Minimalne informacje wymagane w adnotacji modeli

MIRIAM (Minimum Information Required In The Annotation of Models) to inicjatywa na poziomie społeczności mająca na celu standaryzację procesów adnotacji i kuracji ilościowych modeli systemów biologicznych. Składa się z zestawu wytycznych odpowiednich do użycia w dowolnym formacie strukturalnym, umożliwiając różnym grupom współpracę i udostępnianie powstałych modeli. Przestrzeganie tych wytycznych ułatwia również udostępnianie infrastruktury oprogramowania i usług zbudowanej na podstawie działań związanych z modelowaniem.

Idea „zestawu dobrych praktyk”, w tym „niektórych obowiązkowych metadanych”, została po raz pierwszy zaproponowana przez Nicolasa Le Novère w październiku 2004 r . ). Te wstępne pomysły zostały dopracowane na spotkaniu w Heidelbergu podczas ICSB 2004 z przedstawicielami wielu innych zainteresowanych grup.

MIRIAM jest zarejestrowanym projektem MIBBI (minimalne informacje do badań biologicznych i biomedycznych).

Wytyczne MIRIAM

Wytyczne MIRIAM składają się z trzech części: korespondencji referencyjnej , adnotacji przypisania i adnotacji zasobów zewnętrznych , z których każda dotyczy innego aspektu informacji, które powinny być zawarte w modelu.

Korespondencja referencyjna

„Korespondencja referencyjna” dotyczy podstawowych informacji referencyjnych potrzebnych do korzystania z modelu, wyszczególniając na poziomie brutto format pliku modelu i jego natychmiastowość do celów symulacji.

Plik modelu musi być zakodowany w publicznym, znormalizowanym formacie nadającym się do odczytu maszynowego ( SBML , CellML , GENESIS , ...).
Plik modelu musi być prawidłowy w odniesieniu do swojego schematu kodowania.
Model musi być powiązany z opisem referencyjnym lub publikacją wyszczególniającą jego pochodzenie, nawet jeśli jest to kompozyt.
Zakodowana struktura modelu musi odzwierciedlać (biologiczne) procesy wyszczególnione w opisie referencyjnym.
Model musi być możliwy do utworzenia; należy podać niezbędne parametry ilościowe, takie jak warunki początkowe, jeżeli są one potrzebne do symulacji.
Po utworzeniu instancji model musi być w stanie odtworzyć reprezentatywne wyniki podane w opisie referencyjnym w epsilonie (algorytmy, błędy zaokrągleń).

Adnotacja autorstwa

„Adnotacja autorstwa” dotyczy informacji o atrybucji, które muszą być osadzone w pliku modelu.

Model musi mieć nazwę.
Model musi zawierać przytoczenie opisu referencyjnego identyfikującego autorów modelu.
Model musi zawierać imię i nazwisko oraz dane kontaktowe twórców modelu.
Należy podać datę i godzinę utworzenia modelu oraz ostatniej modyfikacji. Historia modelu jest przydatna, ale nie wymagana.
Model powinien być powiązany z dokładnym oświadczeniem o warunkach jego użytkowania i dystrybucji, niezależnie od tego, czy jest „darmowy”, czy nie.

Adnotacja zasobu zewnętrznego

„Adnotacja zasobów zewnętrznych” określa sposób, w jaki adnotacje powinny być konstruowane. Adnotacje te zawierają odniesienia do podmiotów w bazach danych, klasyfikacjach, ontologiach itp. Jednym z celów adnotacji jest umożliwienie jednoznacznej identyfikacji różnych komponentów modelu.

Adnotacja musi jednoznacznie odnosić fragment wiedzy do składnika modelu.
Informacje, do których się odwołujemy, powinny być opisane za pomocą trójki {zbiór danych, identyfikator kolekcji, opcjonalny kwalifikator} :
- Adnotacja powinna być wyrażona jako jednolity identyfikator zasobów (URI).
- W ramach zbierania danych należy przeanalizować identyfikator kolekcji.
- Kwalifikatory (nieobowiązkowe) powinny być stosowane w celu doprecyzowania powiązania między komponentami modelu a informacjami odniesienia, na przykład „has_a”, „is_version_of” i „is_homolog_to”.

Więcej informacji na temat istniejących kwalifikacji można znaleźć na stronie BioModels.net.

Do tej pory adnotacje to głównie praca ręczna, więc aby zapewnić ich długowieczność, konieczne jest stosowanie stałych identyfikatorów URI. Uznano, że generowanie prawidłowych i unikalnych identyfikatorów URI do adnotacji wymaga stworzenia katalogu współdzielonych przestrzeni nazw do użytku przez społeczność. Tę funkcję zapewnia rejestr MIRIAM . Rejestr zapewnia również szereg pomocniczych funkcji pomocniczych umożliwiających zautomatyzowane procedury oparte na tych identyfikatorach URI. Możliwość generowania rozpoznawalnych identyfikatorów jest zapewniona dzięki zastosowaniu warstwy rozstrzygającej Identifiers.org .

Zobacz też