Odwrócona ekologia
Ekologia odwrócona odnosi się do wykorzystania genomiki do badania ekologii bez a priori założeń dotyczących rozważanego organizmu (organizmów). Termin ten został zaproponowany w 2007 roku przez Matthew Rockmana podczas konferencji poświęconej genomice ekologicznej w Christchurch w Nowej Zelandii. Rockman rysował analogię do terminu genetyka odwrócona , w którym funkcja genu jest badana poprzez porównanie efektów fenotypowych różnych sekwencji genetycznych tego genu. Większość badaczy stosujących odwróconą ekologię korzysta z pewnego rodzaju genomiki populacyjnej metodologia. Wymaga to przeprowadzenia skanowania genomu wielu osobników z co najmniej dwóch populacji w celu zidentyfikowania regionów lub miejsc genomu, które wykazują oznaki selekcji. Te skany genomu zwykle wykorzystują polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP) , chociaż użycie mikrosatelitów może również działać (ze zmniejszoną rozdzielczością).
Metodologia
Naukowcy wykorzystali odwróconą ekologię do zrozumienia środowisk i innych cech ekologicznych organizmów na Ziemi za pomocą podejść genomicznych. Badając geny bakterii , naukowcy są w stanie zrekonstruować, jak wyglądało środowisko tych organizmów dzisiaj, a nawet sprzed milionów lat. Dane mogą pomóc nam zrozumieć kluczowe wydarzenia w historii życia na Ziemi. W 2010 roku naukowcy zaprezentowali technikę przeprowadzania odwrotnej ekologii w celu wywnioskowania bakterii w zakresie temperatur na podstawie zawartości GC niektórych regionów genomu.
W 2011 roku naukowcy z Uniwersytetu Kalifornijskiego w Berkeley byli w stanie wykazać, że można określić cechy adaptacyjne organizmu, patrząc najpierw na jego genom i sprawdzając różnice w populacji.