KOPASI
| Pierwsze wydanie | 11 października 2004 |
|---|---|
| Wersja stabilna | 4.25 (kompilacja 207) / 15 marca 2019 r
|
| Magazyn | |
| Napisane w | C++ |
| System operacyjny | Linux , macOS i Microsoft Windows |
| Platforma | Qt |
| Licencja | Licencja artystyczna |
| Strona internetowa | copasi.org |
COPASI (COMplex PAthway SImulator) to oprogramowanie typu open source do tworzenia i rozwiązywania modeli matematycznych procesów biologicznych, takich jak sieci metaboliczne, szlaki sygnalizacji komórkowej, sieci regulacyjne, choroby zakaźne i wiele innych.
Historia
COPASI opiera się na oprogramowaniu symulacyjnym Gepasi, które zostało opracowane na początku lat 90. przez Pedro Mendesa . Początkowy rozwój COPASI był finansowany przez Virginia Bioinformatics Institute i Klaus Tschira Foundation . Obecne wysiłki rozwojowe są wspierane przez dotacje z Narodowych Instytutów Zdrowia , BBSRC i niemieckiego Ministerstwa Edukacji.
Zespół deweloperski
COPASI jest wynikiem międzynarodowej współpracy między University of Manchester (Wielka Brytania), University of Heidelberg (Niemcy) i Virginia Bioinformatics Institute (USA). Głównymi badaczami projektu są Pedro Mendes i Ursula Kummer. Główni architekci oprogramowania to Stefan Hoops i Sven Sahle.
Cechy
COPASI zawiera funkcje do definiowania modeli procesów biologicznych, symulacji i analizy tych modeli, generowania raportów analitycznych oraz importu/eksportu modeli w formacie SBML .
- Definicja modelu : Modele definiuje się jako reakcje chemiczne między rodzajami cząsteczek. Dynamikę modelu określa prawo Rate związane z poszczególnymi reakcjami. Modele mogą również obejmować przedziały, zdarzenia i inne zmienne globalne, które mogą pomóc w określeniu dynamiki systemu.
- Zadania : zadania to różne typy analiz, które można wykonać na modelu. Obejmują one analizę stanu stacjonarnego , analizę stechiometryczną , symulację przebiegu w czasie przy użyciu algorytmów symulacji deterministycznej i stochastycznej, analizę kontroli metabolicznej , obliczenie wykładnika Lapunowa , separację skali czasu, skanowanie parametrów, optymalizację i estymację parametrów.
- Importowanie i eksportowanie : COPASI może odczytywać modele w formacie SBML , jak również w formacie Gepasi. COPASI może pisać modele w kilku różnych formatach, w tym SBML , kod źródłowy w języku programowania C , pliki Berkeley Madonna i pliki XPPAUT .