Wirus Jingmena
| Klasyfikacja wirusów | |
|---|---|
| Jingmenvirus | |
| (nierankingowe): | Wirus |
| królestwo : | Rybowiria |
| Królestwo: | Orthornawirusy |
| Gromada: | Kitrinoviricota |
| Klasa: | Flasuviricetes |
| Zamówienie: | amarillowirusy |
| Rodzina: | Flaviviridae (?) |
| (nierankingowe): | Wirus Jingmena |
| Wirusy członkowskie | |
|
|
Jingmenvirus to grupa jednoniciowych wirusów RNA o dodatniej czułości z segmentowanymi genomami . Są one głównie związane ze stawonogami i są jednymi z zaledwie dwóch znanych wirusów segmentowanych RNA, które infekują żywicieli zwierzęcych. Pierwszy członek grupy, wirus kleszczy Jingmen (JMTV), został opisany w 2014 r. Inny członek, wirus Guaico Culex (GCXV), ma bardzo nietypową wieloskładnikową architekturę, w której segmenty genomu są oddzielnie zamknięte w różnych wirusowych kapsydach.
Przykłady
Wirus kleszcza Jingmen
Pierwszy członek grupy został opisany w 2014 roku i nazwany wirusem kleszcza Jingmen (JMTV), ponieważ został wyizolowany z kleszcza pobranego w Jingmen w Chinach. Jest to z otoczką, nieco większy niż jego najbliżsi wirusowi krewni. Genom JMTV składa się z czterech segmentów, z których dwa zawierają geny wykazujące homologię sekwencji do białek niestrukturalnych występujących we flawiwirusach , w tym metylotransferazę i polimerazę RNA zależną od RNA . Domniemane białka strukturalne w genomie JMTV nie mają znanych homologów. Oprócz identyfikacji u kleszczy, JMTV zidentyfikowano również w niewielkich ilościach u komarów, takich jak Aedes albopictus .
Wirus Guaico Culex
Wirus Guaico Culex (GCXV) został zgłoszony w 2016 roku po izolacji z komarów Culex znalezionych w pobliżu Guaico na Trynidadzie. Różne izolaty wirusa mają cztery lub pięć segmentów genomu, chociaż piąty nie jest niezbędny do proliferacji wirusa. GCXV jest wieloskładnikowym (znanym również jako wieloczęściowy) wirusem, w którym każdy segment genomu jest zamknięty we własnym kapsydzie wirusowym o małej otoczce . Co najmniej trzy segmenty genomu, zawierające geny dla białek niestrukturalnych i składników kapsydu, muszą dostać się do komórki, aby skutecznie ją zainfekować i odtworzyć wirusa. Przed odkryciem GMXV wieloskładnikowa architektura była wcześniej opisywana tylko w wirusach infekujących rośliny i grzyby i nigdy nie była obserwowana w przypadku wirusa otoczkowego.
Inne wirusy
Materiał genetyczny, który prawdopodobnie należy do innych wirusów jingmen, można zidentyfikować za pomocą bioinformatyki . W niektórych przypadkach takie sekwencje nie zostały rozpoznane jako wirusowe lub segmentowany charakter genomu nie został rozpoznany przed opisaniem JMTV. Na przykład stwierdzono, że zgłoszony genom psiego pasożyta Toxocara canis zawiera sekwencje homologiczne do JMTV, prawdopodobnie reprezentujące infekcję wirusową pasożyta, który został zsekwencjonowany. Podobnym przykładem jest wirus kleszcza Mogiana, po raz pierwszy zgłoszony w 2011 roku; jego segmentowany genom nie został rozpoznany przy pierwszej publikacji, ale został ponownie przeanalizowany i zidentyfikowany jako wirus jingmen w 2017 roku.
Sekwencje wykazujące homologię do JMTV zostały również wyizolowane z colobusa rudego , co sugeruje możliwość istnienia segmentowanego, prawdopodobnie wieloskładnikowego wirusa zdolnego do infekowania naczelnych . Badanie metagenomiczne flawiwirusów stawonogów zidentyfikowało pięć dodatkowych przykładów prawdopodobnych sekwencji wirusa jingmen.
Ewolucja
Wirusy Jingmen są spokrewnione z flawiwirusami , które mają niesegmentowane genomy przenoszone w jednym kapsydzie. Konsekwentnie obserwowano homologię między genami kodującymi niestrukturalne białka wirusów jingmen i flawiwirusów, w tym polimerazę RNA zależną od RNA . Jednak architektura genomowa homologicznych genów różni się znacznie; kanoniczny genom flawiwirusa składa się z pojedynczej otwartej ramki odczytu (ORF), której produkt białkowy jest przetwarzany przez proteazy , podczas gdy niestrukturalne białka wirusa jingmen są kodowane na dwóch segmentach genomu, z których każdy zawiera jedną ORF. Chociaż istnieje niewiele znanych sekwencji wirusa jingmen, skład genów segmentów genomu wydaje się być dobrze zachowany. Natomiast domniemane białka strukturalne wirusa jingmen , które prawdopodobnie tworzą jego kapsydy , nie mają homologii ze znanymi białkami.
Uderzające jest to, że najbliżsi znani krewni segmentowanych wirusów jingmen nie są segmentowani. Mechanizmy ewolucyjne leżące u podstaw segmentacji genomu, a zwłaszcza architektura wieloskładnikowa, są słabo poznane. Chociaż wydaje się, że segmentowane genomy ewoluowały kilka razy w wiromie , mechanizm ewolucyjny leżący u podstaw tej struktury jest niejasny. Nie jest również jasne, czy architektura wieloskładnikowa jest odrębną strategią ewolucyjną, czy też jest artefaktem mechanizmu segmentacji, prawdopodobnie poprzez tworzenie wadliwych cząstek zakłócających .