TMEM104
| TMEM104 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , białko transbłonowe 104 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Białko transbłonowe 104 ( TMEM104 ) jest białkiem, które u ludzi jest kodowane przez gen TMEM104. Aliasy TMEM104 to FLJ00021 i FLJ20255. Ludzie mają sekwencję kodującą gen o długości 163 255 par zasad, mRNA o długości 4703 par zasad i sekwencję białka o długości 496 aminokwasów. U eukariontów gen TMEM104 jest konserwowany.
Gen
Lokalizacja
TMEM104 znajduje się na ludzkim chromosomie 17 w locus 17q25.1. TMEM104 znajduje się pomiędzy genami NAT9 i GRIN2C .
Transkrypcje
Istnieje 7 głównych wariantów transkrypcji: izoforma 1, izoforma 2, wariant X1 - X5. Przewiduje się, że TMEM104 ma region promotora 150 par zasad w górę od początku transkrypcji . Region promotora Homo sapien TMEM104 w porównaniu z innymi organizmami jest bardzo niezakonserwowany. Trudno było znaleźć coś poza gatunkami Mammalia, a większość z nich znaleziono pod naczelnymi.
Ekspresja tkankowa
W większości tkanek ludzkich TMEM104 ma skromny poziom ekspresji (25–50 percentyl) w stosunku do wszystkich ludzkich białek, zgodnie z danymi RNA-seq .
Ekspresja subkomórkowa
Białko zostało zlokalizowane głównie w błonie plazmatycznej, a mniej w jądrze.
Dane immunochemiczne
Thermofisher twierdzi, że wykazuje znaczną pozytywność jądrową i cytoplazmatyczną w komórkach gruczołowych. Próbki sondowano za pomocą przeciwciała poliklonalnego TMEM104.
Białko
Białko wariantu 1 TMEM104 ma długość 496 aminokwasów. TMEM104 jest wydzielanym białkiem, które ulega nadekspresji w nadnerczach. TMEM104 to fenyloalaninę i ubogie w glutaminę białko.
Charakterystyka
TMEM104 ma punkt izoelektryczny 6,8 i masę cząsteczkową 55,7 k daltonów . Przewiduje się, że ma od dziewięciu do jedenastu domen transbłonowych , co czyni go białkiem transbłonowym .
Modyfikacje po tłumaczeniu
Posttranslacyjne modyfikacje N-glikozylacja, sulfonowanie i fosforylacja należą do tych przewidzianych dla TMEM104.
Struktura trzeciorzędowa
TMEM104 ma trzeciorzędową strukturę z helisami alfa i arkuszami beta .
Interakcja
Wykazano, że TMEM104 oddziałuje z CASKIN2, TMEM94, TOMM6, SYNGR3, SYTL5, B3GNT8, NTRK3, C15orf39 i PPSIG.
Homologia
Ortolog
TMEM104 nie ma paralogów . Białko TMEM występuje głównie u eukariontów.
Ortologi w poniższej tabeli zostały odkryte za pomocą wyszukiwania BLAST. Chociaż w żadnym wypadku nie jest to wyczerpująca lista, pokazuje ogromną różnorodność organizmów, które obejmują ortologi TMEM104.
| Seq # | Grupa TMEM104 | Rodzaj, gatunek | Nazwa zwyczajowa | Grupa taksonomiczna | Data rozbieżności (MYA) | Numer dostępowy | Długość sekwencji (aa) | Tożsamość sekwencji (%) | Podobieństwo sekwencji (%) |
| 1 | SSAKI | Homo sapiens | Człowiek | naczelne ssaki | 0 | NP_060198.3 | 496 | 100,00% | 100,00% |
| 2 | Mus musculus | Mysz | rodentia | 87 | NP_001028565.1 | 496 | 89,70% | 94,20% | |
| 3 | Camelus Ferus | Dziki wielbłąd dwugarbny | tylopoda | 94 | XP_006179513.1 | 496 | 95,20% | 98,40% | |
| 4 | Bos byk | Bydło | przeżuwacze | 94 | XP_005221277.1 | 496 | 92,80% | 96,00% | |
| 5 | Pantera Tygrys | Tygrys | kotowate | 94 | XP_007091296.2 | 496 | 92,70% | 96,80% | |
| 6 | ZDROWAŚKA | Dryobates pubescens | Puszysty Dzięcioł | śp | 319 | XP_009901180.1 | 497 | 82,30% | 91,50% |
| 7 | Gavia gwiaździsta | Loon czerwonogardły | śp | 319 | XP_009820115.1 | 497 | 82,10% | 91,10% | |
| 8 | Gallus gallus | Kurczak | śp | 319 | XP_046785426.1 | 498 | 81,90% | 90,40% | |
| 9 | Meleagris gallopavo | Dziki indyk | śp | 319 | XP_010719937.1 | 498 | 81,90% | 90,00% | |
| 10 | Opisthocomus hoazin | Hoacyn | śp | 319 | XP_009941209.1 | 497 | 81,70% | 90,70% | |
| 11 | GADY | Trachemys scripta elegans | żółw | gady | 319 | XP_034645854.1 | 497 | 79,90% | 89,10% |
| 12 | PŁAZ | Rhinatrema bivittatum | Dwuliniowy Caecilian | płaz | 353 | XP_029456459.1 | 510 | 76,20% | 84,80% |
| 13 | Xenopus tropicalis | Żaba | płaz | 353 | NP_001016025.1 | 491 | 74,20% | 84,50% | |
| 14 | RYBA | Megalops cyprinoides | Tarpon indyjsko-pacyficzny | aktinoptergyii | 431 | XP_036408674.1 | 493 | 76,20% | 84,40% |
| 15 | Danio Rerio | Danio pręgowany | aktinoptergyii | 431 | XP_693756.3 | 493 | 44,10% | 60,20% | |
| 16 | Carcharodon carcharias | Wielki biały rekin | chimerokształtne | 464 | XP_041073221.1 | 499 | 35,30% | 51,60% | |
| 17 | BEZKRĘGOWCE | Branchiostoma floridae | Lancet | cefalochordata | 556 | XP_035695481.1 | 531 | 73,80% | 82,50% |
| 18 | Caenorhabditis elegans | Glista | stawonogi | 694 | NP_509879.2 | 492 | 69,30% | 82,60% | |
| 19 | muszka owocowa | Muszka owocowa | stawonogi | 694 | NP_001262109.1 | 509 | 42,30% | 63,00% | |
| 20 | Anopheles gambiae | Komar | stawonogi | 694 | XP_320941.5 | 512 | 56,50% | 71,40% |