Założony w 1926 roku jako odrębny klub, związany z Racing de Santander od 1951 roku i formalnie włączony do struktury profesjonalnego klubu w 1993 roku, zespół gra obecnie w Segunda Federación - Group 1 , rozgrywając mecze u siebie na La Albericia , mogące pomieścić 1000 widzów .
W 1993 roku oryginalne Rayo zostało rozwiązane w ramach ogólnokrajowego ruchu mającego na celu formalne włączenie zrzeszonych drużyn do struktury klubów zawodowych, a Racing de Santander B zajął jego miejsce. Nowy Rayo Cantabria , który zaczął grać jako niezależny klub w ligach regionalnych od 1993 roku, był również związany z Racingiem przez cztery sezony, od 2003-04 do 2006-07. Od tego czasu Racing B grał przez dziewięć sezonów w Segunda B, trwając nie dłużej niż dwa lata w jakimkolwiek pojedynczym okresie na tym poziomie; zwykle spotykali Dep. Rayo, kiedy spadł z powrotem do czwartego poziomu i trzykrotnie zajął miejsce poniżej swojego „rodzeńskiego” klubu.
W 2018 roku poprzedni menedżer Ángel Meñaca został doceniony przez miasto Santander za całokształt wysiłków i wkład w prowadzenie zarówno oryginalnego Rayo do 1993 roku, jak i „nowego” Rayo od tego czasu.
Latem 2019 roku Racing de Santander z powodzeniem złożył wniosek o zmianę nazwy zespołu B na Rayo Cantabria; drugi klub Rayo został usunięty z ligi rok wcześniej z powodu niespłaconych długów.