Manuel Corps (naukowiec)

Manuel Corpas
MannyCorpas.jpg
Portret Manuela Corpasa
Urodzić się
Manuela Corpasa Lopeza

Alma Mater Uniwersytet Nawarry
Znany z
Nagrody Instytut Zrównoważonego Rozwoju Oprogramowania 2016
Kariera naukowa
Pola
Bioinformatyka Genomika
Instytucje
Praca dyplomowa   Składane wzory w sekwencjach białek (2007)
Doradca doktorski Terri Attwood
Strona internetowa

Manuel Corpas jest anglo-hiszpańskim biologiem i przedsiębiorcą znanym przede wszystkim ze swojego wkładu w dziedzinie bioinformatyki i genomiki . Obecnie Corpas jest Chief Scientist w startupie Cambridge Precision Medicine, tutorem w Institute for Continuing Education na Uniwersytecie w Cambridge oraz wykładowcą na Universidad Internacional de La Rioja . Manuel pracował nad ludzkim genomem od początku swojej kariery, będąc jednym z pierwszych konsumentów, który zsekwencjonował genom własny i bliskich krewnych, który opublikował jako Corpasome. Zajmował stanowiska w Instytucie Earlham jako kierownik projektu oraz w Instytucie Wellcome Sanger , rozwijając bazę danych DECIPHER , bazę danych pomagającą w diagnozowaniu pacjentów z rzadkimi zaburzeniami genomicznymi.

Edukacja

Corpas uzyskał tytuł Bachelor of Science w dziedzinie biologii na Uniwersytecie Nawarry w 2000 r. W 2007 r. otrzymał tytuł doktora bioinformatyki na Uniwersytecie w Manchesterze pod kierunkiem profesor Terri Attwood i dr Steve'a Pettifera , badających ewolucyjną konserwację fałd w białkach .

Usługa akademicka

Podczas swojej pracy doktorskiej Corpas założył International Society for Computational Biology Student Council (ISCBSC), międzynarodową organizację zrzeszającą studentów biologii obliczeniowej. Międzynarodowe Towarzystwo Biologii Obliczeniowej oficjalnie zatwierdził Samorząd Studencki w 2004 r. z Corpas jako jego inauguracyjnym przewodniczącym. Do tej pory Samorząd Studencki ma liczne Regionalne Grupy Studenckie na całym świecie, które dotykają wielu tysięcy studentów w tej dziedzinie. Corpas zorganizował również pierwsze Sympozjum Samorządu Studentów Biologii Obliczeniowej na Europejskiej Konferencji Biologii Obliczeniowej w Madrycie (2005). Ponadto pełnił funkcję przewodniczącego pierwszej konferencji bioinformatyki w Afryce zorganizowanej przez Afrykańskie Towarzystwo Bioinformatyki i Biologii Obliczeniowej .

Badania i kariera

Po kilku miesiącach pracy w Hiszpańskim Narodowym Instytucie Bioinformatyki w Madrycie pod kierownictwem Alfonso Valencia i Europejskim Instytucie Bioinformatyki pod kierunkiem Ewana Birneya , Corpas osiadł w Instytucie Wellcome Sanger jako twórca bazy danych DECIPHER pod nadzorem dr Helen V. Firth. Od tego czasu zajmuje się badaniami genomu człowieka i genomiką osobistą . Podczas swojej pracy w Wellcome Sanger Institute początkowo koncentrował się na rozwoju narzędzi integracyjnych i wizualizacyjnych do interpretacji zbiorów danych typu Copy Number Variation. Jakiś czas później rozpoczął pracę w „Trupach”. Był jedną z pierwszych osób, które upubliczniły w internecie swój osobisty genotyp z 23andMe , nazywając ten proces „blogowaniem genomu”. Wkrótce po tym, jak jego rodzina przeanalizowała swoje genotypy, używając najpierw danych 23andMe, a następnie technologii ludzkiego egzomu, a ostatnio całego genomu. Doprowadziło to do wielu ważnych publikacji z dziedziny genomiki osobistej, wykonując pierwszą crowdsourcingową analizę rodziny genomów. Pod koniec swojej kadencji w Instytucie Sangera zorganizował BioJavaScript (BioJS), aby zostać jej koordynatorem od 2012 do 2017 roku. Społeczność BioJS to jak dotąd największy wysiłek w dostarczaniu komponentów sieciowych typu open source do wizualizacji biologicznej. Grupa badawcza Corpas była zaangażowana w niektóre z najważniejszych zmian w tej społeczności otwartego oprogramowania. BioJS obejmuje wysiłki czołowych światowych zasobów, takich jak Europejski Instytut Bioinformatyki , Berkeley Lab , Uniwersytet Cambridge i inne. Firmie Corpas udało się uzyskać 5 staży na Google Summer of Code , który katapultował BioJS jako międzynarodowy wysiłek.

Corpas był również Koordynatorem Technicznym ELIXIR-UK, brytyjskiego oddziału europejskiej sieci ELIXIR zajmującej się bioinformatyką i zasobami danych. Jako koordynator techniczny ELIXIR był zaangażowany w rozwój najlepszych praktyk i standaryzowanych wskaźników do pomiaru wpływu zasobów danych w całej Europie. W tym czasie był również zaangażowany w Globalną Organizację ds. Kształcenia, Edukacji i Szkoleń Bioinformatycznych, pełniąc funkcję przewodniczącego ich komitetu technicznego i rozwoju ich portalu szkoleniowego, który zapewnia ogólnodostępne zasoby szkoleniowe dla społeczności bioinformatycznej.

Oprócz pracy w Cambridge Precision Medicine, Manuel jest wykładowcą w Instytucie Kształcenia Ustawicznego Uniwersytetu Cambridge , a także prowadzi kursy online z medycyny precyzyjnej w języku angielskim i hiszpańskim. Manuel ma na swoim koncie ponad 50 recenzowanych publikacji naukowych oraz książkę Perfect DNA , w której bada szersze zagadnienia wykraczające poza naukę o sekwencjonowaniu genetycznym.

Nagrody i wyróżnienia

Corpas jest członkiem Software Sustainability Institute i częstym prelegentem na światowych wydarzeniach poświęconych genomice, takich jak Festival of Genomics London, BioData West, Longevity World Forum i inne. Został skatalogowany jako jedna z czołowych postaci z Malagi (Hiszpania), mających wpływ na świat.