Rejestr MIRIAM
Rejestr MIRIAM , produkt uboczny wytycznych MIRIAM , jest bazą danych przestrzeni nazw i powiązanych informacji, która jest wykorzystywana do tworzenia jednolitych identyfikatorów zasobów . Zawiera zestaw zatwierdzonych przez społeczność przestrzeni nazw dla baz danych i zasobów służących przede wszystkim domenie nauk biologicznych. Te wspólne przestrzenie nazw, w połączeniu z identyfikatorami „zbierania danych”, mogą być wykorzystywane do tworzenia globalnie unikalnych identyfikatorów wiedzy przechowywanej w repozytoriach danych. Aby uzyskać więcej informacji na temat używania identyfikatorów URI do opisywania modeli, zobacz specyfikację SBML Level 2 Version 2 (i powyżej).
„Zbiór danych” definiuje się jako zbiór danych generowanych przez dostawcę. „Zasób” jest zdefiniowany jako dystrybutor tych danych. Taki opis umożliwia powiązanie wielu zasobów z pojedynczą kolekcją, umożliwiając dokładne przedstawienie sposobu, w jaki informacje biologiczne są dostępne w sieci World Wide Web; często te same informacje z pojedynczego zbioru danych mogą być odzwierciedlone w różnych zasobach lub podstawowe informacje mogą być uzupełniane innymi danymi.
- nazwa zbioru danych: Gene Ontology
- identyfikator zbioru danych: MIR:00000022
- synonimy gromadzenia danych: GO
- wzorzec identyfikatora zbioru danych: ^GO:\d{7}$
- przestrzeń nazw gromadzenia danych: urn:miriam:obo.go
- gromadzenie danych „Root URL”: http://identifiers.org/obo.go/
- gromadzenie danych „Root URN”: urn:miriam:obo.go :
- zasoby kolekcji:
- zasób nr 1
- identyfikator zasobu: MIR:00100012
- strona internetowa lokalizacji zasobów: http://www.ebi.ac.uk/ego/
- adres URL dostępu do zasobów (tokenizowany): http://www.ebi.ac.uk/ego/DisplayGoTerm?selected=$1
- opis zasobu: QuickGO (przeglądarka Gene Ontology)
- instytucja źródłowa: Europejski Instytut Bioinformatyki, Wielka Brytania
- zasób nr 2
- [...]
- zasób nr 1
Rejestr MIRIAM jest wyselekcjonowanym zasobem, który jest ogólnodostępny i otwarty dla wszystkich. Zgłoszenia nowych kolekcji można dokonać za pośrednictwem strony internetowej.
Identyfikatory z wykorzystaniem systemu MIRIAM
Wytyczne MIRIAM wymagają stosowania jednolitych identyfikatorów zasobów w adnotacjach elementów modelu. Są one tworzone przy użyciu wspólnej listy przestrzeni nazw zdefiniowanych w rejestrze MIRIAM.
MIRIAM URI
Korzystając z przestrzeni nazw zdefiniowanych w Rejestrze MIRIAM, możliwe jest tworzenie identyfikatorów zarówno w formie URN, jak i URL. Wymaga to unikalnego identyfikatora specyficznego dla kolekcji, a także przestrzeni nazw w celu globalnego ograniczenia przestrzeni informacyjnej. Zarówno przestrzeń nazw, jak i katalog główny każdego formularza URI są podane dla każdego zbioru danych w Rejestrze. Obie formy pochodzą z tej samej przestrzeni nazw. Na przykład:
- forma urny:
urn:miriam:pubmed:16333295 - formularz adresu URL:
http://identifiers.org/pubmed/16333295
W tym przykładzie identyfikator specyficzny dla kolekcji to 16333295, a przestrzeń nazw to pubmed.
Forma URN identyfikatorów wymaga użycia usług sieciowych lub środków programistycznych w celu uzyskania dostępu do rekordu, do którego się odwołuje. Oznacza to, że nie można po prostu umieścić formularza URN w oknie przeglądarki i uzyskać odnośne informacje. Formularz adresu URL jest rozpoznawalny bezpośrednio i opiera się na warstwie rozwiązywania zapewnianej przez Identifiers.org .
Funkcje pomocnicze i dostępność
Aby umożliwić wydajne korzystanie z rejestru MIRIAM i szybkie przyjęcie schematu adnotacji, przewidziano szereg funkcji pomocniczych. Obejmują one usługi internetowe , interfejs strony internetowej umożliwiający dostęp do samego Rejestru oraz bibliotekę Java
Rejestr MIRIAM jest opracowywany przez zespół ds. usług proteomicznych w Europejskim Instytucie Bioinformatyki . Kod źródłowy całego projektu, w tym funkcje pomocnicze, jest dostępny na stronie SourceForge.net .
Rejestr MIRIAM jest używany przez kilka światowych projektów, takich jak BioModels Database , SABIO-RK, COPASI. Bardziej szczegółową listę można znaleźć na stronie internetowej.