Snagger (oprogramowanie)
Snagger jest oprogramowaniem bioinformatycznym do wybierania znacznikowych SNP przy r2 użyciu nierównowagi sprzężeń parami . Jest zaimplementowany jako rozszerzenie popularnego oprogramowania Haploview i jest dostępny bezpłatnie na licencji MIT . Snagger różni się od istniejących polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP), w tym Taggera, zapewniając opcje użytkownika, które pozwalają na:
- Priorytetyzacja tagSNP w oparciu o określone cechy, w tym wyniki projektowe specyficzne dla platformy, funkcjonalność (tj. status kodowania) i pozycję chromosomalną
- Efektywna selekcja SNP w wielu populacjach
- Wybór tagSNP poza zdefiniowanymi regionami genomowymi w celu poprawy zasięgu i powodzenia genotypowania
- Wybieranie zastępczych tagSNP, które służą jako kopie zapasowe dla tagSNP, których awaria spowodowałaby znaczną utratę danych
Haploview z Snaggerem został opracowany i jest utrzymywany w Genomics Center na University of Southern California .
- ^ Edlund CK, Lee WH, Li D, Van Den Berg DJ, Conti DV. „ Snagger: Przyjazny dla użytkownika program do włączania dodatkowych informacji do wyboru znacznika SNP ”. BMC Bioinformatyka. 27 marca 2008; 9(1):174
- ^ Barrett JC Fry B., Maller J., Daly MJ (2005). „ Haploview: analiza i wizualizacja map LD i haplotypów ”. Bioinformatyka 21: 263-265.
- ^ De Bakker PI, Yelensky R., Pe'er I., Gabriel SB, Daly MJ , Altshuler D. (2005). „ Wydajność i moc w genetycznych badaniach asocjacyjnych ”. Nature Genetics 37: 1217-1223.