Nadrodzina Holin III
Holin Superfamily III to nadrodzina integralnych białek transportujących błonę . Jest to w sumie jedna z siedmiu różnych nadrodzin holinów . Ogólnie uważa się, że białka te odgrywają rolę w regulowanej śmierci komórki, chociaż funkcjonalność różni się w zależności od rodziny i poszczególnych członków.
Członkowie nadrodziny holin III pochodzą od Pseudomonadota , Synergistota , Actinomycetota , Deinococcota i Archaea . Ta nadrodzina obejmuje siedem rodzin TC:
- 1.E.2 - Rodzina λ Holin S (λ Holin).
- 1.E.3 - Rodzina P2 Holin (P2 Holin).
- 1.E.4 - Rodzina LydA Holin (LydA Holin).
- 1.E.5 - Rodzina faga PRD1 P35 Holin (P35 Holin).
- 1.E.20 - Rodzina Pseudomonas aeruginosa Hol Holin (Hol Holin)
- 1.E.34 - Domniemana rodzina Actinobacterial Holin-X (Hol-X).
- 1.E.41 - Rodzina Deinococcus/Thermus Holin (D/T-Hol)
Członkowie wszystkich rodzin (z wyjątkiem rodziny Hol-X; TC# 1.E.34 ) wydają się mieć trzy segmenty transbłonowe (TMS). Wydaje się, że członkowie rodziny Hol-X mają dwa domniemane TMS. Brakujący TMS w białkach z rodziny 34 to N-końcowy TMS, jak ujawniono przez wielokrotne dopasowania. Te siedem rodzin ma średnie rozmiary odpowiednio 110, 96, 105, 112, 143, 159 i 108 reszt aminoacylowych (aas). Zauważ, że jedyna rodzina, w której przewidywano, że członkowie będą mieli tylko dwa TMS, to ta zawierająca największe homologi; wynika to z hydrofilowych rozszerzeń. Średnia wielkość białek w całej nadrodzinie wynosi 114 aas z odchyleniem standardowym o 23 aas.
Zobacz też
