OchronaCID

OchronaCID
Treść
Opis	Podobne interakcje homologicznych białek w wielu postaciach krystalicznych
Kontakt
Centrum Badań	Centrum Onkologii Fox Chase
Laboratorium	Instytut Badań nad Rakiem
Autorski	Qifang Xu, Roland Dunbrack
Pierwotny cytat	Xu i Dunbrack (2011)
Data wydania	2010
Dostęp
Strona internetowa	http://dunbrack2.fccc.edu/protcid

Przykład skupienia podobnych interfejsów białek homologicznych zidentyfikowanych za pomocą ProtCID - podobne homodimery kinaz ERBB (EGFR, ERBB2, ERBB4) związane z aktywacją kinaz. Każdy monomer jest zabarwiony od niebieskiego do czerwonego od końca N do C. ProtCID udostępnia skrypty PyMol dla każdego klastra w celu tworzenia podobnych obrazów.

Baza danych wspólnych interfejsów białkowych ( ProtCID ) to baza danych podobnych interfejsów białko-białko w strukturach krystalicznych białek homologicznych .

Jego głównym celem jest identyfikacja i grupowanie homodimerycznych i heterodimerycznych interfejsów obserwowanych w wielu postaciach krystalicznych homologicznych białek. Takie interfejsy, zwłaszcza nieidentycznych białek lub kompleksów białkowych, powiązano z interakcjami istotnymi biologicznie.

Wspólny interfejs w ProtCID wskazuje interakcje łańcuch-łańcuch lub domena-domena, które występują w różnych postaciach krystalicznych. Wszystkim sekwencjom białkowym o znanej strukturze w Protein Data Bank (PDB) przypisano „ Pfam architektura łańcucha”, która oznacza uporządkowane przypisania Pfam dla tej sekwencji, np. (Pkinase) lub (Cyclin_N)_(Cyclin_C). Porównuje się interfejsy homodimeryczne we wszystkich kryształach zawierających określoną domenę lub architekturę łańcucha, niezależnie od tego, czy w kryształach występują inne typy białek. Porównywane są także wszystkie interfejsy pomiędzy dwiema różnymi domenami Pfam lub architekturami Pfam we wszystkich wpisach PDB, które je zawierają (np. (Pkinase) i (Cyclin_N)_(Cyclin_C) ). Zarówno w przypadku homodimerów, jak i heterodimerów interfejsy są grupowane we wspólne interfejsy w oparciu o wynik podobieństwa.

ProtCID podaje liczbę form krystalicznych zawierających wspólny interfejs, liczbę wpisów PDB, liczbę adnotacji zespołów biologicznych PDB i PISA, które zawierają ten sam interfejs, średnią powierzchnię i minimalną identyczność sekwencji białek zawierających interfejs . ProtCID zapewnia niezależną kontrolę publicznie dostępnych adnotacji dotyczących interakcji biologicznych dla wpisów PDB.

ProtCID zawiera również klastry interfejsu pomiędzy domenami białkowymi i peptydami, kwasami nukleinowymi i ligandami.

Zobacz też

Interakcja białko-białko

Linki zewnętrzne