Wzmocnienie za pośrednictwem intronu

pośrednictwem intronów (IME) to zdolność sekwencji intronu do zwiększenia ekspresji genu zawierającego ten intron. W szczególności intron musi być obecny w transkrybowanym regionie genu, aby nastąpiło wzmocnienie, co odróżnia IME od działania typowych wzmacniaczy transkrypcji . Opisy tego zjawiska zostały po raz pierwszy opublikowane w hodowli kukurydzy komórek w 1987 r., a termin „wzmocnienie za pośrednictwem intronów” został następnie ukuty w 1990 r. Szereg publikacji wykazało, że zjawisko to jest zachowane u eukariontów , w tym u ludzi, myszy, Arabidopsis , ryżu i C. elegans . Jednak mechanizm (mechanizmy), za pomocą których działa IME, nadal nie jest w pełni zrozumiały.

Podczas testowania, czy dany intron wzmacnia ekspresję genu, zwykle porównuje się ekspresję dwóch konstruktów , jednego zawierającego intron i drugiego bez niego, i wyraża różnicę między tymi dwoma wynikami jako „ krotność wzrostu Dalsze eksperymenty mogą konkretnie wskazać IME jako przyczynę wzmocnienia ekspresji – jednym z najczęstszych jest przesunięcie intronu w górę od miejsca startu transkrypcji, usuwając go z transkryptu. Jeśli intron nie może już wzmacniać ekspresji, wtedy włączenie intronu do transkryptu jest ważne, a intron prawdopodobnie powoduje IME.

Nie wszystkie introny zwiększają ekspresję genów, ale te, które to robią, mogą zwiększyć ekspresję od 2 do ponad 1000 razy w stosunku do kontroli bez intronów. W Arabidopsis i innych gatunkach roślin IMEter został opracowany w celu obliczenia prawdopodobieństwa, że ​​sekwencja intronu zwiększy ekspresję genów. Czyni to poprzez obliczenie wyniku na podstawie wzorców nukleotydowych w sekwencji docelowej. Istotne jest również położenie intronu w transkrypcie – im bliżej początku (5' końca) transkryptu znajduje się intron, tym większe jest jego wzmocnienie ekspresji genów.