Szczytowe powołanie
Wywoływanie szczytowe to metoda obliczeniowa używana do identyfikacji obszarów w genomie , które zostały wzbogacone o wyrównane odczyty w wyniku przeprowadzenia eksperymentu z sekwencjonowaniem ChIP lub MeDIP-seq. Te obszary to te, w których białko oddziałuje z DNA . Gdy białko jest czynnikiem transkrypcyjnym , obszar wzbogacony jest jego miejscem wiązania czynnika transkrypcyjnego (TFBS). Popularne programy obejmują MACS. Wilbanks i współpracownicy to ankieta wśród dzwoniących z szczytu ChIP-seq, a Bailey i in. to opis praktycznych wskazówek dotyczących wywołań szczytowych w danych ChIP-seq.
Wywołanie szczytu można przeprowadzić na transkryptomie / egzomie, jak również na danych sekwencjonowania epigenomu RNA z MeRIPseq lub m6Aseq w celu wykrycia miejsc potranskrypcyjnej modyfikacji RNA za pomocą programów komputerowych, takich jak exomePeak. Wiele narzędzi do wywoływania pików jest zoptymalizowanych tylko dla niektórych rodzajów testów, takich jak tylko dla czynnika transkrypcyjnego ChIP-seq lub tylko dla DNazy-seq. Jednak nowa generacja funkcji szczytowych, takich jak DFilter, opiera się na uogólnionej optymalnej teorii wykrywania i wykazano, że działa dla prawie wszystkich rodzajów sygnałów profilu znacznika z danych sekwencjonowania nowej generacji. Możliwe jest również wykonanie bardziej złożonej analizy przy użyciu takich narzędzi, jak łączenie wielu sygnałów ChIP-seq w celu wykrycia miejsc regulacyjnych.
W kontekście ChIP-exo proces ten jest znany jako „wywoływanie par szczytowych”.
Różnicowe wywoływanie szczytów polega na identyfikowaniu znaczących różnic w dwóch sygnałach ChIP-seq. Można rozróżnić jednostopniowe i dwustopniowe różnicowe dzwoniące szczyty. Jednoetapowe różnicowe wywoływanie szczytów pracuje w dwóch fazach: po pierwsze, wywołują szczyty na poszczególnych sygnałach ChIP-seq, a po drugie, łączą poszczególne sygnały i stosują testy statystyczne w celu oszacowania różnicowych pików. DBChIP i MAnorm są przykładami jednoetapowych różnicowych funkcji szczytowych.
Dwustopniowe różnicowe wołające szczyty segmentują dwa sygnały ChIP-seq i identyfikują piki różnicowe w jednym kroku. Korzystają z metod segmentacji sygnału, takich jak ukryte modele Markowa . Przykładami dwustopniowych różnicowych funkcji wywołujących szczyty są ChIPDiff, ODIN. i TOR . Różnicowe wywoływanie pików można również zastosować w kontekście analizy miejsc wiązania białek wiążących RNA.
Zobacz też