Jeffreya Skolnicka

Jeffreya Skolnicka
Urodzić się
Brooklyn , Nowy Jork
Znany z techniki obliczeniowe do analizy struktury białek
Nagrody
Kariera naukowa
Pola
Instytucje
Praca dyplomowa   Badania nad prętowym modelem polielektrolitu (1978)
Doradca doktorski profesora Marshalla Fixmana; doktorat
Strona internetowa www.biology.gatech.edu/people/jeffrey-skolnick _ _ _ _ _

Jeffrey Skolnick jest amerykańskim biologiem obliczeniowym . Obecnie jest Georgia Institute of Technology School of Biology, dyrektorem Center for the Study of Systems Biology, Mary and Maisie Gibson Chair, Georgia Research Alliance Eminent Scholar in Computational Systems Biology, dyrektorem Integrative BioSystems Institute , a wcześniej był doradcą naukowym w firmie Intellimedix.

Skoncentrował się na rozwoju algorytmów obliczeniowych i ich zastosowaniu do proteomów do przewidywania struktury i funkcji białek, przewidywania interakcji małocząsteczkowych ligand-białko z zastosowaniami do odkrywania leków, przewidywania zastosowań istniejących leków poza celem oraz badanie wzajemnego oddziaływania między fizyką białek a ewolucją w określaniu struktury i funkcji białek.

Skolnick jest najbardziej znany z wykazania, że ​​liczba kieszeni wiążących ligandy w białkach jest dość mała, co uzasadnia prawdopodobieństwo, że zmiana przeznaczenia leków na dużą skalę zadziała. To w połączeniu z możliwością wykorzystania przewidywanych, jak również eksperymentalnych struktur w skriningu wirtualnych ligandów z większą dokładnością i precyzją niż istniejące podejścia, umożliwi komputerową identyfikację zatwierdzonych przez FDA leków o nowatorskich mechanizmach działania z dużym prawdopodobieństwem sukcesu eksperymentalnego.

Znany jest również ze swojej unikalnej metodologii nauczania i interaktywnej pedagogiki, która upraszcza zrozumienie złożonych pojęć w chemii obliczeniowej .

Główne odkrycia

Kompletność biblioteki struktur i oddziaływań białek

Skolnick jako pierwszy wykazał, że biblioteka struktur białkowych z pojedynczą domeną jest prawdopodobnie kompletna i że obserwowane fałdy w naturze wynikają z uwięzienia gęstych łańcuchów polimerowych. Ponadto wykazał, że uwięzienie tych gęstych łańcuchów polimerowych oraz interakcje hydrodynamiczne były dominującym czynnikiem przyczyniającym się do procesów dyfuzyjnych w komórkach. Co więcej, interakcje hydrodynamiczne wprowadziły korelacje czasowe i przestrzenne na dużą skalę, które mogą mieć ważne konsekwencje funkcjonalne.

Modelowanie homologii ligandów

Był także pionierem w dziedzinie modelowania homologii ligandów dzięki swojemu opartemu na wątkach podejściu FINDSITE do wnioskowania o funkcjach białek, przewidywania miejsc wiązania i przesiewania wirtualnych ligandów. Badania wykazały, że zdalnie spokrewnione białka identyfikowane przez nitkowanie często mają wspólne miejsce wiązania ligandu zajmowane przez chemicznie podobne ligandy, które zawierają silnie konserwowane kotwiczące grupy funkcyjne, a także region zmienny, który odpowiada za ich specyficzność wiązania. Spostrzeżenia te umożliwiają wykorzystanie przewidywanych struktur o niskiej rozdzielczości do przewidywania pozy przesiewowej/wiązania wiązania z ligandem, z porównywalną dokładnością, jak w przypadku struktur eksperymentalnych o wysokiej rozdzielczości. Wykazano, że w badaniu przesiewowym wirtualnych ligandów najnowsza wersja, FINDSITEcomb, działa znacznie lepiej niż bardziej tradycyjne metody wirtualnego przesiewania zarówno w przewidywanych, jak i eksperymentalnych strukturach o wysokiej rozdzielczości.

Przewidywanie struktury białek TASSER

Opracował również metodę przewidywania struktury białek TASSER, której warianty były jednymi z najlepszych rozwiązań CASP w 2000 roku i stanowiły podstawę usługi I-TASSER . TASSER był jedną z pierwszych metod, których modele były bliższe strukturze natywnej niż szablon wyjściowy.

Długość trwałości elektrostatycznej Odijka-Skolnicka-Fixmana

Doktor Skolnicka praca magisterska „Badania nad modelem polielektrolitu podobnego do pręta”, wraz z Fixmanem i Odijkiem, opracowała teorię długości trwałości elektrostatycznej w polielektrolitach, znaną obecnie jako długość trwałości elektrostatycznej Odijka-Skolnicka-Fixmana, która nadal jest uważana za klasyczny punkt odniesienia.

Edukacja

Skolnick ukończył z wyróżnieniem Uniwersytet Waszyngtoński w 1975 roku, uzyskując tytuł Bachelor of Arts w dziedzinie chemii. Po Uniwersytecie Waszyngtońskim przeniósł się do Yale, gdzie w 1977 roku uzyskał tytuł magistra filozofii w dziedzinie chemii oraz stopień doktora. w chemii zaledwie rok później w 1978 roku.

Jego doktorat praca magisterska „Badania nad modelem polielektrolitu podobnego do pręta” skupiała się na statystycznej mechanice polimerów wraz z dr Marshallem Fixmanem. Metody opisane przez Skolnicka i Fixmana i niezależnie opracowane przez Theo Odijka są nadal używane jako podstawa do określania długości trwałości elektrostatycznej polielektrolitów.

Uznanie akademickie

Nagrody

Skolnick został uznany za członka American Association for the Advancement of Science, Biophysical Society i St. Louis Academy of Science. Otrzymał również stypendium naukowe im. Alfreda P. Sloana.

Czasopisma i rady redakcyjne

Daktyle Dziennik
2012 – obecnie Redakcja, PeerJ
2012 – obecnie Redaktor Sekcji Biologii Strukturalnej, Biology Direct
2011 – obecnie Redakcja, Aktualna Bioinformatyka
2005 – obecnie Redakcja, Biology Direct
2005 – obecnie Redakcja, Protein Science
1998 – obecnie Redakcja, Białka

Jest także współzałożycielem firmy zajmującej się proteomiką strukturalną na wczesnym etapie, GeneFormatics, a jego oprogramowanie zostało skomercjalizowane przez firmę Tripos.

Profesjonalna kariera

Daktyle Pozycja
2010 – obecnie Dyrektor, Integrated Biosystems Institute, Georgia Institute of Technology
2008 – obecnie Mary i Maisie Gibson Katedra Biologii Systemów Obliczeniowych
2008–2010 Zastępca dyrektora, Integrated Biosystems Institute, Georgia Institute of Technology
2007–2012 Adiunkt, Szkoła Chemii i Biochemii, Georgia Institute of Technology
2006 – obecnie Dyrektor Centrum Studiów nad Biologią Systemów, Georgia Institute of Technology
2006 – obecnie GRA Wybitny uczony, Biologia Systemów Obliczeniowych
2006 – obecnie Profesor, Szkoła Biologii, Georgia Institute of Technology
2002-2005 Dyrektor Buffalo Center of Excellence in Bioinformatics
2002-2005 Profesor biologii strukturalnej na Uniwersytecie w Buffalo
1999–2002 Dyrektor działu biologii obliczeniowej/strukturalnej, Danforth Plant Science Center

Patenty

Patent nr 5 265 030 wydany 23.11.1993. System i metoda wyznaczania struktur trójwymiarowych białek. Jeffrey Skolnick i Andrzej Koliński Wynalazcy.

Patent nr 5 933 819 wydany 3.08.1999 r. Przewidywanie względnych motywów wiążących peptydów aktywnych biologicznie i mimetyków peptydowych. Jeffrey Skolnick, Mariusz Milik i Andrzej Koliński Wynalazcy.

Patent nr 6,631,332, wydany 10.07.2003. Metody wykorzystania deskryptorów miejsc funkcjonalnych i przewidywania funkcji białek. Jeffrey Skolnick i Jacquelyn S. Fetrow Wynalazcy.

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Jeffrey_Skolnick&oldid=1127455820 ”