Po odejściu Fieldinga H. Yosta po sezonie 1898 Nebraska zatrudniła Brancha, niedawnego absolwenta Williams College z niewielkim doświadczeniem trenerskim w piłce nożnej. W swoim jedynym sezonie jako główny trener, Branch poprowadził Nebraskę do pierwszego przegranego sezonu i tylko rekord poniżej 0,500 w pierwszych 38 latach futbolu.
To był ostatni sezon NU jako „Bugeaters”, ponieważ uniwersytet oficjalnie zmienił swój przydomek na „Cornhuskers” w 1900 roku.
Bell, Johnny HB Benedict, Raymond HB Brew, Fred T Carver, Fred FB Cortelyou, Spencer E Crandall, Harry QB Dasenbrock, John G Drain, Ralph QB Gordon, Anthony FB Hunter, Fred HB Kingsbury, Raymond FB Koehler, John C Pearse, Arthur RT Ploughead RG Reasoner, Ira T Ringer, John LG Tukey, Harry QB Tyson C Wallace LT Westover, John LT Williams, Charles Erwin HB
Nebraska po raz drugi spotkała się z drużyną piłkarską Lincoln High School w przedsezonowym meczu pokazowym. Nie jest jasne, czy wynik był wynikiem zaciętej gry, czy też sportowej rywalizacji drużyny uniwersyteckiej przeciwko licealistom.
Nebraska poniosła najgorszą porażkę w historii, otwierając sezon 1899, przegrywając 28: 0 do przerwy i przegrywając 33: 0. Stan Iowa rozpoczął przygotowania do sezonu piłkarskiego przed rozpoczęciem roku szkolnego, co nie było wówczas powszechną praktyką.
Po przyznaniu 33 punktów Stanowi Iowa tydzień wcześniej, obrona Nebraski powstrzymała Kansas City Medics poza tablicą wyników w bezbramkowej pierwszej połowie. Przyłożenie obu drużyn w drugiej połowie zakończyło się remisem 6: 6.
Pomimo dzielnego występu w obronie, ofensywne nieszczęścia Nebraski trwały nadal, przegrywając 11: 0, drugi z pięciu razy NU został wykluczony w 1899 roku.
Nebraska pokonała Drake'a 12-6 w pierwszym i jedynym zwycięstwie Branch jako głównego trenera w futbolu uniwersyteckim (po krótkim pobycie w Miami (OH) zakończył karierę z rekordem 1-11-1).
Pomimo dobrego występu w drugiej połowie przeciwko Kansas w Lincoln, Nebraska nie była w stanie przezwyciężyć deficytu 24-5. Wyniki zespołu były tak słabe, że zaczęły się rozprzestrzeniać plotki sugerujące, że kapitan drużyny i początkowy pomocnik Charles Williams mogą opuścić drużynę.
Nebraska prowadziła 5: 0 w swoim pierwszym meczu z Dakotą Południową, ale nie była w stanie wykorzystać okazji do zdobycia bramki w pierwszej połowie. Przyłożenie w drugiej połowie dało Dakocie Południowej zwycięstwo 6: 5. Kapitan drużyny Charles Williams opuścił program NU po meczu.