A. Murat Eren

A. Murat Eren (Meren)
Urodzić się	1980 (wiek 42–43)
Alma Mater	Uniwersytet Nowego Orleanu
Kariera naukowa
Pola	Ekologia drobnoustrojów , Bioinformatyka
Instytucje	Laboratorium Biologii Morskiej i Uniwersytet w Chicago .
Praca dyplomowa	Ocena różnorodności drobnoustrojów poprzez zmienność nukleotydów (2011)
Doradca doktorski	Michaela Ferrisa
Inni doradcy akademiccy	Mitchella Sogina
Strona internetowa	https://meren.org

A. Murat Eren (Meren) jest informatykiem znanym ze swojej pracy nad ekologią drobnoustrojów i opracowywania nowatorskich narzędzi obliczeniowych typu open source do analizy dużych zbiorów danych.

Wczesne życie i edukacja

Eren dorastał w dolinie Barhal w Turcji i studiował kryptografię jako student na Canakkale Onsekiz Mart Universitesi , gdzie uzyskał tytuł licencjata w 2002 roku. Przeniósł się do Stanów Zjednoczonych i rozpoczął doktorat. na Uniwersytecie w Nowym Orleanie . Podczas pracy w Szpitalu Dziecięcym w Nowym Orleanie, Eren został wprowadzony do mikrobiologii przez Michaela Ferrisa. W 2011 roku Eren obronił doktorat. zatytułowany „Ocena różnorodności drobnoustrojów poprzez zmienność nukleotydów”.

Kariera i badania

Doktorat Erena badania obejmowały opracowanie oligotypowania , metody obliczeniowej do badania różnorodności mikroorganizmów w zbiorach danych sekwencjonowania o dużej przepustowości. Po uzyskaniu doktoratu Eren dołączył do Laboratorium Biologii Morskiej jako naukowiec ze stopniem doktora, podczas którego zastosował oligotypowanie drobnoustrojów żyjących w drogach moczowo-płciowych człowieka, jamie ustnej i ściekach. W 2015 roku dołączył do University of Chicago jako adiunkt, gdzie zaczął używać metagenomiki do badania ekologii i ewolucji drobnoustrojów występujących w ludzkich jelitach, ustach i powierzchni oceanu. W 2022 roku Eren został mianowany profesorem nauk o danych ekosystemów na Uniwersytecie w Oldenburgu oraz w Instytucie Badań Polarnych i Morskich im. Alfreda Wegenera .

Eren jest zwolennikiem oprogramowania open-source i kieruje rozwojem społeczności anvi'o, platformy umożliwiającej analizę i wizualizację dużych zbiorów danych.

Przykład wyjścia programu Anvi'o

Wybrane publikacje

•     Eren, A. Murat; Esen, Özcan C.; Pigwa, Krzysztof; Vineis, Joseph H.; Morrison, Hilary G.; Sogin, Mitchell L.; Delmont, Tom O. (8 października 2015). „Anvi'o: zaawansowana platforma do analizy i wizualizacji „danych omicznych” . PeerJ . 3 : e1319. doi : 10.7717/peerj.1319 . ISSN 2167-8359 . PMC 4614810 . PMID 26500826 .
•     Eren, A. Murat; Maignien, Loïs; Sul, Woo Jun; Murphy, Leslie G.; Ponury, Sharon L.; Morrison, Hilary G.; Sogin, Mitchell L. (2013). „Oligotypowanie: różnicowanie blisko spokrewnionych taksonów drobnoustrojów przy użyciu danych genu 16S rRNA” . Metody w ekologii i ewolucji . 4 (12): 1111–1119. doi : 10.1111/2041-210X.12114 . hdl : 1912/6377 . ISSN 2041-210X . PMC 3864673 . PMID 24358444 .
•     Eren, A. Murat; Zozaja, Marcela; Taylor, Christopher M.; Dowd, Szkot E.; Martin, David H.; Ferris, Michael J. (25 października 2011). „Badanie różnorodności Gardnerella vaginalis w mikroflorze układu moczowo-płciowego par monogamicznych poprzez subtelną zmienność nukleotydów” . PLOS JEDEN . 6 (10): e26732. Bibcode : 2011PLoSO...626732E . doi : 10.1371/journal.pone.0026732 . ISSN 1932-6203 . PMC 3201972 . PMID 22046340 .
•     Eren, A. Murat; Morrison, Hilary G.; Lescault, Pamela J.; Reveillaud, Julie; Vineis, Joseph H.; Sogin, Mitchell L. (kwiecień 2015). „Minimalny rozkład entropii: nienadzorowane oligotypowanie w celu wrażliwego podziału sekwencji genów markerowych o wysokiej przepustowości” . Dziennik ISME . 9 (4): 968–979. doi : 10.1038/ismej.2014.195 . ISSN 1751-7370 . PMC 4817710 . PMID 25325381 .

Nagrody i wyróżnienia

• Stypendium badawcze Fundacji Alfreda P. Sloana w naukach o oceanach (2020)
• Amerykańskiego Towarzystwa Mikrobiologicznego za badania środowiskowe na wczesnym etapie kariery (2020)

Linki zewnętrzne

• A. Murata Erena indeksowane przez Google Scholar