Model przejścia helisa-cewka

Modele przejścia helisa-cewka to sformalizowane techniki mechaniki statystycznej opracowane w celu opisania konformacji liniowych polimerów w roztworze. Modele są zwykle, ale nie wyłącznie, stosowane do polipeptydów jako miara względnej frakcji cząsteczki w konformacji helisy alfa w stosunku do skrętu lub kłębka losowego . Główną atrakcją w badaniu helisy alfa jest to, że napotyka się wiele cech fałdowania białek ale w ich najprostszej wersji. Większość modeli helisa-cewka zawiera parametry dotyczące prawdopodobieństwa zarodkowania helisy z regionu cewki i propagacji helisy wzdłuż sekwencji po zarodkowaniu; ponieważ polipeptydy są kierunkowe i mają różne N-końcowe i C-końcowe , parametry propagacji mogą się różnić w każdym kierunku.

Dwa stany są

• stan helisy: charakteryzujący się wspólnym wzorem rotacji utrzymywanym razem przez wiązania wodorowe (patrz alfa-helisa ).
• stan cewki: konglomerat losowo uporządkowanej sekwencji atomów (patrz losowa cewka ).

Typowe modele przejść obejmują model Zimma – Bragga i model Lifsona – Roiga oraz ich rozszerzenia i odmiany.

Energia helisy poli-alaniny żywiciela w roztworze wodnym:

${\ Displaystyle \ Delta G _ {\ tekst {składanie}} = (m-2) \ Delta H _ {\ alfa} -mT \ Delta S}$

gdzie m to liczba reszt w helisie.