Motyw RNA TD-1

Struktura drugorzędowa konsensusu i konserwacja sekwencji RNA TD-1
TD-1
identyfikatorów
Symbol	TD-1
Rfam	RF03155
Inne dane
typ RNA	Cis-reg
WIĘC	SO: 0000655
Struktury PDB	PDBe

Motyw RNA TD-1 jest konserwatywną strukturą RNA występującą tylko u gatunku Treponema denticola , przynajmniej wśród bakterii , których genomy zostały zsekwencjonowane w 2007 roku, kiedy zidentyfikowano motyw RNA. Genom T. denticola zawiera 28 przewidywanych RNA TD-1 i wszystkie z wyjątkiem dwóch są umieszczone w taki sposób, że prawdopodobnie znajdują się w 5' UTR genu znajdującego się poniżej . To ustawienie sugeruje, że RNA TD-1 prawdopodobnie odpowiadają elementom cis-regulatorowym . Jednak ze względu na różnorodność genów najwyraźniej regulowanych przez RNA TD-1, nie wysunięto żadnej konkretnej hipotezy co do jego funkcji.

Struktura drugorzędowa RNA TD-1 jest wspierana przez kowariancję (patrz przewidywanie struktury drugorzędowej ), ale istnieje niezwykła liczba łodyg zawierających ciągi adenozyn , które łączą się w pary ze współrzędnymi ciągami urydyn .

Siedem RNA TD-1 nakłada się na przewidywanych przedstawicieli motywu RNA TD-2 , ale nie wiadomo, czy te dwa motywy można jakoś połączyć.