centysom

Centysom to jednostka długości zdefiniowana jako jeden procent długości określonego chromosomu . Ta jednostka kursu fizycznej DNA zaczęła być używana we wczesnych badaniach genomów za pomocą biologii molekularnej, zanim możliwe było rozdzielenie sekwencji kwasów nukleinowych chromosomów.

Jednym z głównych zastosowań tej jednostki było opisanie locus genu poprzez podanie odległości w centysomach od punktu odniesienia na chromosomie. Na przykład, kiedy kompletny genom bakterii Escherichia coli został ostatecznie ukończony w 1997 roku, przedstawiono go w skali podanej w centysomach (a także w kilozasadach ). Ponieważ chromosomy bakteryjne są okrągłe , punktem odniesienia nie może być koniec cząsteczki DNA, ale musi to być jakiś punkt, który ma jakąś łatwą do określenia unikalną cechę. Często ten punkt jest początkiem replikacji , chociaż w przypadku E. coli jest początkiem transferu podczas koniugacji . Dlatego punktem odniesienia dla pozycji centysomów jest po prostu konwencja ustalona dla każdego gatunku organizmu.

W przeważającej części współczesna literatura naukowa używa „centysomu” jako części skrótowego sposobu odnoszenia się do określonego regionu będącego przedmiotem zainteresowania na chromosomie określonych organizmów. Na przykład przeprowadzono wiele badań na obszarze „centysomu 63” chromosomów Salmonella .

Bibliografia _ Monica Riley (11.01.2009), Reprezentacje wiedzy metabolicznej (PDF)
^ Blattner, FR; Plunkett G, 3 miejsce; Bloch, Kalifornia; Perna, Nowy Jork; Burland, V; Riley, M.; Collado-vides, J; Glasner, JD; Rode, CK; Mayhew, GF; Gregor, J; Davis, NW; Kirkpatrick, HA; Goeden, MA; Róża, DJ; Mau, B; Shao, Y (5 września 1997). „Pełna sekwencja genomu Escherichia coli K-12” . nauka . 277 (5331): 1453–62. doi : 10.1126/science.277.5331.1453 . PMID 9278503 .
^ "Escherichia coli K-12 substr. MG1655 oriC" . biocyc.org . EcoCyc . Źródło 4 kwietnia 2021 r . Ze względów historycznych numeracja kolistego chromosomu E. coli nie zaczyna się w miejscu początku replikacji, ale w miejscu początku transferu podczas koniugacji.
^ Galan, JE (kwiecień 1996). „Molekularne podstawy genetyczne wejścia Salmonelli do komórek gospodarza”. Mikrobiologia Molekularna . 20 (2): 263–71. doi : 10.1111/j.1365-2958.1996.tb02615.x . PMID 8733226 . S2CID 8677354 .
^ „Wyszukiwarka Google Scholar dla„ Centisome 63 ” ” . uczony.google.com .

[1] Bibliografia _ Monica Riley (11.01.2009), Reprezentacje wiedzy metabolicznej (PDF)

[2] Blattner, FR; Plunkett G, 3 miejsce; Bloch, Kalifornia; Perna, Nowy Jork; Burland, V; Riley, M.; Collado-vides, J; Glasner, JD; Rode, CK; Mayhew, GF; Gregor, J; Davis, NW; Kirkpatrick, HA; Goeden, MA; Róża, DJ; Mau, B; Shao, Y (5 września 1997). „Pełna sekwencja genomu Escherichia coli K-12” . nauka . 277 (5331): 1453–62. doi : 10.1126/science.277.5331.1453 . PMID 9278503 .

[3] "Escherichia coli K-12 substr. MG1655 oriC" . biocyc.org . EcoCyc . Źródło 4 kwietnia 2021 r . Ze względów historycznych numeracja kolistego chromosomu E. coli nie zaczyna się w miejscu początku replikacji, ale w miejscu początku transferu podczas koniugacji.

[4] Galan, JE (kwiecień 1996). „Molekularne podstawy genetyczne wejścia Salmonelli do komórek gospodarza”. Mikrobiologia Molekularna . 20 (2): 263–71. doi : 10.1111/j.1365-2958.1996.tb02615.x . PMID 8733226 . S2CID 8677354 .

[5] „Wyszukiwarka Google Scholar dla„ Centisome 63 ” ” . uczony.google.com .