Konsorcjum Funkcjonalnej Glycomics
 | |
| Tworzenie | 2001 |
|---|---|
| Zamiar | zdefiniowanie paradygmatów, według których interakcje białko-węglowodan pośredniczą w komunikacji komórkowej |
| Siedziba | Instytut Badawczy Scrippsa |
Członkostwo |
otwarte dla każdego badacza prowadzącego badania finansowane z dotacji nad białkami wiążącymi glikany lub ich ligandami |
Główny śledczy |
dr James Paulson |
Budżet |
finansowany z 10-letniego grantu na klej od National Institute of General Medical Sciences, części US National Institutes of Health (NIH) |
| Strona internetowa | http://www.functionalglycomics.org |
Consortium for Functional Glycomics ( CFG ) to duża inicjatywa badawcza sfinansowana w 2001 r. z grantu Narodowego Instytutu Nauk Medycznych (NIGMS) w celu „zdefiniowania paradygmatów, według których interakcje białko - węglowodan pośredniczą w komunikacji komórkowej ”. Aby osiągnąć ten cel, CFG bada funkcje:
- trzy główne klasy ssaczych białek wiążących glikan (GBP): lektyna typu C , galektyna i SIGLEC
- receptory immunologiczne, które wiążą węglowodany: CD1 , receptor komórek T i przeciwciała przeciw węglowodanom
- GBP mikroorganizmów, które wiążą się z glikanami komórki gospodarza jako receptory.
CFG składa się z ośmiu głównych obiektów i ponad 500 uczestniczących badaczy, którzy współpracują w celu rozwijania zasobów i usług oraz udostępniania ich bezpłatnie społeczności naukowej. Dane generowane przez te zasoby są przechwytywane w bazach danych dostępnych za pośrednictwem Functional Glycomics Gateway, zasobu sieciowego utrzymywanego w ramach partnerstwa między CFG i Nature Publishing Group .
Organizacja
CFG składa się z trzech głównych elementów: uczestniczących badaczy, rdzeni i komitetu sterującego.
Uczestniczący badacze
Postęp w kierunku ogólnego celu CFG jest napędzany badaniami ponad 500 uczestniczących badaczy] (PI) na całym świecie, których laboratoria wykorzystują zasoby, usługi i dane wytwarzane przez rdzenie naukowe CFG.
PI są największym elementem programu, który każdego roku powiększa się o nowych członków. Każdy PI posiada również program badań w ramach CFG, wspierany środkami spoza CFG. Badacze ubiegają się o członkostwo i muszą mieć dofinansowanie w ramach CFG, ale nie są zobowiązani do przyłączenia się do CFG, aby uzyskać dostęp do zasobów. Kilka PI ma również granty pomostowe finansowane przez CFG, które są przede wszystkim powiązane z celami rdzeni naukowych i umożliwiają je, z korzyścią dla wszystkich PI.
PI są zorganizowani w 10 podgrup kierowanych przez liderów podgrup:
- Rozpoznawanie glikanów gospodarza przez mikroorganizmy
- Rozpoznawanie immunologiczne glikanów
- Glikany w komunikacji komórek odpornościowych
- Glikany w rozwoju i fizjologii
- Glikany w biologii raka
- Glikany w konformacji i funkcji białek
- Glikomika analityczna
- Synteza chemiczna i mikromacierze glikanów
- Glikobiologia strukturalna 3-D
- Bioinformatyka
Podgrupy organizują co najmniej trzy warsztaty rocznie, podczas których utworzyły kilka grup roboczych, aby wykorzystać fundusze CFG w swoich wysiłkach na rzecz zdefiniowania biologii GBP. Wkład PI w wyjaśnianie paradygmatów definiujących funkcję GBP jest rejestrowany w bazach danych CFG, a także w publikacjach naukowych i artykułach przeglądowych.
Rdzenie
Większość funduszy CFG jest inwestowana w rdzenie naukowe, które są odpowiedzialne za generowanie nowych zasobów, nowych technologii i platform informacji, które badacze wykorzystują w swoich badaniach. Poniżej opisano osiem rdzeni CFG:
- Rdzeń administracyjny (A) , znajdujący się w Instytucie Badawczym Scripps , wspiera komitet sterujący CFG, rdzenie i uczestniczących badaczy, planuje spotkania i warsztaty, publikuje kwartalny biuletyn, ułatwia prośby o zasoby, śledzi publikacje związane z CFG i pisze raporty z postępów do NIGMS. Core A ściśle współpracuje również z Core B, aby aktualizować i rozwijać nowe treści dla witryny Functional Glycomics Gateway.
- Bioinformatics Core (B) , zlokalizowany w Massachusetts Institute of Technology , jest odpowiedzialny za pozyskiwanie, przechowywanie i rozpowszechnianie wszystkich danych i informacji związanych z CFG. W tym celu Core B współpracuje z Nature Publishing Group w celu opracowania strony CFG Functional Glycomics Gateway. W tym przypadku Core B zbudował złożone relacyjne bazy danych w celu zintegrowania różnorodnych zestawów danych generowanych przez rdzenie naukowe CFG i uczestniczących badaczy, a także zestawy danych z innych publicznych baz danych. Aby zwiększyć użyteczność tych baz danych, Core B współpracuje z ośrodkami naukowymi w celu opracowania narzędzi bioinformatycznych do eksploracji danych i prognozowania
- Analytical Glycotechnology Core (C) z siedzibą w Imperial College London oferuje profilowanie spektrometrii mas N- i O-glikanów z komórek ssaków, przy czym najwyższy priorytet mają czyste populacje ludzkich lub mysich komórek odpornościowych.
- Glycan Array Synthesis Core (D) , zlokalizowany w The Scripps Research Institute , produkuje i gromadzi związki węglowodanowe (monosacharydy, disacharydy itp.), białka wiążące glikany i przeciwciała antyglikanowe w celu dystrybucji do badaczy. Wiele z tych odczynników zostało hojnie wniesionych przez uczestniczących badaczy. Rdzeń D syntetyzuje również glikany i drukuje macierz glikanów CFG (patrz rdzeń H poniżej)
- Gene Microarray Core (E) , znajdujący się w The Scripps Research Institute , przeszukuje próbki RNA dostarczone przez badaczy na specjalnie zaprojektowanej macierzy chipów glikogenu opracowanej przy użyciu technologii Affymetrix . Chip zawiera zestawy sond zaprojektowane do monitorowania ekspresji około 2000 ludzkich i mysich genów, w tym glikozylotransferaz, białek wiążących glikany, białek degradacji glikanów, białek transportujących białka międzykomórkowe, transporterów cukrów, cząsteczek adhezyjnych, interleukin, mucyn, czynników wzrostu, cytokin, chemokiny i nie tylko.
- Mouse Transgenics Core (F) , dawniej mieszczący się w The Scripps Research Institute , jest teraz zamknięty. W latach 2001-2009 Core F wygenerował 26 linii myszy z całkowitym i warunkowym nokautem z niedoborem białek wiążących glikany lub glikozylotransferaz. Wszystkie szczepy Core F są teraz archiwizowane w Mutant Mouse Regional Resource Center (MMRRC) na Uniwersytecie Kalifornijskim w Davis lub The Jackson Laboratory (Jax). Jako usługa dla społeczności, CFG nadal utrzymuje witrynę w Functional Glycomics Gateway, aby pomóc badaczom zlokalizować potencjalne źródła linii myszy z nokautem glikogenu.
- Mysi Phenotype Core (G) , zlokalizowany w Sanford-Burnham Medical Research Institute , współpracuje z uczestniczącymi badaczami „mentorami” w celu oceny histologii, hematologii, metabolizmu, funkcji immunologicznych i zachowania linii myszy generowanych przez Core F w celu opisania fenotypowe wyniki usunięcia jednego lub więcej glikogenów. Według uznania Podkomitetu ds. Myszy, Core G od czasu do czasu ocenia linie myszy dostarczone przez badaczy.
- Protein-Glycan Interaction Core (H) , zlokalizowany na Uniwersytecie Emory , analizuje wygenerowane przez badacza lektyny, przeciwciała, surowice odpornościowe, mikroorganizmy lub białka podejrzewane o wiązanie glikanów pochodzenia ludzkiego, zwierzęcego i mikrobiologicznego na macierzy glikanów ssaków w celu określenia specyficzności węglowodanów i zidentyfikować określone ligandy. Obecna wersja tablicy (v4.1), opracowana i wydrukowana przez Core D, zawiera 465 różnych glikanów.
Komitet Sterujący
CFG jest zarządzany przez komitet sterujący, któremu przewodniczy dr James C. Paulson , profesor w Instytucie Badawczym Scripps i główny badacz grantu CFG na klej. Resztę komitetu stanowi jedenastu dodatkowych ekspertów ds. glikomiki i jeden oficer naukowy NIGMS.
Pięć podkomitetów nadzoruje rdzenie i wydaje zalecenia dla komitetu sterującego dotyczące priorytetów w zakresie zasobów i rozwoju technologii: Podkomitet Bioinformatyczny, Podkomitet Glycan Array/Carbohydrate Library, Podkomitet Analizy Glycan, Podkomitet Myszy i Podkomitet Nomenklatury.
Zasoby
Opisane powyżej zasoby i usługi CFG są bezpłatne dla badaczy badających złożoną biologię, która reguluje interakcje białek wiążących glikany i ich ligandy w pośredniczeniu w komunikacji komórkowej.
Zasoby można uzyskać, przesyłając formularz na stronie Functional Glycomics Gateway. Po otrzymaniu wniosku odpowiedni dyrektor podstawowy przegląda go i kontaktuje się z badaczem, jeśli potrzebne są dodatkowe informacje. Gdy główny dyrektor sfinalizuje wniosek i ustali, czy rdzeń jest w stanie go spełnić, Komitet Sterujący CFG rozpatruje wniosek w celu ostatecznego zatwierdzenia.
Członkostwo w CFG nie jest warunkiem otrzymania zasobów, ale instytucja badacza musi zatwierdzić umowę CFG na udostępnianie danych, aby ukończyć proces składania wniosków o zasoby.
Bazy danych
Dane uzyskane przez rdzenie naukowe CFG z próbkami przesłanymi przez PI oraz dane uzyskane przez badaczy w ich własnych laboratoriach przy użyciu zasobów CFG są przesyłane do baz danych CFG w celu rozpowszechniania wśród badaczy i społeczności naukowej. Specjalistyczne bazy danych dotyczące GBP, struktur glikanów i glikozylotransferaz mają na celu pomóc w integracji danych i ocenie postępów w realizacji ogólnego celu.
Najłatwiejszym sposobem przeszukania wszystkich informacji związanych z CFG jest wprowadzenie słowa kluczowego (np. „galektyna-1”, „kwas sialowy” itp.) lub nomenklatury węglowodanów IUPAC w polu wyszukiwania na górze strony Functional Glycomics Gateway.
Finansowanie
W 2001 roku CFG otrzymał pięcioletni grant na klej w wysokości 34 milionów dolarów] od NIGMS. W 2006 r. grant CFG na klej został przedłużony na kolejne pięć lat o dodatkowe 40,7 mln USD. Finansowanie dotacji na klej zakończyło się 31 sierpnia 2011 r. CFG poszukuje alternatywnego finansowania, aby kontynuować wiele aspektów CFG po okresie finansowania dotacji na klej.