Pseudowęzeł wirusa grypy
| Pseudowęzeł grypy | |
|---|---|
 Konsensusowa struktura drugorzędowa rodziny motywów RNA pseudowęzła
| |
| grypy Identyfikatory | |
| Symbol | PK-IAV |
| Rfam | RF01099 |
| Inne dane | |
| typ RNA | Cis-reg |
| Domeny | Orthomyxoviridae ; |
| Struktury PDB | PDBe |
Pseudowęzeł wirusa grypy to pseudowęzeł RNA utworzony w jednym z niestrukturalnych segmentów kodujących (NS) genomu wirusa grypy . Pseudoknoty są powszechnie spotykane w genomach wirusów , zwłaszcza w wirusach RNA , gdzie zawierają miejsce składania RNA i mogą pełnić szeroki zakres funkcji. Orientacja współosiowo ułożonych łodyg w pseudowęźle grypy różni się jednak od najpowszechniejszej topologii w „klasycznych” pseudowęzłach RNA.
Struktura pseudoknotu jest bardzo podobna w przypadku wirusa grypy A i wirusa grypy B. Sugeruje się, że unikalna mutacja punktowa występująca w szczepach wirusa grypy A podtypu H5N1 po 2001 r. Powoduje zmianę konformacji RNA, faworyzując alternatywną strukturę spinki do włosów zamiast pseudowęzła.
Kolejny pseudowęzeł występuje w miejscu splotu segmentu 7 grypy A , które jest wykorzystywane do produkcji ważnego wirusowego białka kanału jonowego M2. Oba pseudowęzły mają możliwość naprzemiennej pętli spinki do włosów i konformacji pseudowęzła, które umieszczają motywy regulacyjne splicingu w różnych kontekstach strukturalnych.