Projekt „Żywe drzewo wszystkich gatunków”.

Logo projektu „Wszechgatunkowe żywe drzewo”.

„ The All-Species Living Tree” to współpraca między różnymi grupami/instytutami akademickimi, takimi jak ARB , projekt bazy danych SILVA rRNA i LPSN , mająca na celu zgromadzenie bazy danych zawierającej sekwencje 16S rRNA wszystkich ważnie opublikowanych gatunków bakterii i Archeony . Na pewnym etapie zebrano również sekwencje 23S , ale od tego czasu to się zatrzymało.

Obecnie w wyrównanym zbiorze danych znajduje się ponad 10 950 gatunków, a kilka kolejnych jest dodawanych w miarę odkrywania nowych gatunków lub sekwencjonowania gatunków, które nie są reprezentowane w bazie danych. Początkowo ta ostatnia grupa stanowiła 7% gatunków.

Podobne (i nowsze) projekty obejmują Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA), która skupiała się na sekwencjonowaniu całego genomu bakterii i archeonów.

Drzewo

Zobacz także: gromady bakteryjne

Drzewo zostało utworzone przez analizę maksymalnego prawdopodobieństwa bez ładowania początkowego: w konsekwencji dokładność jest wymieniana na rozmiar, a wiele kladów na poziomie typów nie jest poprawnie rozwiązanych (na przykład Firmicutes). (Eukarionty nieobecne w analizie). Ta filogeneza jest podsumowaniem LTP_01_2022 opartego na 16S rRNA i zawiera wszystkie gatunki z ważnymi nazwami opublikowanymi do stycznia 2022 r.

Archaea domeny	metanopiry Crenarchaeida Nitrososphaerota Thermoproteota euryarchaeota Methanococci Thermoplasmata " Archaeoglobia " Thermococci Methanobacteria Methanonatronarchaeia Methanomicrobia Halobacteria {"Euryarchaeida"}
Bakterie domeny	„Aquificida” „Thermosulfidibacterota” Aquificota „Synergetyki” Caldisericota Synergistota Coprothermobacterota Thermotogota Atribacterota Syntrophorhabdia Thermotomaculales Spirochaetota Firmicutes 3 Dictyoglomota „Caldicellulosiruptorales” „Thermosediminibacteria” [wł. „Ammonificales”, DSM-22653] „Thermoanaerobacteria” [wł. Thermanaeromonas , Desulfovirgula ] „ Grupa FCB ” Fibrobacteria { Fibrobacterota } Gemmatimonadota Calditrichota Ignavibacteriota Chlorobiota Rhodothermota Balneolota Bacteroidota Firmicutes 2 „Sulfobacillia” „Thermaerobacteria” „Carboxydothermales” „Thermacetogeniales” Moorellales {„Moorellia”} „Calderihabitantales” „Koleobacterales” Zhaonellaceae „Desulfitibacterales” „Syntrophomonadia” Gelria „Symbiobacteriia” Actinomycetota Deinococcota " Melainabacteria " " Cyanobacteriota " Armatimonadota Chloroflexota Nitrospirota „Thermodesulfobiota” Elusimicrobiota „Halanaerobiia” Acidobacteriota chitynibrionia „ Planktobakterie ” " Abditibacteriota " Chlamydiota Lentisphaerota Kiritimatiellota Verrucomicrobiota Planctomycetota „ Firmy ” 1 Thermolithobacteria „Carboxydocellales” „Thermincolia” „Desulfofundulaceae” UBA4882 „Selenomonadia” Limnochordia „Desulfotomaculota” „ Clostridiia ” Fusobacteriota Mycoplasmatota Bacillota „ Hydrobakterie ” Thermodesulfobacteriota „Deferrisomatota” „Bradymonadia” Myxococcota „Desulfuromonadota” Bdellovibrionota Desulfobacterota Desulfovibrionia Campylobacterota Chrysiogenota Deferribacterota Pseudomonadota

Zobacz też

• Kolejność rozgałęzień typów bakterii (Woese, 1987)
• Kolejność rozgałęzień typów bakterii (Gupta, 2001)
• Kolejność rozgałęzień typów bakterii (Cavalier-Smith, 2002)
• Kolejność rozgałęzień typów bakterii (Rappe i Giovanoni, 2003)
• Kolejność rozgałęzień typów bakterii (Battistuzzi i in., 2004)
• Kolejność rozgałęzień typów bakterii (Ciccarelli i in., 2006)
• Kolejność rozgałęzień typów bakterii (baza danych taksonomii genomu, 2018)
• gromady bakteryjne
• Lista rodzajów Archaea
• Lista rodzajów bakterii
• Lista zleceń bakteryjnych
• LPSN , lista akceptowanych nazw bakterii i archeonów

Linki zewnętrzne

• http://www.arb-silva.de/projects/living-tree/