Malezja brała udział w Azjatyckich Igrzyskach Młodzieży 2009, które odbyły się w Singapurze od 29 czerwca do 7 lipca 2009. Ze względu na ograniczenia w podróżowaniu spowodowane wybuchem wirusa H1N1 Malezja ograniczała udział tylko w 2 dyscyplinach sportowych; piłka nożna i żeglarstwo. Jednak drużyna piłkarska nie kwalifikuje się do drugiej rundy i wróciła do Malezji przed rozpoczęciem rozgrywek. Dwóch marynarzy, Muhamad Amirul Shafig Jais i Khairunneeta Mohd Afendy pozostało w Singapurze, aby wziąć udział w Byte CII dla chłopców i dziewcząt poniżej 14 lat. Muhamad Amirul Shafig Jais zdobył brązowy medal w kategorii Boys' Byte CII, a Khairunneeta Mohd Afendy zajął czwarte miejsce w kategorii Girls' Byte CII. Szefem misji na igrzyska była Marina Chin, dyrektor Sekolah Sukan Bukit Jalil. Nie pojawiła się jednak na igrzyskach z powodu wycofania się malezyjskiego kontyngentu