Okrągłe bazy danych i zasoby RNA

W biologii molekularnej okrągłe RNA (circRNA) odnoszą się do klasy okrągłych cząsteczek RNA występujących we wszystkich królestwach życia. Badania przeprowadzone w 2013 roku sugerują, że circRNA odgrywają ważną rolę regulacyjną w miRNA . Naukowcy odkryli, że CDR1as circRNA działa jak super-gąbka miR-7 , która zawiera około 70 miejsc docelowych z tego samego miR-7 w tym samym transkrypcie. Drugi specyficzny dla jąder circRNA, region determinujący płeć Y (Sry), również został znaleziony jako miR-138 . Wspomniane przykłady sugerują, że efekt gąbki miRNA uzyskiwany przez tworzenie circRNA może być zjawiskiem powszechnym. Ponieważ miR-7 moduluje ekspresję kilku onkogenów, interakcje ciRS-7/miR-7 mogą odgrywać ważną rolę w szlakach związanych z rakiem. circRNA wykazano również w infekcji wirusowej, gdzie sekwestruje białko przeciwwirusowe w celu zwiększenia replikacji wirusa.

Te bazy danych i zasoby Circular RNA (circRNA) to kompilacja baz danych , portali internetowych i serwerów używanych do circRNA.

Nazwa	Opis	typ
circRNABase	circRNABase jest przeznaczony do dekodowania sieci interakcji miRNA-circRNA z tysięcy circRNA i 108 zestawów danych CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH).	Baza danych
cyrkBase	circBase eksploruje publiczne zestawy danych circRNA i pobiera niestandardowe skrypty Pythona potrzebne do odkrywania circRNA we własnych (ribominus) danych RNA-seq.	Baza danych
CircNet	CircNet rejestruje publiczne i nowe circRNA oraz domniemane interakcje circRNA-miRNA. Wszystkie informacje są prezentowane w interaktywnym interfejsie użytkownika i dostępne do pobrania.	Baza danych
Circ2Traits	Circ2Traits to obszerna baza danych kolistego RNA potencjalnie związanego z chorobą i cechami.	Baza danych
Gokool i in. 2019	Krajobraz okrągłej ekspresji RNA w ludzkim mózgu	ratunek