Względne ryzyko haploidalne

Metoda względnego ryzyka haplotypu ( HRR ) to rodzinna metoda określania powiązania alleli genu z chorobą w obecności faktycznego powiązania genetycznego . Próbki rodzin nuklearnych z jednym chorym dzieckiem są pobierane przy użyciu haplotypów rodzicielskich, które nie są przekazywane jako kontrola. Choć podobny do względnego ryzyka genotypu (RR), HRR zapewnia rozwiązanie problemu stratyfikacji populacji poprzez pobieranie próbek tylko w ramach rodzinnych trio. Metoda HRR została po raz pierwszy zaproponowana przez Rubinsteina w 1981 r., A następnie szczegółowo opisana w 1987 r. Przez Rubinsteina i Falka i jest ważnym narzędziem w genetycznych badaniach asocjacyjnych.

Oryginalna metoda zaproponowana przez Falka i Rubinstiena została poddana analizie w 1989 roku, kiedy Ott wykazał równoważność HRR z klasyczną metodą RR, wykazując, że HRR obowiązuje tylko wtedy, gdy istnieje zerowa szansa na rekombinację między locus choroby a jej markerami . Jednak nawet wtedy, gdy współczynnik rekombinacji dla locus i jego markerów genetycznych wynosi > 0, szacunki HRR są nadal bardziej konserwatywne niż szacunki RR.

Chociaż metoda HRR okazała się skutecznym sposobem unikania błędów stratyfikacji populacji, częściej stosuje się inny test asocjacji oparty na rodzinie, znany jako test nierównowagi transmisji lub TDT. Niektóre badania wykorzystują zarówno HRR, jak i TDT ze względu na ich zdolność do wzajemnego uzupełniania się, ponieważ jeden wynik może nie dawać żadnego związku, podczas gdy drugi tak. Pozytywny wynik skojarzenia zarówno z TDT, jak i HRR oznacza, że ​​istnieją mocne dowody na istnienie związku i odwrotnie. Na przykład zarówno metody HRR, jak i TDT zastosowano w badaniu poszukującym polimorfizmu w receptorach dopaminy D2 i D3 w związku ze schizofrenią i żadne z nich nie znalazło żadnych dowodów na powiązanie, przez co rzeczywista rola tych genów w etiologii zaburzenia psychicznego jest tym bardziej nieprawdopodobna.

Obliczenie

Model ten reprezentuje przypadek, w którym istnieje pojedynczy locus, w którym wszystkie genotypy mogą prowadzić do ekspresji allelu w jego najbardziej uproszczonej definicji. Przy tych parametrach nierównowaga sprzężeń większa niż 50% oznacza, że ​​istnieje możliwy związek z allelem genu i dziedziczeniem.

${\ Displaystyle HRR = {\ Frac {P_ {1}} {1-P_ {1}}} * {\ Frac {1-P_ {2} }}{P_{2}}}}$

Podaje HHR, które można oszacować wg

${\ Displaystyle HRR = {\ Frac {a ^ {'}} {b ^ {'}}} * {\ Frac {d ^ {'}} {c ^ {'}}}}$

a ^” oznacza obserwowaną częstość dzieci, które są pozytywne pod względem allelu genu H.

b ^oznacza obserwowaną częstość dzieci z ujemnym wynikiem allelu genu H.

c ^' to obserwowana częstość rodzin z co najmniej jednym przekazanym rodzicielskim allelem markerowym H.

d ^' to obserwowana częstość rodzin bez przekazanego rodzicielskiego allelu markerowego H.

P ₁ to prawdopodobieństwo, że to dziecko jest pozytywne pod względem allelu będącego przedmiotem zainteresowania H.

P ₂ to prawdopodobieństwo, że co najmniej jeden z nieprzekazanych rodzicielskich alleli markerowych jest równy allelowi będącemu przedmiotem zainteresowania H.

H jest allelem będącym przedmiotem zainteresowania.