Ryboprzełącznik glicynowy
Struktura drugorzędowa konsensusu i konserwacja sekwencji ryboswitcha glicyny
| |
| glicyny | |
|---|---|
| identyfikatorów | |
| Symbol | glicyna |
| Rfam | RF00504 |
| Inne dane | |
| typ RNA | Cis-reg ; Przełącznik rybny |
| IŚĆ | GO:0006545 |
| WIĘC | SO: 0000035 |
| Struktury PDB | PDBe |
Bakteryjny ryboprzełącznik glicynowy jest elementem RNA , który może wiązać aminokwas glicynę . Ryboprzełączniki glicynowe zwykle składają się z dwóch domen aptamerowych wiążących metabolity o podobnych strukturach w tandemie. Pierwotnie uważano, że aptamery wspólnie wiążą glicynę, regulując ekspresję genów w dół. W Bacillus subtilis ten ryboprzełącznik znajduje się przed operonem gcvT , który kontroluje glicynę degradacja. Uważa się, że gdy glicyna jest w nadmiarze, będzie wiązać się z obydwoma aptamerami, aby aktywować te geny i ułatwić degradację glicyny.
Pierwotnie odkryta, skrócona wersja ryboprzełącznika glicyny wykazuje sigmoidalne krzywe wiązania ze współczynnikami Hilla większymi niż jeden, co doprowadziło do idei pozytywnej współpracy między dwiema domenami aptameru. Dane z 2012 roku pokazują, że wiązanie kooperacyjne nie występuje w przełączniku z jego przedłużonym liderem 5 ', chociaż cel podwójnych aptamerów przełącznika jest nadal niepewny.
Struktury rozdzielczości atomowej części ryboprzełączników glicynowych uzyskano za pomocą krystalografii rentgenowskiej .
in vivo wykazały, że glicyna nie musi wiązać obu aptamerów do regulacji. Mutacja pierwszego aptameru spowodowała największe zmniejszenie ekspresji genów w dół, podczas gdy mutacja drugiego aptameru miała różne skutki. Indukowana glicyną ekspresja operonu gcvT jest potrzebna do subtelnego wzrostu B., ruchliwości roju i tworzenia biofilmu (w środowisku o wysokiej zawartości glicyny).