku.
Grupa robocza ds. elektroforezy żelowej koncentruje się również na analizie obrazu zgodnie z zaleceniem dotyczącym informatyki obrazu żelowego, które znajduje się obecnie w fazie publicznego przeglądu, podczas gdy odpowiedni format wymiany stanowi jedynie wersję roboczą (stan na kwiecień 2009 r.).
Grupa robocza ds. przetwarzania próbek określa wymagania dotyczące wszystkich etapów wstępnego przetwarzania próbek , które są przeprowadzane przed zastosowaniem elektroforezy żelowej lub spektrometrii mas . Dwa dokumenty dotyczące chromatografii kolumnowej i elektroforezy kapilarnej są na wczesnym etapie projektowania, a przygotowanie i postępowanie z próbkami jest nadal projektem (stan na kwiecień 2009). Opracowywany jest także format wymiany danych (spML).
Dokumenty dotyczące spektrometrii mas i informatyki spektrometrii mas zostały opublikowane jako zalecenia grupy roboczej ds. spektrometrii mas.
Grupa robocza opublikowała kilka formatów wymiany danych: mzML do przechwytywania danych generowanych przez spektrometr mas, będący połączeniem poprzedniego formatu mzData (opracowanego przez PSI) i mzXML (opracowanego w Seattle Proteome Center w Instytucie ds. Biologia Systemów); mzIdentML, do analizy informatycznej widm masowych, która przechwytuje wyniki identyfikacji białek i peptydów na podstawie danych ze spektrometrii mas; i TraML dla wybranego pliku wejściowego monitorowania reakcji. Na koniec opracowują MS CV , kontrolowane słownictwo do wykorzystania w poprzednich formatach plików.
Grupa robocza PSI ds. interakcji molekularnych pracuje wyłącznie nad PSI MI XML , formatem wymiany danych, i odpowiadającymi mu ontologiami. Opublikowali wytyczne MIMIx (minimum informacji na temat eksperymentu interakcji molekularnych)
Planuje się lub opracowuje także projekt badania i generowanie próbek oraz analizę statystyczną danych. Zalecenia MIAPE są również planowane.
Repozytoria proteomiczne zgodne ze standardami
Istnieje kilka zgodnych ze standardami repozytoriów proteomicznych, które umożliwiają badaczom publikowanie danych, jednocześnie egzekwując wytyczne MIAPE. Na przykład: MIAPEGelDB (dla danych z elektroforezy żelowej), PRIDE (dla danych ze spektrometrii mas) i ProteoRed MIAPE Generator (dla danych z elektroforezy żelowej i spektrometrii mas)
Oczekuje się, że redaktorzy czasopism w końcu poproszą autorów o opublikowanie wszystkich swoich danych w takich repozytoriach przed publikacją [ potrzebne źródło ] .
Podobne inicjatywy
Istnieją podobne inicjatywy, które próbują zdefiniować wymagania minimalne. W przypadku mikromacierzy Towarzystwo MGED zdefiniowało minimalne informacje na temat eksperymentu z mikromacierzami (MIAME). W przypadku badań zgłaszających dokładność diagnoz medycznych dostępne są standardy raportowania dokładności diagnostycznej (STARD) .