Molekularna analiza genetyki ewolucyjnej
 | |
| Oryginalni autorzy | Masatoshi Nei , Sudhir Kumar, Koichiro Tamura, Glen Stecher, Daniel Peterson, Nicholas Peterson |
|---|---|
| Deweloperzy | Uniwersytet Stanowy Pensylwanii |
| Pierwsze wydanie | 1993 |
| Wersja stabilna | 11.0.11 / luty 2022
|
| System operacyjny | Windows , OS X , Linux |
| Platforma | x86 , x86-64 |
| Dostępne w | język angielski |
| Typ | Bioinformatyka |
| Licencja | Własne darmowe oprogramowanie |
| Strona internetowa | |
Molecular Evolutionary Genetics Analysis ( MEGA ) jest oprogramowaniem komputerowym do przeprowadzania analizy statystycznej ewolucji molekularnej i konstruowania drzew filogenetycznych . Zawiera wiele wyrafinowanych metod i narzędzi dla filogenezy i filomedycyny . Jest licencjonowany jako zastrzeżone oprogramowanie freeware . Projekt opracowania tego oprogramowania został zainicjowany przez kierownictwo Masatoshi Nei w jego laboratorium w Pennsylvania State University we współpracy ze swoim absolwentem Sudhirem Kumarem i doktorem habilitowanym Koichiro Tamurą. Nei napisał monografię (s. 130) przedstawiającą zakres oprogramowania i prezentującą nowe metody statystyczne zawarte w MEGA. Cały zestaw programów komputerowych został napisany przez Kumara i Tamurę. Komputery osobiste nie miały wówczas możliwości elektronicznego przesyłania monografii i oprogramowania, więc dostarczano je pocztą. Od samego początku MEGA miała być łatwa w użyciu i zawierać wyłącznie solidne metody statystyczne.
MEGA wersja 2 (MEGA2), której współautorem była dodatkowa badaczka Ingrid Jakobson, została wydana w 2001 roku. Wszystkie programy komputerowe i pliki readme tej wersji mogły być przesyłane drogą elektroniczną dzięki postępowi w technologii komputerowej. Mniej więcej w tym czasie kierownictwo projektu MEGA przejęli Kumar (obecnie na Temple University ) i Tamura (obecnie na Tokyo Metropolitan University ). Monografia Molecular Evolutionary Genetics Analysis była często używana jako podręcznik nowych sposobów badania ewolucji molekularnej.
MEGA była kilkakrotnie aktualizowana i rozszerzana i obecnie wszystkie te wersje są dostępne na stronie MEGA. Najnowsza wersja, MEGA7, została zoptymalizowana do użytku w 64-bitowych systemach komputerowych. MEGA występuje w dwóch wersjach. Graficzny interfejs użytkownika jest dostępny jako natywny program Microsoft Windows. Wersja wiersza poleceń, MEGA-Computing Core (MEGA-CC), jest dostępna do natywnej pracy na wielu platformach. Metoda jest szeroko stosowana i cytowana. Z milionami pobrań we wszystkich wydaniach, MEGA jest cytowana w ponad 85 000 artykułów. Piąta wersja była cytowana ponad 25 000 razy w ciągu 4 lat.
Historia wydania
| Wersja | Data wydania |
|---|---|
| 1.0 | 1993 |
| 1.1 | 1994 |
| 2.0 | 2000 |
| 2.1 | 2001 |
| 3.0 | 2004 |
| 4.0 | 2006 |
| 4.1 | 2008 |
| 5.0 | 2011 |
| 5.1 | październik 2012 |
| 5.2 | kwiecień 2013 |
| 6.0 | Grudzień 2013 |
| 7.0 | styczeń 2016 r |
| 10,0 (X) | maj 2018 r |
| 11.0 | luty 2022 r |
Cechy
Konstrukcja dopasowania sekwencji
- Edytor wyrównania
- Dopasowanie wielu sekwencji
- Edytor-przeglądarka plików sekwencera (śledzenia).
- Zintegrowana przeglądarka internetowa, pobieranie sekwencji
Przetwarzanie danych
- Obsługa stanów niejednoznacznych: R, Y, T itd.
- Rozszerzony format MEGA do zapisywania wszystkich atrybutów danych
- Importowanie danych z innych formatów: Clustal, Nexus itp.
- Eksploratorzy danych
- Wizualna specyfikacja grup domen
Sekcja tabeli kodu genetycznego
- Dodaj i edytuj tabele zdefiniowane przez użytkownika
- Oblicz atrybuty statystyczne tabeli kodów
- Dołącz wszystkie znane tabele kodów
Ekspercki silnik napisów w czasie rzeczywistym
- Generuj podpisy dla macierzy odległości, filogenezy, testów, wyrównań
- Kopiuj napisy do zewnętrznych programów
Zintegrowany edytor plików tekstowych
- Edycja wyboru bloku kolumnowego
- Numery linii
- Narzędzia do formatowania sekwencji, odwrotnego uzupełniania itp.
Przeglądarka danych sekwencji
- Eksport danych
- Podświetlanie
- Szacowanie wielkości statystycznych
Oparta na MCL ocena wzorców podstawień nukleotydów
- Macierz stawek 4x4
- Współczynniki szybkości przejścia do transwersji: k1, k2
- Błąd współczynnika przejścia do transwersji: R
Test jednorodności wzoru podstawienia
- Dystans składu
- Indeks dysproporcji
- Próba Monte Carlo
Metody szacowania odległości
- Nukleotyd po nukleotydzie
- Synonim-niesynonim: kodon - po kodonie
- Białkowa odległość
- Obliczenia odległości
- Obliczenia różnorodności sekwencji
- Obliczenia wariancji
Testy selekcji
- Test Z na dużej próbie
- Dokładny test Fishera
- Test neutralności Tajimy
Test zegara molekularnego
- Test współczynnika względnego Tajimy
Metody tworzenia drzew
- Sąsiad dołącza
- Metoda minimalnej ewolucji
- UPGMA
- Maksymalna oszczędność
- Maksymalne prawdopodobieństwo
- Test filogenezy Bootstrap
- Test prawdopodobieństwa ufności
- Przeglądarka macierzy odległości
Odkrywcy drzew
- Pokaz filogenezy
- Szacowanie czasu rozbieżności
- Edycja drzewa
- Zmień rozmiar drzewa
- Wyświetlanie wielu drzew