Tony Rees (naukowiec)

Ten artykuł dotyczy Tony'ego Reesa, naukowca i menedżera danych. Dla Tony'ego Reesa, walijskiego piłkarza, zobacz Tony Rees .

dr

Anthony JJ „Tony” Rees
OBIS team at Rutgers, 2004.jpg
Tony Rees (w środku) z członkami zespołu Ocean Biogeographic Information System (OBIS) na zdjęciu na Rutgers University, 2004: Fred Grassle (po lewej), Phoebe Zhang (po prawej)
Urodzić się 1953 (69-70 lat)
Narodowość Brytyjczycy, Australijczycy
Znany z Biologia morska, informatyka dotycząca różnorodności biologicznej, tworzenie oprogramowania
Rodzice
  • Henry Rees (ojciec)
  • Freda Rees (matka)
Nagrody Nagroda Ebbe Nielsena (2014)
Kariera naukowa
Pola Biologia, Biologia morska, Informatyka o różnorodności biologicznej
Instytucje University College London , CSIRO Division of Fisheries (później CSIRO Marine and Atmospheric Research
Praca dyplomowa  (1979)
Doradca doktorski Gordona F. Leedale'a
Autor skrót. (botanika) AJJRees
Strona internetowa baza rybna.de/..

Anthony JJ („Tony”) Rees (ur. 1953) to urodzony w Wielkiej Brytanii programista, menedżer danych i biolog mieszkający w Australii od 1986 roku, a wcześniej kierownik danych w CSIRO Marine and Atmospheric Research . Jest odpowiedzialny za rozwój wielu systemów oprogramowania stosowanych obecnie w zarządzaniu danymi naukowymi, w tym c-squares , Taxamatch i IRMNG, Tymczasowy Rejestr Rodzajów Morskich i Niemorskich . Był również ściśle zaangażowany w rozwój innych inicjatyw informatycznych związanych z różnorodnością biologiczną, w tym Ocean Biogeographic Information System (OBIS), AquaMaps oraz usługa rozpoznawania nazw taksonomicznych iPlant (TNRS).

Biografia

Rees urodził się w Coventry w Wielkiej Brytanii w rodzinie akademickiej i studiował nauki o roślinach na Uniwersytecie w Leeds w latach 1971-1974, publikując jeden artykuł na temat opisu nowej chryzofitowej algi ze swojej pracy licencjackiej. Następnie uzyskał stopień doktora. z tej samej uczelni, z rozprawą zatytułowaną „Fitoplankton jeziora eutroficznego: dynamika zbiorowisk i badania ultrastrukturalne”. W latach 80. pracował w Micropaleontology Unit of the Geology Department na University College London, po czym wyemigrował do Australii, gdzie kierował zakładem mikroskopów elektronowych dla CSIRO Division of Fisheries aż do zamknięcia tej placówki w 1996 roku, po czym przeszedł do obszaru zarządzania danymi morskimi dla tej samej agencji naukowej. Na tym stanowisku połączył zarządzanie danymi oceanograficznymi i biologicznymi morza oraz zainteresował się powstającą dziedziną informatyki różnorodności biologicznej , w tym również rolę wspomagającą rozwój techniczny Systemu Informacji Biogeograficznej Oceanu (OBIS) rozwijanego przez J. Fredericka Grassle'a w USA W latach 2009-2014 zarządzał australijskim węzłem OBIS, zlokalizowanym w CSIRO, a także współpracował z innymi krajowymi i międzynarodowymi inicjatywami informatycznymi dotyczącymi bioróżnorodności i udostępniania danych, w tym z Encyklopedią życia , Global Biodiversity Information Facility , Atlas of Living Australia , projekt Open Tree of Life , FishBase i inne. Rees opuścił CSIRO w 2014 roku, od kiedy jego Interim Register of Marine and Nonmarine Genera jest hostowany w infrastrukturze danych na Flanders Marine Institute (VLIZ) w Belgii, z którym kontynuuje zaangażowanie od 2022 r.

Rozwój narzędzi do zarządzania danymi

Wersja strony głównej OBIS z czerwca 2004 r. (www.iobis.org) zawierająca wyszukiwanie przestrzenne „kliknij na mapie” w oparciu o reprezentacje c-kwadratów rozkładów danych w indeksie OBIS, zaprojektowana przez Reesa i wdrożona przez Reesa i Y. Zhanga
AquaMap (przewidywana dystrybucja generowana komputerowo) dla Mola mola , samogłów oceanicznych, utworzona za pośrednictwem połączenia internetowego na żywo z narzędziem do mapowania c-squares
Rees przemawiający na Sympozjum Naukowym GBIF 2014, New Delhi, Indie; za nim slajd ilustrujący możliwości „widoku globu” narzędzia mapującego c-kwadraty, zaimplementowanego dla danych z Ocean Biodiversity Information System

W 2002 roku Rees opracował oparty na siatce system identyfikacji „ c-kwadraty ” dla jednostek przestrzeni geograficznej, do których można przypisać obszary działalności naukowej poszczególnych projektów badawczych w jego agencji; projektując system tak, aby obejmował dowolną skalę, od globalnej po lokalną, c-squares dobrze pasował również do początkowej obsługi danych przestrzennych zarówno w OBIS, jak i późniejszych AquaMaps projektów, oprócz oryginalnej implementacji w ramach systemu metadanych „MarLIN” firmy CSIRO Fisheries. Aktualizacja oprogramowania „c-squares mapper” z 2006 r. w celu tworzenia obrotowych i powiększanych „widoków kuli ziemskiej” była wczesną, opartą na przeglądarce implementacją wirtualnego globu , poprzedzającą ostateczną dostępność (znacznie lepiej sprecyzowanego ) Google Earth oprogramowanie jako adresowalna przez użytkownika aplikacja internetowa.

W latach 2003-2004 Rees był odpowiedzialny za przeprojektowanie oprogramowania do wyszukiwania i wyświetlania OBIS, wykorzystującego zarówno c-kwadraty do szybkiego wyszukiwania przestrzennego i mapowania uzyskanych informacji o rozmieszczeniu gatunków morskich, jak i wstępnego indeksowania wszystkich rozpowszechnianych treści w centralnym centrum danych dzięki czemu usunięto zależność od bieżących, rozproszonych zapytań do zdalnych, federacyjnych dostawców danych; to przeprojektowanie zostało wprowadzone w wersji produkcyjnej OBIS w 2004 r. W tym samym czasie wprowadził „taksonomię szkieletową” dla zasobów danych OBIS opartą na najnowszym wówczas (2003) wydaniu Katalogu życia , z indywidualnymi nazwami oznaczonymi jako albo morski, albo niemorski, ponieważ OBIS chciał ujawnić tylko morski element treści dostarczanych przez systemy zewnętrzne, które nie zawsze rozróżniały zapisy na podstawie siedliska.

Świadomy luk taksonomicznych w tym ostatnim wysiłku wynikających z niekompletności ówczesnego Katalogu Życia, Rees rozpoczął w 2006 roku nową kompilację danych taksonomicznych zatytułowaną „ Tymczasowy Rejestr Rodzajów Morskich i Niemorskich” " (IRMNG), który próbował wymienić wszystkie opublikowane rodzaje świata i przypisać im status morski lub niemorski (później to proste rozróżnienie zostało dalej podzielone na stany morskie / słonawe / słodkowodne i lądowe), a także zachowaną / skamieniałą flagę do wykorzystania systemów, które oprócz rozróżnienia taksonów istniejących od kopalnych IRMNG, początkowo pomyślany jako krótkoterminowy projekt kompilacji danych, okazał się bardziej złożony niż początkowo przewidywano i jest kontynuowany do chwili obecnej pod auspicjami pierwszego CSIRO w Australii, a następnie (od 2016 r.) gościł we Flanders Marine Institute (holenderski: Vlaams Instituut voor de Zee, VLIZ) w Belgii.

IRMNG i Taxamatch, dwie aplikacje informatyczne zajmujące się różnorodnością biologiczną opracowane przez Reesa w latach 2000-2010

Dodatkowym narzędziem programowym opracowanym przez Reesa jest metoda sprawdzania pisowni naukowych nazw organizmów, zatytułowana „Taxamatch”, która ma na celu wysoką pamięć (żaden z kandydatów nie pominął poprawnie zapisanych nazw), a także dobrą precyzję (odrzucenie „fałszywych trafień”), gdy dane wejściowe (potencjalnie błędnie napisane) nazwisko jest podane i dostępna jest lista poprawnie zapisanych imion, z którymi można to sprawdzić. Metoda ta została następnie przyjęta jako użyteczna funkcja w wielu globalnych bazach danych taksonomicznych, w tym w iPlant dla roślin, Światowym Rejestrze Gatunków Morskich (WoRMS) i jego dziesiątkach indywidualnych baz danych, Euro+Med PlantBase i portal EU-NOMEN do ogólnoeuropejskiej infrastruktury katalogów gatunków (PESI) oprócz włączenia go do IRMNG.

Za swoją pracę w dziedzinie informatyki różnorodności biologicznej , w tym c-squares, OBIS, IRMNG i Taxamatch, Global Biodiversity Information Facility (GBIF) przyznało Reesowi nagrodę Ebbe Nielsen 2014 . Część towarzyszącego cytatu z GBIF z 2014 r. brzmi:

Ward Appeltans, kierownik OBIS w Międzyrządowej Komisji Oceanograficznej UNESCO, powiedział, że cieszy się, że praca, poświęcenie i wytrwałość Reesa zostały nagrodzone tą prestiżową nagrodą. „Tony Rees z powodzeniem połączył dwie swoje pasje, informatykę i biologię, i dzięki odpowiedniej intuicji i wiedzy zbudował rozwiązania, z których korzystały tysiące naukowców na całym świecie”.

Przez okres 2010 roku Rees był członkiem Globalnego Zespołu Katalogu Życia, biorąc udział w dyskusjach dotyczących bieżącej funkcjonalności i ewolucji tego projektu. Obecnie (2021) jest członkiem Grupy Katalogu Taksonomii Życia. Był także członkiem międzynarodowych zespołów odpowiedzialnych za projektowanie i wdrażanie projektów związanych z różnorodnością biologiczną AquaMaps (globalne mapy predykcyjne dla organizmów wodnych) oraz iPlant TNRS (Taxonomic Name Resolution Service), opisanych w literaturze naukowej odpowiednio w 2010 i 2013 roku. Pięciostopniowe globalne komórki „c-kwadraty” zostały również wykorzystane jako podstawowe jednostki raportowania i analizy do pierwszej znormalizowanej analizy danych i mapowania globalnych morskich obszarów biogeograficznych autorstwa M. Costello i in. w 2017 r. W 2020 r. dane z IRMNG zostały wykorzystane do udostępnienia jako tabela danych i dostarczenia zbiorczych statystyk dotyczących wszystkich znanych rodzajów świata i ich synonimów, jakie były przechowywane w IRMNG w tamtym czasie. Tymczasem Międzynarodowa Rada Badań Morza (ICES) ostatnio używa c-kwadratów jako podstawowej siatki przestrzennej do zarządzania wszystkimi swoimi systemami monitorowania statków (VMS) i danymi z dzienników połowowych, a także stworzyła kilka aplikacji wokół w tym „FishFrame” (patrz C-squares więcej informacji), a finansowany ze środków UE projekt ATLAS programu Horyzont 2020, w ramach którego badano wrażliwe ekosystemy morskie (VME) w północno-wschodnim Atlantyku, również przyjął c-kwadraty jako podstawową siatkę przestrzenną dla swojej głównej struktury danych, indeksu VME.

Zobacz też

Notatki

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Tony_Rees_(scientist)&oldid=1110877750 ”