Monoraphidium zaniedbanie

Monoraphidium zaniedbanie
Klasyfikacja naukowa
(nierankingowe):	Viridiplantae
Dział:	Chlorofity
Klasa:	chlorophyceae
Zamówienie:	Sphaeropleales
Rodzina:	Selenastraceae
Rodzaj:	monorafidium
Gatunek:	M. zaniedbanie
Nazwa dwumianowa
Monoraphidium zaniedbanie Heyniga i Krienitza

Monoraphidium zaniedbanie to jednokomórkowa zielona alga z rodziny Selenastraceae . Istnieje zainteresowanie wykorzystaniem M. zaniedbania do produkcji biopaliw , ponieważ może on gromadzić duże ilości (do 33% suchej masy komórki) triacyloglicerydów ( TAG).

W 2013 roku opublikowano szkic genomu jądrowego, mitochondrialnego i chloroplastowego o szacowanym rozmiarze jądrowym 68 megabajtów i około 16 761 genach. Genom jądrowy jest prawdopodobnie diploidalny . Genom mitochondrialny M. zaniedbania ma 96 kilobajtów, czyli jest dwa razy większy niż Nannochloropsis gaditana i prawie sześć razy większy niż zielona alga Chlamydomonas reinhardtii , ale zawiera mniej genów.

Technika transformacji jądrowej została ustalona dla M. zaniedbania przy użyciu elektrotransformacji jako metody dostarczania DNA. Strategia opisana w tym badaniu, w tym etap obróbki wstępnej w celu osłabienia ściany komórkowej, może zainspirować przyszłe badania z innymi mikroalgami, również mające na celu stabilną jądrową transformację genetyczną za pomocą elektrotransformacji.

Transkryptom M. zaniedbania został zsekwencjonowany przy użyciu technologii Illumina HiSeq . Stosując podejście oparte na łowieniu poli-A i genomie, transkryptom został złożony w 20 751 genów (tj. loci). Zbiór danych obejmuje eksperyment z przebiegiem w czasie w warunkach zarówno wysokiej akumulacji TAG, jak i późniejszej degradacji TAG. Akumulacja i degradacja TAG była indukowana przez usuwanie azotu (warunki -N) i ponowne dostarczanie azotu (warunki NR). W sumie transkryptom zsekwencjonowano w 12 punktach czasowych (t0, 7x -N, 4x NR), uzyskując kompleksowy zestaw danych o wysokiej jakości. Surowe dane (100 nt odczytów ze sparowanych końców) zostały zdeponowane w SRA pod numerem dostępu do badania SRA SRP112537 . Przetworzone dane są dostępne na stronie http://tdbmn.cebitec.uni-bielefeld.de , gdzie bezpośrednie wyszukiwanie genów i BLAST umożliwia eksplorację danych i badanie wzorców ekspresji genów docelowych w warunkach autotroficznych -N i NR. Ponadto możliwe jest porównanie wzorców ekspresji docelowych genów M. zaniedbania z wzorcami innych mikroalg, które również poddano warunkom -N w celu wywołania akumulacji TAG.