Pseudomonadota
|
|
| Pseudomonadota | |
|---|---|
| Escherichia coli | |
| Klasyfikacja naukowa | |
| Domena: | Bakteria |
| Gromada: |
Pseudomonadota Garrity i in. 2021 |
| Zajęcia | |
| Synonimy | |
|
|
Pseudomonadota (synonim Proteobacteria ) jest głównym typem bakterii Gram-ujemnych . Zmiana nazwy gromad w 2021 r. pozostaje kontrowersyjna wśród mikrobiologów, z których wielu nadal używa wcześniejszych nazw, które od dawna pojawiają się w literaturze. Typ Proteobacteria obejmuje szeroką gamę patogennych , takich jak Escherichia , Salmonella , Vibrio , Yersinia , Legionella i wiele innych. Inne są wolno żyjące (niepasożytnicze) . ) i obejmują wiele bakterii odpowiedzialnych za wiązanie azotu .
Carl Woese założył to ugrupowanie w 1987 roku, nazywając je nieformalnie „fioletowymi bakteriami i ich krewnymi”. Ze względu na dużą różnorodność form występujących w tej grupie, została ona później nieformalnie nazwana Proteobacteria, na cześć Proteusa , greckiego boga morza zdolnego do przybierania wielu różnych kształtów (nie od rodzaju Proteobacteria Proteus ). W 2021 roku Międzynarodowy Komitet Systematyki Prokariotów nadał synonim Pseudomonadota.
Charakterystyka
Wszystkie Pseudomonadota (Proteobacteria) są różnorodne. Są one nominalnie Gram-ujemne , chociaż w praktyce niektóre z nich mogą w rzeczywistości barwić Gram-dodatnie lub Gram-zmienne. Ich zewnętrzna błona składa się głównie z lipopolisacharydów . Wiele z nich porusza się za pomocą wici , ale niektóre są nieruchome lub polegają na przesuwaniu się bakterii .
Pseudomonadota mają szeroką gamę typów metabolizmu . Większość z nich jest fakultatywnie lub bezwzględnie beztlenowa , chemolitoautotroficzna i heterotroficzna , ale zdarzają się liczne wyjątki. Różne rodzaje, które nie są ze sobą blisko spokrewnione, przekształcają energię ze światła w drodze konwencjonalnej fotosyntezy lub fotosyntezy beztlenowej .
Pseudomonadoty są związane z brakiem równowagi społeczności mikrobiotycznej w dolnych drogach rodnych kobiet. Gatunki te są związane ze stanem zapalnym.
Niektóre Alphaproteobacteria mogą rosnąć przy bardzo niskim poziomie składników odżywczych i mają niezwykłą morfologię, taką jak łodygi i pąki. Inne obejmują bakterie ważne dla rolnictwa, zdolne do indukowania wiązania azotu w symbiozie z roślinami. Kolejność typów to Caulobacterales , obejmująca bakterie tworzące łodygi, takie jak Caulobacter . Uważa się, że mitochondria eukariontów są potomkami alfaproteobakterii.
Betaproteobakterie są wysoce zróżnicowane metabolicznie i zawierają chemolitoautotrofy , fotoautotrofy i heterotrofy ogólne . Kolejność typów to Burkholderiales , obejmująca ogromny zakres różnorodności metabolicznej, w tym patogeny oportunistyczne .
Gammaproteobacteria stanowią największą klasę pod względem gatunków z ważnie opublikowanymi nazwami . Kolejność typów to Pseudomonadales , które obejmują rodzaje Pseudomonas i Azotobacter wiążący azot .
Zetaproteobakterie to chemolitoautotrofy utleniające żelazo , występujące na całym świecie w ujściach rzek i siedliskach morskich . Kolejność typów to Mariprofundales .
Hydrogenophilalia są obligatoryjnymi termofilami i obejmują heterotrofy i autotrofy . Kolejność typów to Hydrogenophilales .
Acidithiobacillia zawierają wyłącznie autotrofy utleniające siarkę, żelazo i uran . Kolejność typów to Acidithiobacillus , która obejmuje organizmy ważne gospodarczo stosowane w przemyśle wydobywczym, takie jak Acidithiobacillus spp.
Taksonomia
Obecnie przyjęta taksonomia opiera się na Liście nazw prokariotycznych posiadających stałą nomenklaturę (LSPN) i Krajowym Centrum Informacji Biotechnologicznej (NCBI).
Grupę tę definiuje się przede wszystkim na podstawie sekwencji rybosomalnego RNA (rRNA). Pseudomonadota są podzielone na kilka klas. Wcześniej były one uważane za podklasy typu, ale obecnie są traktowane jako klasy . Klasy te są monofiletyczne . Rodzaj Acidithiobacillus , należący do Gammaproteobacteria do czasu przeniesienia go do klasy Acidithiobacillia w 2013 r., był wcześniej uważany za parafiletyczny w stosunku do Betaproteobacteria zgodnie z badaniami dopasowania multigenomu . W 2017 r Betaproteobacteria została poddana poważnym rewizjom i utworzono klasę Hydrogenophilalia , która zawierała rząd Hydrogenophilales
Klasy Pseudomonadota z ważnie opublikowanymi nazwami obejmują kilka znanych rodzajów: np.:
- Acidithiobacillia : Acidithiobacillus , Thermithiobacillus
- Alphaproteobacteria : Brucella , Rhizobium , Agrobacterium , Caulobacter , Rickettsia , Wolbachia itp.
- Betaproteobakterie : Bordetella , Ralstonia , Neisseria , Nitrosomonas itp.
- Gammaproteobakterie : Escherichia , Shigella , Salmonella , Yersinia , Buchnera , Haemophilus , Vibrio , Pseudomonas itp.
- Zetaproteobakterie : Mariprofundus
| według żywego drzewa ARB, iTOL, Bergey's i innych. | LTP na bazie 16S rRNA _12_2021 | GTDB 07-RS207 według bazy danych taksonomii genomu | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
Transformacja
Transformację , proces, w którym materiał genetyczny przechodzi z jednej bakterii do drugiej, opisano u co najmniej 30 gatunków Pseudomonadota podzielonych na klasy alfa, beta i gamma. Najlepiej zbadanymi Pseudomonadota pod kątem naturalnej transformacji genetycznej są ważne z medycznego punktu widzenia patogeny ludzkie Neisseria gonorrhoeae (klasa beta) i Haemophilus influenzae (gamma klasy). Naturalna transformacja genetyczna to proces seksualny obejmujący przeniesienie DNA z jednej komórki bakteryjnej do drugiej poprzez medium pośredniczące i integrację sekwencji dawcy z genomem biorcy. U patogennych Pseudomonadota transformacja wydaje się służyć jako naprawy DNA , który chroni DNA patogenu przed atakiem fagocytarnej obrony żywiciela, która wykorzystuje utleniające wolne rodniki .
Zobacz też
Linki zewnętrzne
- Informacje o pseudomonadotach z Palaeos . Zarchiwizowane 23.05.2010 w Wayback Machine
- Pseudomonadota. – JP Euzéby: Lista imion prokariotycznych mających stałą pozycję w nomenklaturze.
