Motyw RNA TD-2

Struktura drugorzędowa konsensusu i konserwacja sekwencji RNA TD-2
TD-2
identyfikatorów
Symbol	TD-2
Rfam	RF03162
Inne dane
typ RNA	gen ; sRNA
WIĘC	SO: 0000655
Struktury PDB	PDBe

Motyw RNA TD-2 to konserwatywna struktura RNA znaleziona w Treponema denticola , jak również sekwencje metagenomu wyekstrahowane z jelita grubego termitów , które, jak wiadomo, jest bogate w krętki . Ponieważ RNA TD-2 zazwyczaj nie jest umiejscowione w 5' UTR , przypuszcza się, że motyw odpowiada niekodującemu RNA .

Struktura drugorzędowa RNA TD-2 jest wspierana przez kowariancję (patrz przewidywanie struktury drugorzędowej ), a jeden rdzeń ma zazwyczaj końcowe tetraloopy GNRA , o których wiadomo, że są szczególnie stabilne. Co zaskakujące, motyw ma niezwykłą liczbę łodyg zawierających ciągi adenozyn , które łączą się w parę zasad ze współrzędnymi ciągami urydyn . Długości tych przebiegów są zgodne, co stanowi część dowodów kowariancji na poparcie przypisania motywu jako konserwatywnego RNA. Pierwsza (najbardziej 5') łodyga w motywie RNA TD-2 wykazuje kowariancję, ale wydaje się również, że jest zagubiona w niektórych RNA TD-2.

Siedem RNA TD-2 nakłada się na przewidywanych przedstawicieli motywu RNA TD-1 , ale nie wiadomo, czy te dwa motywy można jakoś połączyć.