SD Ejea została założona 3 października 1927 roku z połączenia Setia Football Club, Numancia Football Club i Sporting Football Club. Higinio Villacampa Murillo został jej pierwszym prezesem.
Po rywalizacji we wszystkich kategoriach aragońskiej regionalnej piłki nożnej, Ejea po raz pierwszy awansował do Tercera División w sezonie 1956-57, docierając także do finału Mistrzostw Kibiców Aragonii.
Po pierwszym sezonie w trzeciej lidze, w którym klub z powodzeniem uniknął degradacji, 27 czerwca 2019 roku Ejea uzgodnił warunki współpracy z SD Huesca , aby zostać ich rezerwowym zespołem na sezon 2019–20. 25 czerwca 2019 nowym trenerem został Javi Suárez . Zastąpił Guillermo Fernándeza Romo, który uratował klub w Segunda División B w swoim debiutanckim sezonie w lidze.