RUFY2
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RUFY2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , RABIP4R, ZFYVE13, RUN i domena FYVE zawierająca 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Domena RUN i FYVE zawierająca 2 ( RUFY2 ) jest białkiem kodowanym u człowieka przez gen RUFY2 . Nazwa genu RUFY2 pochodzi od dwóch jego domen, domeny RUN i domeny FYVE . RUFY2 jest członkiem rodziny białek RUFY, która obejmuje RUFY1, RUFY2, RUFY3 i RUFY4. Białko RUFY2 odgrywa dynamiczną rolę w transporcie błony endosomalnej.
Gen
Ludzki gen RUFY2 znajduje się na długim (q) ramieniu chromosomu 10 w regionie 21 pasma 3, od pary zasad 70 100 864 do pary zasad 70 167 051 na nici odwrotnej (kompilacja GRCh37/hg19) (mapa) . Gen wytwarza mRNA o długości 2080 par zasad . W ludzkim genie istnieje 18 przewidywanych eksonów z 13 alternatywnymi transkryptami.
Sąsiedztwo genu
8180 par zasad powyżej RUFY2 to gen kodujący białko dla domeny białkowej podobnej do biosyntezy fenazyny zawierającej (PBLD). Podczas gdy 6770 par zasad poniżej RUFY2 to konserwatywna helikaza/nukleaza DNA2 zaangażowana w utrzymanie stabilności mitochondrialnego i jądrowego DNA.
Białko
Białko RUFY2 składa się z 655 reszt aminokwasowych. Białko RUFY2 zawiera N-końcową domenę RUN i C-końcową domenę FYVE z 2 domenami spirali pomiędzy nimi. Masa cząsteczkowa dojrzałego białka wynosi 70,0 kdal, a punkt izoelektryczny 5,494. Narzędzie do trzeciorzędowej struktury białka PHYRE2 sugeruje, że RUFY2 ma 15 helis alfa i najdłuższą helisę obejmującą aminokwasy 199...512, jak widać na rysunku po prawej stronie. RUFY2 jest rozpuszczalnym białkiem, które lokalizuje się w jądrze i błonach wczesnych endosomów. Białko RUFY2 nie zawiera peptydu sygnałowego, miejsc wiązania DNA/RNA, motywów kierujących do mitochondriów ani peroksysomów sygnał kierujący na C-końcu. W RUFY2 nie ma domeny transbłonowej.
Domeny
URUCHOM domenę
Domena RUN znajduje się pomiędzy aminokwasami 45...168 i składa się z białek RPIP8, UNC-14 i NESCA. Wykazano, że domena RUN oddziałuje z GTPazami w szlakach przekazywania sygnału Rap i Rab oraz w transporcie błony endosomalnej .
DUF972
Domena o nieznanej funkcji będąca częścią rodziny hipotetycznych sekwencji bakteryjnych pfam06156. Jest powiązany z białkiem kontrolnym inicjacji YabA, które działa jako kontrola inicjacji replikacji chromosomalnej u bakterii.
PspA/IM30
Rodzina PspA/IM30 jest negatywnym regulatorem czynnika inicjacji transkrypcji sigma54 u bakterii.
domena FYVE
Domena FYVE składa się z białek Fab-1, YGL023, Vps27 i EEA1. W domenie FYVE znajdują się miejsca wiązania palca cynkowego, które oddziałują z 3-fosforanem fosfatydyloinozytolu , doprowadzając białka docelowe do lipidów błonowych.
Interakcje białek
Wykazano, że motyw bogaty w prolinę w domenie FYVE RUFY2 ma aktywność wiązania z domeną SH3 EPHA3 (Etk) w szlakach przekazywania sygnału.
Modyfikacje potranslacyjne
RUFY2 prawdopodobnie ma 6 miejsc fosforylacji i są zlokalizowane głównie w regionie DUF972. RUFY2 ma również 6 miejsc fosforylacji kinazy białkowej C, które są zlokalizowane głównie w domenie FYVE.
Inne godne uwagi miejsca modyfikacji w białku
- 4 Miejsca acetylacji lizyny
- 4 miejsca N-mirystalacji
- 3 miejsca N-glikozylacji
Homologia i ewolucja
RUFY2 ma 4 paralogi : RUFY3, RUFY1, RUNDC3A, RUNDC3B.
60 ortologów RUFY2, w tym ssaki, niektóre ptaki, gady i ryby. RUFY2 jest wysoce konserwatywny wśród swoich ortologów, ale nie występuje w roślinach, bakteriach , archeonach ani protistach .
Rozmieszczenie gatunków
W poniższej tabeli wymieniono homologi RUFY2.
| Rodzaj Gatunek | Nazwa zwyczajowa organizmu | Odchylenie od ludzi (MYA) | Przystąpienie mRNA NCBI | Podobieństwo sekwencji | Długość białka | Wspólna nazwa genu |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Ludzie | -- | AF461266 | 100% | 606 | RUFY2 |
| Pan troglodyci | Szympans zwyczajny | 6.4 | XM_513483 | 99% | 641 | Przewidywany RUFY2 |
| Pongo abelii | Orangutan | 15,7 | NM_001133232 | 99% | 606 | Przewidywany RUFY2 |
| Mulat Macaca | Rezus małpa | 29.2 | XM_001083568 | 100% | 606 | Przewidywany RUFY2 |
| Sus scrofa | Dzik | 94,2 | XM_001928184 | 99% | 640 | Przewidywane: Przewidywane RUFY2 |
| Mus mięśniowy | Mysz | 942,4 | AF484555 | 95% | 606 | RUFY2 |
| Gallus galus | Kurczak | 301,7 | XM_421568 | 95% | 606 | Przewidywany RUFY2 |
| Taeniopygia guttata | Zeberka | 295,0 | XM_002190773 | 95% | 590 | Wariant transkryptu RUFY2 2 |
| Xenopus (Silurana) Tropicalis | Zachodnia żaba szponiasta | 371.2 | NM_001016214 | 77% | 606 | RUFY2 |
| Danio Rerio | Ryba Zebry | 400,1 | NM_001105681 | 89% | 602 | Wariant transkryptu RUFY2 2 |
| Salmo Salar | Łosoś | 427 | NM_001139888 | 91% | 427 | RUFY2 |
| Anolis carolinensis | Karolina Anola | 301,7 | XM_003223694 | 91% | 649 | Przewidywany RUFY2 |
| muszka owocowa | Muszka owocowa | 782,7 | NM_170324 | 63% | 729 | CG31064 |
Znaczenie kliniczne
Stwierdzono, że niektóre choroby neurodegeneracyjne, takie jak choroba Alzheimera, mają wadliwy transport endosomalny. Dlatego też udział domen białek RUFY2, RUN i FYVE, może prawdopodobnie odgrywać rolę w chorobach neurodegeneracyjnych, takich jak choroba Alzheimera.
Wyrażenie
Wykazano, że białko RUFY2 ulega ekspresji głównie w mózgu, płucach i jądrach, podczas gdy ekspresja mikromacierzy wykazuje wszechobecną ekspresję RUFY2.