Metody przypisania genetycznego
Metody przypisania genetycznego to zestaw zaawansowanych metod statystycznych , które są używane do określania relacji między osobnikami a populacjami . Ogólna zasada, która się za nimi kryje, polega na wykorzystaniu genotypów multilocus do przypisania populacji referencyjnych jako pochodzenia osobników.
Metody przypisania genetycznego
Metoda częstotliwości
Metoda ta została po raz pierwszy przedstawiona przez Paetkau et al. w 1995 r. Przypisuje osobnika do populacji referencyjnej na podstawie prawdopodobieństwa genotypu tego osobnika w populacji. Ta metoda zakłada równowagę Hardy'ego-Weinberga i niezależność loci, a także nieokreślone założenie, że wydedukowane częstości alleli w próbce populacji są bliskie dokładnym wartościom. Ta metoda obejmuje trzy kroki:
- Obliczanie wymaganych częstości alleli we wszystkich populacjach kandydujących
- genotypu multilocus osobnika w każdej populacji
- genotypu osobnika jest największe
Model bayesowski
Ta metoda jest inspirowana Rannala i Mountain. W swoim artykule opublikowanym w 1997 roku imigracji zastosowano podejście bayesowskie . Zakładając, że częstości alleliczne każdego każdej populacji mają równe wcześniejsze , prawdopodobieństwo osobnika z genotypem w locus w populacji i jest równe
![{\displaystyle {\begin{aligned}&{\frac {\left({\frac {n_{ijk}+1}{K_{j}+1}}\right)\left({\frac {n_{ijk}+1}{K_{j}}}\right)}{(n_{ij}+2)(n_{ij}+1)}}&&{\text{ for }}k=k'\\[6pt]&{\frac {2\left({\frac {n_{ijk}+1}{K_{j}}}\right)\left({\frac {n_{ijk'}+1}{K_{j}}}\right)}{(n_{ij}+2)(n_{ij}+1)}}&&{\text{ for }}k\neq k'\end{aligned}}}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/5c6e142d2ce2638e6a4bbf46387b930ed42bc2e0)
n ijk to liczba alleli k pobranych w locus j w populacji i , n ij to liczba kopii genów pobranych w locus j w populacji i , a kj to całkowita liczba alleli zaobserwowanych w całych populacjach w locus j .
Metoda odległości
Metoda ta została przedstawiona przez Cornueta i in. w 1999 r. Wykorzystuje odległość genetyczną do przypisania osobnika do „najbliższej” populacji. W przypadku odległości między populacjami osobnik jest przypisywany jako próbka dwóch alleli ; dla wspólnej odległości alleli odległość przyjęto jako średnią odległości między osobnikiem a próbkami populacji. Zauważ, że ta metoda nie zakłada równowagi Hardy'ego-Weinberga ani niezależności loci .