Kolorowy marker elektroforetyczny

znacznik elektroforetyczny służy do monitorowania postępu elektroforezy w żelu agarozowym i elektroforezy w żelu poliakryloamidowym (PAGE), ponieważ DNA, RNA i większość białek jest bezbarwna. Są one również określane jako barwniki śledzące i są często obecne w barwnikach obciążających, a także w drabinach masy cząsteczkowej.

Przykłady

Powszechnie stosowane kolorowe markery to błękit bromofenolowy , czerwień krezolowa , pomarańcza G i cyjanol ksylenowy . Ogólnie rzecz biorąc, Orange G migruje szybciej niż błękit bromofenolowy, który migruje szybciej niż cyjanol ksylenowy, ale widoczne „rozmiary” tych barwników (w porównaniu z cząsteczkami DNA) różnią się w zależności od stężenia agarozy i zastosowanego systemu buforowego . Na przykład w 1% żelu agarozowym sporządzonym w buforze TAE ( Tris - octan - EDTA ), cyjanol ksylenu migruje z prędkością cząsteczki DNA o długości 3000 par zasad (bp), a błękit bromofenolowy migruje z prędkością 400 bp. Jednak w 1% żelu sporządzonym w buforze TBE (triboran- EDTA ) migrują odpowiednio przy 2000 bp i 250 bp.

Aplikacje

Markery barwne są czasami dodawane do barwników obciążających do elektroforezy żelowej w rozdzielaniu fragmentów DNA. Barwniki ładujące utrzymują próbki DNA pod powierzchnią żelu agarozowego, a kolorowe znaczniki w środku pomagają śledzić migrację przodu DNA podczas przemieszczania się wzdłuż żelu.

W przypadku PAGE niektóre dostępne na rynku markery masy cząsteczkowej (zwane także „drabinkami”, ponieważ po rozdzieleniu wyglądają jak szczeble drabiny) zawierają wstępnie wybarwione białka o różnych kolorach, dzięki czemu możliwe jest dokładniejsze określenie, gdzie białka będące przedmiotem zainteresowania próbki mogą być.