RNA związany z NoRC
| RNA związany z NoRC (pRNA) | |
|---|---|
 Konserwatywna struktura drugorzędowa pRNA
| |
| identyfikatorów | |
| Symbol | RNA NoRC |
| Alt. Symbolika | pRNA |
| Rfam | RF01518 |
| Inne dane | |
| typ RNA | Gen |
| Domeny | ssaki |
| Struktury PDB | PDBe |
RNA związany z NoRC (znany również jako pRNA ) jest niekodującym elementem RNA, który reguluje transkrypcję rybosomalnego RNA poprzez interakcję z TIP5, częścią kompleksu przebudowy chromatyny NoRC .
Funkcja i kontekst genomiczny
Geny rybosomalnego RNA (rDNA) kodują rybosomalny RNA (rRNA), który stanowi większość rybosomu . Te geny nie ulegają konstytutywnej ekspresji, a mechanizm wyciszania genów jest wprowadzany w celu stłumienia ekspresji genu rDNA , gdy rybosom nie jest wymagany. Wyciszanie genów rDNA wymaga związania chromatyny , NoRC, z cząsteczką niekodującego RNA (ncRNA), która jest komplementarna do promotora rDNA.
ncRNA, który jest zaangażowany w wyciszanie rDNA, jest znany jako pRNA i wykazano, że pochodzi z promotora spacerowego znajdującego się powyżej prerybosomalnego miejsca startu transkrypcji RNA. Po transkrypcji ten ncRNA jest przetwarzany w celu utworzenia cząsteczki RNA o długości 150–250 nukleotydów i zachodzi na region promotora rDNA. Obliczeniowa analiza pRNA przewidywała, że pRNA tworzy konserwatywną pętli macierzystej i wykazano, że jest konserwowany u wielu eukariontów .
Badania
Kilka badań wykazało, że pRNA ma kluczowe znaczenie w rekrutacji i lokalizacji kompleksu przebudowy chromatyny, który jest potrzebny do wyciszania genów. EMSA popiera pogląd, że pRNA bierze udział w tworzeniu heterochromatyny , ponieważ wykazała, że pRNA z wielu różnych gatunków wchodzi w interakcje z TIP5, dużą podjednostką kompleksu przebudowy chromatyny NoRC. [ potrzebne źródło ] Mutageneza pRNA wykazała, że struktura drugorzędowa RNA jest niezbędna do wiązania TIP5, ponieważ mutacje, które zmieniły strukturę drugorzędową, uniemożliwiły wiązanie TIP5. TIP5 wiąże się z pRNA przez an indukowany mechanizm dopasowania, ponieważ TIP5 wykazywał większą wrażliwość na trawienie proteazą w obecności pRNA. Ta zmiana konformacyjna może pozwolić TIP5 na interakcję z innymi białkami, które są wymagane do funkcji NoRC, ale należy to potwierdzić w dalszych badaniach.
pRNA nie tylko stymuluje tworzenie NoRC, ale badania typu „knock down” i mutageneza pRNA wykazały, że pRNA odgrywa rolę w lokalizacji NoRC. Powalenie pRNA wykazało, że NoRC przemieszcza się z jąderek do nukleoplazmy , a po przywróceniu poziomów pRNA NoRC przemieszcza się z powrotem do jąderek. Mutujący pRNA wykazał również, że jego sekwencja i drugorzędowa struktura są kluczowe dla lokalizacji NoRC, ponieważ zmiana struktury sekwencji zapobiega translokacji NoRC do jąderek. Badania te potwierdziły, że pRNA odgrywa rolę w wyciszaniu genów poprzez kierowanie kompleksu przebudowy chromatyny do promotorów genów rDNA, gdzie zarówno sekwencja, jak i struktura pRNA są kluczowe dla jego funkcji.