tag sieciowy
Webtag to internetowe narzędzie bioinformatyczne dostarczające sekwencje oligonukleotydowe (zwykle nazywane znacznikami lub kotwicami), których nie ma w określonym genomie . Znaczniki te można dołączyć do starterów specyficznych dla genu do eksperymentów z reakcją łańcuchową polimerazy z odwrotną transkryptazą ( RT-PCR ), omijając zanieczyszczenie genomowym DNA .
Tło
RT-PCR jest techniką stosowaną do wykrywania nawet transkryptów mRNA o bardzo małej liczbie kopii . Czułość tej techniki czyni ją również podatną na zanieczyszczenie DNA. Ponieważ PCR nie jest w stanie odróżnić docelowych cDNA od zanieczyszczenia genomowym DNA, możliwe są fałszywie dodatnie i/lub błędne wyniki ilościowe.
W celu przezwyciężenia kontaminacji genomowym DNA w badaniach transkrypcyjnych, stosuje się reakcję łańcuchową polimerazy specyficzną dla matrycy, modyfikację RT-PCR. Możliwość użycia znaczników, których sekwencji nie ma w genomie, dodatkowo usprawnia eksperymenty reakcji łańcuchowej polimerazy swoistej w kierunku odwrotnym. Zastosowanie kotwic lub znaczników w regionie 5' startera specyficznego dla genu lub ogona poli-T umożliwia amplifikację specyficzną dla RNA i stanowi wykonalną strategię. Techniki takie jak RS-PCR i (EXACT) RT-PCR opierają się na integracji takich znaczników (unikalnych sekwencji nieobecnych w genomowym DNA) na końcu 5' pierwszej nici cDNA, co pozwala na amplifikację specyficzną dla RNA bez utraty czułości .
tag sieciowy
Ta usługa internetowa opiera się na narzędziu Tagenerator, ale jest bardzo szybka, ponieważ wszystkie tagi są wstępnie generowane i przechowywane w bazie danych. Jest to również istotna poprawa, ponieważ Webtag uwzględnia interakcje znacznika z starterami, które mają być użyte w eksperymencie. Posiadanie go jako usługi internetowej oznacza również, że biolog molekularny nie musi pobierać i instalować oprogramowania ze wszystkimi zależnościami na swoim komputerze.
Webtag generuje znaczniki, które łączą brak genomu z dobrymi właściwościami primingu dla eksperymentów opartych na RT-PCR. Użycie takich znaczników celowo nie spowoduje amplifikacji genomowego DNA metodą PCR, co pozwoli na wyłączną amplifikację cDNA, a tym samym obejście skutków zanieczyszczenia genomowym DNA w próbce RNA.