Po nieoczekiwanym odejściu trenera George'a Clarka po zaledwie roku, dyrektor sportowy Nebraski i były główny trener Adolph J. Lewandowski zatrudnił Berniego Mastersona , uważanego za dobrze wyszkolonego w prowadzeniu popularnej wówczas formacji T. Masterson zatrudnił tylko jednego z asystentów trenerów Clarka, ale sprowadził byłego głównego trenera piłki nożnej z Nebraski, Glenna Presnella, jako asystenta ze swoim nowym personelem. Po niezwykłym odwróceniu losów Nebraski w 1945 r. Cornhuskers chcieli kontynuować wspinaczkę z głębi lat wojny.
To była kolejna z długiej serii rozczarowujących porażek, ponieważ Nebraska po raz kolejny została pokonana i pokonana przez długoletniego nemezis Minnesotę w Minneapolis. Cornhuskers zdołali wykonać jedno przyłożenie, aby uniknąć wyłączenia, ale stwierdzili, że wdrożenie planów trenera Mastersona będzie w toku. Było to szóste zwycięstwo z rzędu dla Golden Gophers, którzy przedłużyli swoje mistrzostwo nad Nebraską do 22-4-2.
Każdy gracz w składzie Nebraski widział czas gry, gdy Cornhuskers z łatwością odbili Wildcats w meczu otwierającym u siebie Lincolna. Stan Kansas nigdy nie znalazł się na tablicy wyników, a jednocześnie nie zdołał powstrzymać Nebraski przed zdobywaniem punktów we wszystkich czterech kwartach. Było to czwarte z rzędu zwycięstwo Nebraski nad Wildcats, ponieważ cały czas poprawili się do 25-4-2.
Iowa sprowadziła Cornhuskers do Iowa City na drugi mecz roku w Nebrasce, który nie był konferencją, i zadał cios Cornhuskers za pomocą powtarzających się wpadek w Nebrasce. Chociaż Iowa pozwoliła Nebrasce zdobyć pierwsze punkty w meczu, reszta dnia należała do Hawkeyes. Cornhuskers mogli sprawić, że była to gra, ale fumble i utknęły w martwym punkcie, były zbyt trudne do pokonania, a ich przewaga w serii spadła do 24-11-3.
Przed publicznością powracającą do domu z Kansas w Lawrence, Cornhuskers rozegrali mecz w tę iz powrotem z Jayhawks, ale raz utrzymali prowadzenie, utrzymali przewagę do końca i zablokowali 40. wszechczasową decyzję nad rozczarowaną drużyną gospodarzy. Przyłożenie pod koniec czwartej kwarty pozwoliło Kansas zmniejszyć ostateczną przewagę, ale nie mogło przeszkodzić Cornhuskers w zdobyciu drugiego zwycięstwa w serii z rzędu i poprawieniu się do 40-10-3 przez cały czas.
Panujący mistrz Big 9, Indiana, przybył do Lincoln, aby zapewnić Nebrasce drugie duże wyzwanie sezonu. Do przerwy Cornhuskers nie strzelili jeszcze gola i tracili 14 punktów, ale krótko po przerwie zmniejszyli stratę o połowę. Hoosiers nie byli poważnie zagrożeni samotnym wynikiem Nebraski, ponieważ następnie zdobyli kolejne trzynaście punktów, aby wycofać się i poprawić do 6-3-2 nad Cornhuskers, ich szóste zwycięstwo z rzędu w serii. Indiana zakończyła sezon 6-3 i zajęła 20. miejsce w ankiecie AP,
Missouri było celem walki powrotnej do Nebraski w 1946 roku, a obie drużyny zorganizowały imponujące zawody, walcząc w górę iw dół boiska. Missouri początkowo odniosło sukces, podczas gdy Cornhuskers walczyli o postęp, ale na zaledwie kilka sekund przed końcem pierwszej połowy Missouri pozwoliło na wynik, który uniemożliwił im wykluczenie z pierwszej połowy. Rzut konwersyjny po poszedł daleko, a jeden stracony punkt ostatecznie zadecydował o losach meczu. Nebraska jechała późno, mając mniej niż pięć minut do końca, ale w końcu skończyła trzy i odpadła, a Tygrysy wybiegły, by uciec z jednopunktowym zwycięstwem. Trzymanie Nebraski w serii ogólnie pozostało silne na poziomie 24-13-3.
Cyklony zostały zdominowane przez skuteczny atak naziemny i powietrzny na Memorial Stadium, a także przez kilka własnych wpadek. Z punktami zdobytymi we wszystkich czterech kwartach przez Cornhuskers, stan Iowa po prostu upadł przed atakiem i nigdy nie pokonał impetu, aby uniknąć porażki. Własność Nebraski w serii wzrosła do 31-8-1.
Po raz pierwszy od pięciu lat Nebraska miała szansę na mistrzostwo Big 6, ponieważ obie drużyny przystąpiły do ostatniego meczu Big 6 z rekordami ligowymi 3-1. Oklahoma była jednak bardzo uprzywilejowana i zajęła 18. miejsce po przybyciu Cornhuskers do Norman. Na początku Cornhuskers sprawili, że była to gra, nadążając za Sooners na poziomie 6-7, ale Oklahoma szybko przerwała wszystkie dalsze wysiłki w Nebrasce i uciekła z meczem, aby dać Nebrasce 30. ligową porażkę w Wielkiej szóstce wszechczasów. Oklahoma zdobyła tytuł Big 6, zakończyła sezon w klasyfikacji generalnej 7-3 i zajęła ostatnie 14 miejsce w rankingu AP Poll.
To był pierwszy raz, kiedy Nebraska spotkała UCLA na boisku, a Bruins zaznaczyli to wydarzenie, przekazując drużynie Cornhusker pierwszą porażkę w sezonie. Nebraska wykonała kilka kluczowych zagrań defensywnych, aby spowolnić ofensywną machinę UCLA, ale nie można było odwrócić wszystkich ataków, a niepokonani Bruins ostatecznie zdobyli osiemnaście punktów w ciągu dnia. UCLA zakończył 1946 na 10-0, w rankingu # 4 i uczestniczył w 1947 Rose Bowl , przegrywając decyzję 45-14 do Illinois .
Po sezonie
Pierwszy sezon trenera Mastersona nie spełnił oczekiwań, chociaż niektóre rozczarowania można było przypisać instalacji kolejnego nowego trenera, ponieważ Masterson był piątym głównym trenerem w Nebrasce w ciągu zaledwie ostatnich dziesięciu lat. Krótki promyk nadziei na odrodzenie pod rządami poprzedniego trenera Clarka w 1945 roku wydawał się słabszy, ale wciąż był powód do nadziei. Drużyna Mastersona z pierwszego roku cofnęła Nebraskę, do 312-133-31 (0,688), ale nieznacznie poprawiła rekord ligi do 116-30-11 (0,774).