PomBase
 | |
| Treść | |
|---|---|
| Opis | Zasoby naukowe dotyczące Schizosaccharomyces pombe |
| Przechwycone typy danych |
Funkcja molekularna, Proces biologiczny, Składnik komórkowy, Fenotyp, Genotyp, Allel, Modyfikacja białka, Ekspresja genu, Ekspresja białka, Sekwencja nukleotydowa, Sekwencja RNA, Sekwencja białka, Genomika, Ludzkie ortologi, Saccharomyces cerevisiae Orthlogs, Uzupełnianie, Powiązania chorób, Cechy białek, Interakcje fizyczne, interakcje genetyczne |
| Organizmy | Schizosaccharomyces pombe |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | University of Cambridge i University College w Londynie |
| Autorski | Antonia Lock, Midori A Harris, Kim Rutherford, Jürg Bähler , Steve Oliver , Valerie Wood |
| Cytowanie podstawowe | Blokada i in. (2018) |
| Data wydania | 2011 |
| Dostęp | |
| Strona internetowa | PomBase.org |
| Pobierz URL | Pliki do pobrania |
| Adres URL usługi internetowej | Przeglądarka genomu |
| Różnorodny | |
| Licencja | Domena publiczna |
| Polityka kuracji | Profesjonalnie i społecznie kuratorowane |
| Obiekty z zakładkami |
Tak |
PomBase to modelowa baza danych organizmów , która zapewnia dostęp online do sekwencji genomu drożdży rozszczepialnych Schizosaccharomyces pombe i cech z adnotacjami, wraz z szeroką gamą ręcznie dobranych danych funkcjonalnych specyficznych dla genów. Witryna PomBase została przebudowana w 2016 r., aby zapewnić użytkownikom bardziej zintegrowaną i wydajniejszą usługę (opis w ).
Przechowywanie danych i kontrola jakości
Personel PomBase ręcznie selekcjonuje szeroką gamę typów danych, korzystając zarówno z literatury podstawowej, jak i źródeł bioinformatycznych, a także stosuje liczne mechanizmy w celu zapewnienia poprawności zarówno składniowej, jak i biologicznej treści.
Typy nadzorowanych danych obejmują:
- Sekwencja i cechy genomu (np. fizyczna lokalizacja genów w genomie)
- białek i ncRNA , procesy komórkowe, w których uczestniczą i gdzie się lokalizują
- Fenotypy związane z różnymi allelami i genotypami
- Określone miejsca modyfikacji białek i kiedy one występują
- Ludzkie i pączkujące ortologi genów S. pombe drożdży (zbiór danych opracowany ręcznie)
- Metadane zestawów danych ładowane do przeglądarki genomu
- Powiązania chorób, gdy wiadomo, że ludzki ortolog powoduje chorobę
- Dane dotyczące czasu ekspresji określonych genów
- Dane dotyczące komplementacji, w których istnieje funkcjonalna komplementacja między genem drożdży z rozszczepienia a genem z innego organizmu
- Skład podjednostkowy kompleksów
Organizacja danych
Adnotacje genów można przeglądać na poziomie specyficznym dla genu (na stronach genów) lub na poziomie specyficznym dla terminu (na stronach terminów ontologii). Umożliwia to albo:
- Wyświetl wszystkie adnotacje utworzone dla genu, na przykład pat1
- Wyświetl wszystkie geny z adnotacją termin, na przykład cytokineza
- Wyświetl wszystkie adnotacje utworzone na podstawie określonego odniesienia, na przykład 26776736 Chica et al. 2016
Dostęp do zbiorów danych obejmujących cały genom (w tym zbiorów danych dotyczących białek, wszystkich adnotacji, ręcznie wybieranych list ortologów itp.) można uzyskać na stronie zbiorów danych . Zestawy danych odpowiednie do wyświetlania w przeglądarce genomu, które zostały załadowane, są dostępne za pośrednictwem instancji PomBase JBrowse .
PomBase wykorzystuje kilka biologicznych ontologii do przechwytywania informacji specyficznych dla genów, w tym:
- Gene Ontology (GO) - używany do opisu funkcji enzymatycznych, ról biologicznych i lokalizacji komórkowych produktów genów
- Fission Yeast Phenotype Ontology (FYPO), używana do kojarzenia fenotypów z allelami genów w porównaniu z fenotypem szczepu referencyjnego
- Ontologia sekwencji – używana do opisu cech DNA lub białek
- Modyfikacje białek - z wykorzystaniem PSI-MOD
Stan charakterystyki genów
Strona GO slim zawiera przegląd „biologicznej roli” wszystkich „znanych” genów drożdży rozszczepialnych - są to białka, które zostały eksperymentalnie scharakteryzowane w drożdżach rozszczepialnych lub w innym gatunku i przeniesione przez ortologię.
Co ciekawe, prawie 20% proteomów eukariotycznych, od drożdży po człowieka, jest niescharakteryzowanych pod względem szlaków i procesów, w których uczestniczą te białka, co czyni je jednym z największych nierozwiązanych problemów w biologii . Rola, jaką te białka odgrywają w biologii, nie została jeszcze odkryta u żadnego gatunku. Aby wspomóc badania nad tymi nieznanymi białkami, PomBase prowadzi inwentaryzację niescharakteryzowanych białek drożdży pochodzących z rozszczepienia . Lista priorytetowych niezbadanych genów reprezentuje podzbiór niescharakteryzowanych genów drożdży rozszczepienia, które są zachowane dla człowieka, co czyni go szczególnie priorytetowym celem badawczym.
Współkuratorstwo społeczności
Aby uzupełnić pracę małego zespołu profesjonalnych kuratorów PomBase, badacze drożdży rozszczepialnych przesyłają adnotacje bezpośrednio do PomBase za pośrednictwem innowacyjnego programu społecznościowego, dla którego opracowano internetowe narzędzie do kuracji, Canto . Opieka społeczności jest sprawdzana przez personel PomBase, co skutkuje bardzo dokładnymi, skutecznie współkurowanymi adnotacjami.
PomBase utrzymuje stronę statystyk adnotacji .
Aktualizacje bazy wiedzy
- stronie głównej PomBase
- liście mailingowej społeczności badawczej
- Aktualizacje bazy danych NAR ([Badania nad kwasami nukleinowymi]).
- Tweety ( @PomBase )
- grupa na Facebooku
- grupa Linkedin
Dokumentacja
Pombase zapewnia zarówno dokumentację , jak i FAQ .
Wykorzystanie PomBase jako narzędzia badawczego zostało omówione w rozdziale książki „Eukariotyczne bazy danych genomu” (Metody i protokoły). Zmiany i aktualizacje są opisane w dokumentach NAR Database Issue.
Szczegółowy przegląd wykorzystania S. pombe jako organizmu modelowego znajduje się w podręczniku do genetyki
